Προέλευση των ιών: Το AlphaFold και η τεχνητή νοημοσύνη παρέχουν απαντήσεις
Προέλευση των ιών: Το AlphaFold και η τεχνητή νοημοσύνη παρέχουν απαντήσεις
Η τεχνητή νοημοσύνη (AI) βοηθά να επαναπροσδιορίσετε το οικογενειακό δέντρο των ιών. Προβλεπόμενες δομές πρωτεϊνών, με
A large part of the scientists' understanding of virale Evolution is based on the comparison of genomes. Ωστόσο, η εξέλιξη των ιών, ιδίως από εκείνους με RNA Genemen, και η τάση τους να υιοθετούν γενετικό υλικό από άλλους οργανισμούς που οι γενετικές αλληλουχίες μπορούν να κρύψουν βαθύτερες και μακρινές σχέσεις μεταξύ των ιών που ποικίλλουν ανάλογα με την εξεταστή.
Αντίθετα, τα σχήματα ή οι δομές των πρωτεϊνών που κωδικοποιούνται από τα ιικά γονίδια τείνουν να αλλάζουν, γεγονός που επιτρέπει να αναγνωρίζονται αυτές οι κρυμμένες εξελικτικές συνδέσεις. Ωστόσο, δεν ήταν δυνατό να συγκριθούν οι πρωτεϊνικές δομές σε μια ολόκληρη οικογένεια ιών μέχρι εργαλεία όπως το AlphaFold, τα οποία μπορούν να προβλέψουν δομές πρωτεϊνών σε μεγάλη κλίμακα, λέει ο Joe Grove, μοριακός ιολόγος στο Πανεπιστήμιο της Γλασκώβης της Μεγάλης Βρετανίας.
Σε ένα άρθρο που δημοσιεύθηκε αυτή την εβδομάδα στο Nature Bleiben Sie informiert: Jeden Abend senden wir Ihnen die Artikel des Tages aus der Kategorie Allgemein – übersichtlich als Liste.
Πώς να διεισδύσετε σε ιούς
Η κατανόηση των ερευνητών σχετικά με την εξέλιξη των φλαβιωνών βασίζεται κυρίως σε αλληλουχίες αργά εξελισσόμενων ενζύμων που αντιγράφουν το γενετικό τους υλικό. Ωστόσο, είναι αξιοσημείωτα ελάχιστα γνωστό για την προέλευση των πρωτεϊνών "ιογενούς εισόδου" που χρησιμοποιούν φλαβιό για να διεισδύσουν σε κύτταρα και που καθορίζουν τον ξενιστή που μπορείτε να μολυνθείτε. Ο Grove υποστηρίζει ότι αυτό το χάσμα γνώσης είναι η ανάπτυξη ενός αποτελεσματικού εμβολίου εναντίον
Οι ερευνητές χρησιμοποίησαν esmfold, A https://www.nature.com/articles/d41586-03539-1 "data-track =" Κάντε κλικ στο "datains-label =" https://www.nature.com/articles/d41586-03539-1 "data-track-cate "https://www.nature.com/articles/d41586-022-03539-1" data-track "data-label =" https://www.nature.com/articles/d41586-03539-1 "data-category =" body link "> 33.000 προβλεπόμενες δομές 458 φλαβονο-αλάτων για δημιουργία. Το Esmfold βασίζεται σε ένα φωνητικό μοντέλο που εκπαιδεύτηκε με δεκάδες εκατομμύρια αλληλουχίες πρωτεϊνών. Σε αντίθεση με το AlphaFold, παίρνει μόνο μία ακολουθία εισόδου αντί να αγωνίζεται σε διάφορες αλληλουχίες παρόμοιων πρωτεϊνών, γεγονός που θα μπορούσε να το καταστήσει ιδιαίτερα χρήσιμο για την εξέταση των μυστηριώδους ιούς.
Οι προβλεπόμενες δομές επέτρεψαν στους συγγραφείς να εντοπίσουν πρωτεΐνες ιογενούς εισόδου, οι αλληλουχίες των οποίων διαφέρουν σημαντικά από εκείνες ενός γνωστού φλαβίου. Βρήκαν μερικές απροσδόκητες συνδέσεις. Η ομάδα του ιού, η οποία περιλαμβάνει την ηπατίτιδα C, χρησιμοποιεί ένα σύστημα για τη μόλυνση των κυττάρων που είναι παρόμοια με τους εταπιοϊούς - μια ομάδα που περιλαμβάνει τον κλασικό ιό της γρίπης των χοίρων, προκαλεί αιμορραγικό πυρετό σε χοίρους και άλλα παθογόνα ζώων.
Οι συγκρίσεις με βάση το ΑΙ έδειξαν ότι αυτό το σύστημα εισόδου διαφέρει από τους πολλούς άλλους φλαβιούς. "Δεν γνωρίζουμε από πού προέρχεται το σύστημα εισόδου σας για την ηπατίτιδα C και τους συγγενείς του. Θα μπορούσε να εφευρεθεί", λέει ο Grove.
Οι προβλεπόμενες δομές έδειξαν επίσης ότι οι καλά διερευνημένες πρωτεΐνες εισόδου των ιών Zika και Dengue έχουν την ίδια προέλευση με εκείνες των "περίεργων και θαυμάσιων" φλαβιωνών με τεράστια γονιδιώματα, συμπεριλαμβανομένου του ιού Haseki Tick, που μπορούν να προκαλέσουν πυρετό στους ανθρώπους. Μια άλλη μεγάλη έκπληξη ήταν η ανακάλυψη ότι ορισμένοι φλαβινοϊοί έχουν ένα ένζυμο που προφανώς κλέφθηκε από βακτήρια.
"Αυτό θα ήταν πρωτοφανές", λέει ο Virologist Mary Petrone από το Πανεπιστήμιο του Σίδνεϊ της Αυστραλίας, δεν θα ήταν για την ανακάλυψη της ομάδας της φέτος σε μια παρόμοια κλοπή με ένα ιδιαίτερα "παράξενο και θαυμάσιο" Flavivirus art
Ο David Moi, βιολόγος που υποστηρίζεται από υπολογιστή στο Πανεπιστήμιο της Lausanne της Ελβετίας, λέει ότι η μελέτη φλαβιωνών είναι μόνο η κορυφή του παγόβουνου και ότι οι εξελικτικές ιστορίες άλλων ιών και ακόμη και ορισμένοι κυτταρικοί οργανισμοί πιθανώς λένε με AI. "Τώρα που μπορούμε να ρίξουμε μια ματιά, όλα αυτά τα πράγματα πρέπει να πάρουν μια μικρή ενημέρωση", λέει.
mifsud, J.C. et al. Nature https://doi.org/10.1038/S41586-07899-8 (2024).
κλαπεί από βακτήρια