Vous êtes ce que vous mangez – du moins en ce qui concerne le microbiome. Un catalogue de micro-organismes provenant de plus de 2 500 types de fromages, de viandes et d’autres aliments suggère qu’une petite partie du microbiome de chaque personne provient des aliments qu’elle consomme. L'étude 1est le plus grand inventaire de bactéries, champignons et autres microbes présents dans les aliments à ce jour.

Certains microbes sont un ingrédient essentiel des aliments fermentés, du salami à la choucroute en passant par le kimchi et le kéfir. D'autres micro-organismes présents dans les aliments fermentés et non fermentés peuvent être importants pour leur saveur et d'autres propriétés telles que la durée de conservation, explique le microbiologiste Nicola Segata de l'Université de Trente en Italie, qui a dirigé les travaux et est apparu le 29 août dansCellulepublié.

Aliments fermentés

Segata et ses collègues ont séquencé l'ADN microbien de près de 2 000 aliments et consolidé ces données avec près de 600 microbiomes alimentaires existants. La plupart des aliments étaient fermentés – Segata a pris soin d’inclure des échantillons de fromage Gorgonzola, l’un de ses préférés – mais l’étude a également porté sur de la viande, du poisson, des fruits et des légumes frais.

Des aliments similaires avaient tendance à héberger des microbes similaires, même si une inspection plus approfondie a révélé des tendances intéressantes. Bactéries productrices d'acide lactique, notammentLactobacillesétaient particulièrement courants dans les produits laitiers, mais leur composition variait. Le fromage bleu hollandais en a accueilli d'autresLactobacilles-Des espèces comme la fontina italienne et la mozzarella, par exemple. Les microbes du café, du kombucha et du pu'er – un thé fermenté du Yunnan, en Chine – étaient similaires à ceux des boissons alcoolisées.

Presque toutes les études sur le microbiome découvrent des organismes qui n’ont jamais été observés auparavant, et celle-ci ne fait pas exception. Environ la moitié des microbes identifiés par les chercheurs étaient nouveaux. Le Pulque – un vin d'agave aigre bu au Mexique – était particulièrement riche en cette matière microbienne sombre, tout comme le vin de palme africain et le bouillon de fromage.

Chevauchement microbien

Lorsque les chercheurs ont comparé les microbiomes alimentaires avec des milliers de microbiomes provenant des intestins et de la bouche humains, ils ont constaté un certain chevauchement. Environ 3 % des espèces microbiennes présentes dans l’intestin des adultes, 8 % chez les enfants et plus de 50 % chez les nouveau-nés ont également été trouvées dans les aliments. Cela ne signifie pas nécessairement que ces microbes proviennent tous des aliments que les gens mangeaient, explique Segata : ce chevauchement pourrait également suggérer que dans le passé, les microbes alimentaires s'établissaient dans les intestins des gens et circulaient entre les gens. Les microbes alimentaires présents dans les microbiomes des nouveau-nés avaient tendance à être associés aux produits laitiers, mais étaient également présents dans le lait maternel.

Aucune de ces découvertes n'est particulièrement surprenante, déclare Benjamin Wolfe, microbiologiste à l'Université Tufts de Medford, dans le Massachusetts. Mais l’étude jette les bases d’enquêtes détaillées sur les raisons pour lesquelles différents microbes – et communautés microbiennes – sont présents dans certains aliments. Il s'intéresse également à tous les microbes inconnus présents dans ce que nous mangeons. Selon Wolfe, leur exploration pourrait conduire à de nouveaux types d’aliments dotés de propriétés nouvelles.