Сериозни грешки чума ДНК инструмент, който е работно животно в биологията

Сега на Vectorbuilder Lahn казва, че той постоянно се сблъсква с проблема - затова реши систематично да го оцени. Когато клиентите представят дефектен плазмид, „те губят много време“, а допълнителните стъпки в контрола на качеството увеличават разходите за производството на плазмид и опаковката им във вирусите, казва той.

Анализът на екипа на Vectorbuilder доведе до сморгасборд от грешки в над 2500 номинални плазмиди. Някои съдържат гени, които кодират протеини, които за e. Coli бяха отровни, което означава, че те могат да забавят или да спрат растежа на организмите, към биолозите, за да възпроизведат своите плазмиди. Други, които са били предназначени за опаковката във вируси, кодирани протеини, които са отровни за тези вируси. И някои съдържат повтарящи се ДНК последователности, които могат да се натрупат в плазмидни мутации.

Преглед на грешки

Най -често срещаните грешки откриха Лан и неговите колеги са свързани с ключов инструмент за генна терапия. Терапиите често са опаковани в адено-асоциирани вируси (AAVs), които до голяма степен са безобидни и могат да транспортират лечение в клетки. При производството на плазмид за тези изследователи на сандвихен AAVs, терапевтичен ген между последователности, които се наричат ​​ITRS и играят решаваща роля за гарантиране, че генът е опакован във вируса за доставка. Тези последователности по същество изпращат биологичен сигнал на клетките, който гласи „аз принадлежа към този вирус“. Екипът обаче установи, че около 40% от AAV плазмидите в изследването са имали мутации в ITR регионите, които биха могли да фалшифицират това важно послание. Ако изследователите използваха този неправилно проектиран плазмид, тяхната генна терапия не можеше да работи-и може да отнеме много време на учените да разберат защо.

Марк Кей, специалист по педиатрия и генетика в Медицинското училище в Станфорд в Калифорния, също е видял първа ръка, че плазмидните разломи могат да забавят лабораторните проекти. Той обаче е уверен, че учените могат да разпознаят и поправят тези грешки. Той казва, че изследователите на генната терапия знаят възможни проблеми с ITR и че грешките в клиничната среда са малко вероятни. Това е така, защото регулаторните органи като Американската администрация по храните и лекарствата имат строги стандарти, изследователите задължават внимателно да анализират своите плазмиди, преди да ги използват в клиниката.

Nakai казва, че прегледът на плазмидите за грешки чрез секвениране може да привлече изследователите да осъзнаят проблемите, подчертани в проучването. Някои компании, включително Plasmidsaurus в Юджийн, Орегон и Elim Biopharmaceuticals в Хейуърд, Калифорния, предлагат секвениране на плазмиди за около 15,00 долара за проба, казва Накай, който няма финансов интерес към двете компании. Той също така препоръчва новите лабораторни работници да прекарват време за учене от опитни плазмидни дизайнери; Това е досаден, ръчен процес, казва той, но ако направите грешка, той може да губи огромно количество време и пари.

Друг начин за лабораториите да избягват проблеми е да направите вашите плазмидни последователности в хранилища с отворен достъп до публично достъпни, казва Мелина Фен, главен научен директор на организацията с нестопанска цел Addgenene в Уотъртаун, Масачузетс. Addgene предлага такова хранилище, казва фен и „последователности на съхранения плазмид и съобщават данните за последователността чрез уебсайта за използване от общността“. Важно е да проверите плазмидите.

Лан се надява, че анализът на неговия екип насочва вниманието на изследователите към факта, че тези лабораторни инструменти за животни често се приемат за даденост. "Здравето на инструмента е нещо, за което хората не мислят", казва той, въпреки че трябва.