新病毒基因组网站：每个人的简单和公平序列部门

一个针对危险病毒基因组联合使用的研究人员的新数据库有望解决许多阻碍现有替代方案的问题。但是首先，研究人员必须说服使用它们。

Pathoplexus - 病原体和神经丛的结合 - 上个月推出，数据库背后的科学家团队希望它会激励更多的研究人员共享众所周知的遗传序列 - 众所周知的和新事件的公共卫生病毒。

序列的最快转移对于识别新病毒和追求改变可能使其对人们更危险的变化以及疫苗的开发很重要。

Pathoplexus目前集中在其他数据库中未特别列出的四种病毒上：克里米亚 - 隆戈出血热，埃博拉苏丹，埃博拉Zaire和西部NIL病毒的病毒。据团队称，应稍后再添加更多病原体。

现有障碍

现有最大的存储库之一是美国的GenBank，它可以不受限制地访问其基因组数据。但是公共访问意味着从理论上讲，每个人都可以使用数据发布科学文章而无需识别数据库。这阻止了科学家，尤其是来自低收入国家的科学家，例如在公共卫生紧急情况下共享其数据。替代存储库Gisaid要求用户注册，识别数据库并尽力与所有者合作。开发数据库是为了确保数据的权利更多。

gisaid极为然而，研究人员对透明度在他的治理中表达了有关识别的争议，以及它如何对那些违反使用条款的人实施制裁

“近年来，Gisaid引起了很多挫败感，”东京大学进化病毒学家Spyros Lytras说。 “从这些经验中，科学界已经了解了我们如何做得更好。重新启动是我们作为一个社区所需要的，而Pathoplexus可能是解决方案。”

建立信任

Pathoplexus为用户提供了一些保护措施。例如，研究人员可以确定如何使用其数据的限制，例如，在未经明确批准的情况下，它们最多不被用作科学出版物的主要重点。这应该为数据所有者提供足够的时间来通过其结果提交手稿。

用户还必须在其出版物中识别数据所有者。 Pathoplexus的成员，全球基因组流行病学联盟的运营负责人杰米·索斯盖特（Jamie Southgate）说：“我们打算建立一个社区，使研究人员相信他们的贡献将得到尊重并得到适当认可。”

Pathoplexus不会阻止违反使用条款的人，从访问页面，什么 Gisaid已完成。取而代之的是，团队将联系专业期刊，以确保按照他们的共享方式使用已发布的数据。她说：“我们试图清楚地制定条件。”

“这是一个很好，聪明的解决方案，”在支持该程序的出版商的达卡儿童健康研究基金会的分子微生物学家Senjuti Saha说。 “应该这样。”她认为Pathoplexus的透明度将增强科学界的信任。

Saha说，现在说存储库是否会解决数据交换的当前问题还为时过早。 “这是一个很棒而绝妙的第一步。”

用户也可能倾向于在本地数据库中共享序列。例如，在中国，研究人员可能更有可能在中国数据库中发布新发生的病毒。但是对于已建立的病毒，您可能会使用Pathoplexus提供的良好收藏的存储库。

改进的用户体验

Pathoplexus的开发人员试图通过尽可能容易地上传来改善用户体验。 Pathoplexus还检查序列数据和随附的信息是否有错误，并有助于在亚型中组织病毒。 Shi说：“这实际上是该数据库所吸引的。”他补充说，增加可能会大大阻碍当前存储库中的错误序列。

到目前为止，Pathoplexus使用了四种病毒的Genbian数据来填充页面。 Hodcroft解释说，成千上万的访问者已经拨打了该页面，有50个已经创建了用于提交数据的帐户，但是到目前为止，没有人提交序列。 “我们没有预计我们开始的致病性数据很高。”

研究其他病毒的研究人员必须等待扩展数据库以包括在内。为了扩展，团队必须获得长期融资。该网站目前由自愿和捐赠的计算机时间运营，该计算机时间约为六个月。霍德克罗夫特（Hodcroft）说，这是赢得捐助者的目前目标。 “我谨慎地乐观。”