En ny databas för forskare att dela genomerna av farliga virus lovar att lösa många av de problem som hindrar befintliga alternativ. Men de första forskarna måste vara övertygade om att använda dem.

Pathoplexus - en kombination av patogen och plexus - lanserades förra månaden, och teamet av forskare bakom databasen hoppas att det kommer att motivera fler forskare att dela genetiska sekvenser av kända och nya virus med folkhälso -betydelse.

Att dela sekvenser så snabbt som möjligt är viktigt för att identifiera nya virus och spåra förändringar som kan göra dem farligare för människor, liksom för att utveckla vacciner, förklarar Edward Holmes, en virolog vid University of Sydney, Australien.

Pathoplexus är för närvarande fokuserad på fyra virus som inte är specifikt listade i andra databaser: Krim-Kongo hemorragisk febervirus, Ebola Sudan, Ebola Zaire och West Nile-virus. Fler patogener kommer att läggas till senare, sade teamet.

Befintliga hinder

Bland de största befintliga förvaren är GenBank i USA, som erbjuder obegränsad tillgång till dess genomiska data. Men allmän tillgång innebär att i teorin kan alla använda uppgifterna för att publicera vetenskapliga artiklar utan att erkänna dataägare. Detta har avskräckt forskare, särskilt från låginkomstländer, från att dela sina uppgifter snabbt, till exempel under en folkhälsokriminalitet. Ett alternativt arkiv, GISAID, kräver att användare registrerar, erkänner dataägare och gör sitt bästa för att samarbeta med ägarna. Databasen utvecklades för att säkerställa rättigheterna för datainlämnare.

GISAID har varit oerhört hjälpsam under den covid-19-pandemiken populär och innehåller nästan 17 miljoner sekvenser från SARS-CoV-2, viruset bakom covid-19. Men forskare har oro över genomskinlighet I sin styrning, hur den förmedlar erkännande tvister och hur det ålägger sanktioner mot dem som den anser har brutit mot användarvillkoren.

"Gisaid har orsakat mycket frustration under de senaste åren," säger Spyros Lytras, en evolutionär virolog vid University of Tokyo. "Från dessa erfarenheter har det vetenskapliga samfundet lärt oss hur vi kan göra bättre. En återställning är vad vi behöver som samhälle, och Pathoplexus kan vara lösningen."

En GISAID -representant sa i ett e -postmeddelande att det förtroende det har med det vetenskapliga samfundet är starkt och att mer än 70 000 forskare använder webbplatsen. Rollerna för dess styrelseorgan och finansiärer presenteras på webbplatsen, och deras användarvillkor har inte förändrats sedan grundandet 2008, sade representanten.

Bygga förtroende

Pathoplexus erbjuder vissa skydd för användare. Till exempel kan forskare fastställa begränsningar för hur deras data kan användas, till exempel kan de inte användas som det centrala fokuset för vetenskapliga publikationer i upp till ett år utan deras uttryckliga tillstånd. Detta bör ge dataägare tillräckligt med tid att lämna in ett manuskript om deras resultat.

Användare måste också erkänna dataägare i sina publikationer. "Vi har för avsikt att bygga ett samhälle där forskare har förtroende för att deras bidrag respekteras och korrekt erkänns," säger Jamie Southgate, en medlem av Pathoplexus och chef för operationer för Global Coalition Public Health Alliance for Genomic Epidemiology baserat i Kapstaden, Sydafrika.

Pathoplexus blockerar inte någon som bryter mot användarvillkoren från att komma åt webbplatsen, vilket GISAID har gjort det i sällsynta fall. Istället kommer teamet att kontakta tidskrifter för att säkerställa att de publicerade uppgifterna används i enlighet med hur det delades, förklarar Emma Hodcroft, medgrundare av Pathoplexus och en molekylär epidemiolog vid Swiss Tropical and Public Health Institute i Basel, Schweiz. "Vi försökte göra förhållandena otroligt tydliga," säger hon.

"Det är en bra, smart lösning", säger Senjuti Saha, en molekylär mikrobiolog vid Child Health Research Foundation i Dhaka, som stöder praxis att kontakta förläggare. "Det är så det ska vara." Hon tror att Pathoplexus transparens kommer att öka förtroendet inom det vetenskapliga samfundet.

Men det är fortfarande för tidigt att säga om förvaret kommer att lösa nuvarande problem med datadelning, säger SAHA. "Det är ett utmärkt och fantastiskt första steg."

Användare kan också tendera att dela sekvenser i lokala databaser. I Kina är till exempel forskare mer benägna att publicera sekvenser av nya virus i kinesiska databaser, säger Shi Mang, en evolutionär biolog vid Sun Yat-Sen University i Shenzhen, Kina, som också sitter i Pathoplexus vetenskapliga rådgivande styrelse. Men för etablerade virus kommer de sannolikt att använda förvar med väl underhållna samlingar som Pathoplexus erbjuder.

Förbättrad användarupplevelse

Utvecklarna av Pathoplexus har försökt förbättra användarupplevelsen, inklusive genom att ladda upp så enkelt som möjligt. Pathoplexus kontrollerar också sekvensdata och medföljande information för fel och hjälper till att organisera virus i subtyper. "Det var faktiskt det som drog mig till den här databasen," säger Shi. Felaktiga sekvenser i nuvarande förvar kan avsevärt hindra forskare, tillägger han.

Hittills har Pathoplexus använt GenBank -data för de fyra virusen för att fylla platsen. Tusentals besökare har redan åtkomst till webbplatsen och 50 har skapat konton för att skicka in data, men ingen har skickat sekvenser hittills, förklarar Hodcroft. "Vi förväntade oss inte stora mängder data för de patogener vi började med."

Forskare som arbetar med andra virus måste vänta tills databasen expanderar till att inkludera dem. För att expandera måste teamet säkra långsiktig finansiering. Webbplatsen drivs för närvarande av frivilliga och donerade datortid, som kommer att sluta om cirka sex månader. Hodcroft säger att hennes nuvarande mål är att locka givare. "Jag är försiktigt optimistisk."