Kombination av patogen och plexus - lanserades förra månaden, och teamet av forskare bakom databasen hoppas att det kommer att motivera fler forskare att dela genetiska sekvenser av välkända och nyligen förekommande virus för folkhälsa.

Den snabbaste möjliga överföringen av sekvenser är viktig för att identifiera nya virus och bedriva förändringar som kan göra dem farligare för människor, liksom utvecklingen av vacciner, förklarar Edward Holmes, en virolog vid University of Sydney, Australien.

Pathoplexus koncentrerar för närvarande på fyra virus som inte är speciellt listade i andra databaser: viruset från Krim-Kongo-hemorragisk feber, Ebola Sudan, Ebola Zaire och West Nil-viruset. Ytterligare patogener bör läggas till senare, enligt teamet.

befintliga hinder

En av de största befintliga förvaren är GenBank i USA, som erbjuder obegränsad tillgång till deras genomiska data. Men allmän tillgång innebär att teoretiskt sett alla kan använda uppgifterna för att publicera vetenskapliga artiklar utan att känna igen databaserna. Detta har förhindrat forskare, särskilt från länder med låg inkomst, från att dela sina uppgifter, till exempel under en folkhälsokriminalitet. Ett alternativt arkiv, GISAID, kräver att användarna registrerar sig, känner igen databaserna och gör sitt bästa för att arbeta med ägarna. Databasen utvecklades för att säkerställa rättigheterna för data mer inlämnade.

gisaid var extremt Öppenhet uttryckt i sin styrning, som tvister om erkännande och hur det ålägger sanktioner mot dem som enligt hans åsikt kränkte användarvillkoren.

"Gisaid har orsakat mycket frustration under de senaste åren," säger Spyros Lytras, en evolutionär virolog vid University of Tokyo. "Från dessa erfarenheter har det vetenskapliga samfundet lärt oss hur vi kan göra det bättre. En omstart är vad vi behöver som samhälle, och Pathoplexus kan vara lösningen."

En representant för Gisaid sade i ett e -postmeddelande att det förtroende som det har i det vetenskapliga samfundet är starkt och att mer än 70 000 forskare använder webbplatsen. Rollerna för hans styrelseorgan och givare presenteras på webbplatsen, och deras användarvillkor har inte förändrats sedan det grundades 2008, enligt representanten.

Bygg förtroende

Pathoplexus erbjuder vissa skyddsåtgärder för användare. Till exempel kan forskare bestämma begränsningar för hur deras uppgifter kan användas, till exempel kan de inte användas som ett centralt fokus för vetenskapliga publikationer i upp till ett år utan deras uttryckliga godkännande. Detta bör ge dataägare tillräckligt med tid att lämna in ett manuskript via deras resultat.

Användare måste också känna igen dataägare i sina publikationer. "Vi avser att bygga upp ett samhälle där forskare har förtroende för att deras bidrag kommer att respekteras och korrekt erkännas," säger Jamie Southgate, en medlem av Pathoplexus och chef för verksamheten i Global Coalition Public Health Alliance för genomisk epidemiologi baserad i Kapstaden, Sydafrika.

Pathoplexus does not block people who violate the terms of use, from access to the page, what GISAID har gjort . Istället kommer teamet att kontakta specialtidskrifterna för att säkerställa att de publicerade uppgifterna används i enlighet med hur de delades, förklarar Emma Hodcroft, medgrundare av Pathoplexus och molekylär epidemiolog vid Swiss Tropical and Public Health Institute i Basel, Schweiz. "Vi försökte formulera förhållandena otroligt tydligt," säger hon.

"Det är en bra, smart lösning", säger Senjuti Saha, en molekylär mikrobiolog vid Child Health Research Foundation i Dhaka, som stöder proceduren, förläggare. "Det är så det ska vara." Hon tror att Pathoplexus transparens kommer att stärka förtroendet inom det vetenskapliga samfundet.

Men det är fortfarande för tidigt att säga om förvaret kommer att lösa de aktuella problemen med datautbyte, säger SAHA. "Det är ett utmärkt och fantastiskt första steg."

Användare kan också tendera att dela sekvenser i lokala databaser. I Kina är till exempel forskare troligtvis mer benägna att publicera nyligen förekommande virus i kinesiska databaser, säger Shi Mang, en evolutionär biolog vid Sun Yat-Sen University i Shenzhen, Kina, som också sitter i Scientific Advisory Board of Pathoplexus. Men för etablerade virus kommer du förmodligen att använda förvar med välbehållna samlingar som Pathoplexus erbjuder.

Förbättrad användarupplevelse

Utvecklarna av Pathoplexus försökte förbättra användarupplevelsen, bland annat genom att ladda upp så enkelt som möjligt. Pathoplexus kontrollerar också sekvensdata och medföljande information för fel och hjälper till att organisera virus i subtyper. "Det här är faktiskt det som har dragits till den här databasen," säger Shi. Ökare kan avsevärt hindra falska sekvenser i de nuvarande förvarna, tillägger han.

Fram till nu har Pathoplexus använt genbiska data för de fyra virusen för att fylla sidan. Tusentals besökare har redan kallat upp sidan, och 50 har skapat konton för att skicka in data, men hittills har ingen skickat sekvenser, förklarar Hodcroft. "Vi förväntade oss inte stora mängder data för den patogena som vi startade."

Forskare som arbetar med andra virus måste vänta på att databasen ska utvidgas till att omfatta dem. För att expandera måste teamet säkra långsiktig finansiering. Webbplatsen drivs för närvarande av frivillig och donerad datortid, som slutar på cirka sex månader. Hodcroft säger att det är det nuvarande målet att vinna givare. "Jag är noggrant optimistisk."