Nova spletna stran virusnega genoma: Enostavno in pošteno sekvenco za vse

Nova baza podatkov za raziskovalce za skupno uporabo genoma nevarnih virusov obljublja, da bodo rešili številne težave, ki ovirajo obstoječe alternative. Najprej pa morajo biti raziskovalci prepričani, da jih uporabljajo.

Pathoplexus - kombinacija patogena in pleksusa - je bila predstavljena prejšnji mesec, skupina znanstvenikov, ki stojijo za bazo podatkov, pa upa, da bo več raziskovalcev motivirala, da delijo genetske sekvence dobro znanih in na novo nastalih virusov za javno zdravje.

Najhitrejši možni prenos sekvenc je pomemben za prepoznavanje novih virusov in zasledovanje sprememb, ki bi lahko naredile nevarnejše za ljudi, pa tudi za razvoj cepiv, pojasnjuje Edward Holmes, virolog na Univerzi v Sydneyju v Avstraliji.

Pathoplexus se trenutno osredotoča na štiri viruse, ki niso posebej navedeni v drugih bazah podatkov: virus krimsko-kongo hemoragične vročine, Ebola Sudan, Ebola Zaire in virus West Nil. Nadaljnje patogene je treba dodati pozneje, poroča ekipa.

obstoječe ovire

Eden največjih obstoječih skladišč je Genbank v Združenih državah Amerike, ki ponuja neomejen dostop do njihovih genskih podatkov. Toda javni dostop pomeni, da lahko teoretično vsi uporabljajo podatke za objavo znanstvenih člankov, ne da bi prepoznali baze podatkov. To je znanstvenikom, zlasti iz držav z nizkimi dohodki, preprečilo, da bi delili svoje podatke, na primer v nujnih primerih za javno zdravje. Alternativno skladišče Gisaida od uporabnikov zahteva, da se registrirajo, prepoznajo baze podatkov in se po svojih najboljših močeh trudijo sodelovati z lastniki. Baza podatkov je bila razvita, da se zagotovi več predložene pravice podatkov.

gisaid was extremely popular and contains Skoraj 17 milijonov sekvenc SARS-Cov-2 Za Covidom-19. Data-Track-CATEGORY = "Text besedilna povezava"> Preglednost Izražena v njegovem upravljanju, kot spori o priznanju in kako nalaga sankcije proti tistim, ki po njegovem mnenju kršijo pogoje uporabe

"Gisaid je v zadnjih letih povzročil veliko frustracij," pravi Spyros Lytras, evolucijski virolog na Tokijski univerzi. "Iz teh izkušenj se je znanstvena skupnost naučila, kako lahko to naredimo bolje. Ponovni zagon je tisto, kar potrebujemo kot skupnost, in pathoplexus bi lahko bila rešitev."

Predstavnik Gisaida je v e -poštnem sporočilu dejal, da je zaupanje, ki ga ima v znanstveni skupnosti, močno in da več kot 70.000 raziskovalcev uporablja spletno mesto. Vloge njegovih organov upravljanja in donatorjev so predstavljene na spletni strani, njihovi pogoji uporabe pa se niso spremenili, saj je bila ustanovljena leta 2008, poroča predstavnik.

zgradite zaupanje

Pathoplexus ponuja nekaj zaščitnih ukrepov za uporabnike. Na primer, raziskovalci lahko določijo omejitve, kako se lahko uporabljajo njihovi podatki, na primer, ne smejo biti uporabljeni kot osrednji poudarek znanstvenih publikacij do enega leta brez izrecne odobritve. To bi moralo lastnikom podatkov dati dovolj časa, da z njihovimi rezultati predložijo rokopis.

Uporabniki morajo v svojih publikacijah prepoznati tudi lastnike podatkov. "Nameravamo zgraditi skupnost, v kateri imajo raziskovalci zaupanje, da bodo njihovi prispevki spoštovani in pravilno prepoznani," pravi Jamie Southgate, član Pathoplexusa in vodja operacij Globalne zveze za javno zdravje za genomsko epidemiologijo s sedežem v Cape Townu v Južni Afriki.

Pathoplexus ne blokira ljudi, ki kršijo pogoje uporabe, od dostopa do strani, kaj Gisaid je naredil . Namesto tega bo ekipa stopila v stik s specialističnimi revijami, da bi zagotovila, da se objavljeni podatki uporabljajo v skladu z načinom, kako so jih delili, pojasnjuje Emma Hodcroft, soustanoviteljica pathoplexusa in molekularnega epidemiologinja na švicarskem tropskem in javnem zdravstvenem inštitutu v Bazelu, Švici. "Poskušala smo izjemno jasno oblikovati pogoje," pravi.

"To je dobra, pametna rešitev," pravi Senjuti Saha, molekularni mikrobiolog pri Fundaciji za raziskave otrok v Daki, ki podpira postopek, založniki. "Tako bi moralo biti." Meni, da bo preglednost Pathoplexusa okrepila zaupanje v znanstveni skupnosti.

Toda še je prezgodaj reči, ali bo skladišče rešilo trenutne težave z izmenjavo podatkov, pravi Saha. "To je odličen in fantastičen prvi korak."

Uporabniki bi lahko tudi nagibali k skupni rabi sekvenc v lokalnih bazah podatkov. Na primer, na primer na Kitajskem, na primer, verjetno bolj verjetno objavljajo na novo prisotne viruse v kitajskih bazah podatkov, pravi Shi Mang, evolucijski biolog na univerzi Sun Yat-Sen v Shenzhenu na Kitajskem, ki sedi tudi v znanstvenem svetovalnem odboru Pathoplexusa. Toda za uveljavljene viruse boste verjetno uporabljali skladišča z dobro vzdrževanimi zbirkami, ki jih ponuja Pathoplexus.

Izboljšana uporabniška izkušnja

Razvijalci Pathoplexusa so med drugim poskušali izboljšati uporabniško izkušnjo, tako da so čim bolj olajšali nalaganje. Pathoplexus preverja tudi podatke o zaporedju in spremljajoče informacije za napake in pomaga organizirati viruse v podtipih. "To je pravzaprav tisto, kar je pritegnilo to bazo podatkov," pravi Shi. Povečalniki lahko v trenutnih skladiščih znatno ovirajo lažne sekvence, dodaja.

Do zdaj je Pathoplexus za štiri viruse uporabil Genbian Data, da zapolni stran. Na tisoče obiskovalcev je že poklicalo stran, 50 pa jih je ustvarilo račune za oddajo podatkov, vendar do zdaj nihče ni predložil zaporedja, pojasnjuje Hodcroft. "Nismo pričakovali velikih količin podatkov za patogeno, ki smo jih začeli."

Raziskovalci, ki delajo na drugih virusih, morajo počakati, da se baza podatkov razširi, da jih vključi. Za razširitev mora ekipa zagotoviti dolgoročno financiranje. Spletno mesto trenutno upravlja prostovoljno in darovano računalniško čas, ki se konča v približno šestih mesecih. Hodcroft pravi, da je trenutni cilj osvojiti donatorje. "Previdno sem optimističen."