Nova podatkovna zbirka za raziskovalce, ki delijo genome nevarnih virusov, obljublja rešitev številnih težav, ki ovirajo obstoječe alternative. Toda najprej je treba prepričati raziskovalce, da jih uporabijo.

Pathoplexus – kombinacija patogena in pleksusa – je bil lansiran prejšnji mesec in skupina znanstvenikov, ki stoji za bazo podatkov, upa, da bo motivirala več raziskovalcev, da delijo genetska zaporedja znanih in nastajajočih virusov, ki so pomembni za javno zdravje.

Čim hitrejša izmenjava zaporedij je pomembna za odkrivanje novih virusov in sledenje spremembam, zaradi katerih bi lahko postali bolj nevarni za ljudi, pa tudi za razvoj cepiv, pojasnjuje Edward Holmes, virolog z Univerze v Sydneyju v Avstraliji.

Pathoplexus se trenutno osredotoča na štiri viruse, ki niso posebej navedeni v drugih zbirkah podatkov: virus krimsko-kongoške hemoragične mrzlice, ebola Sudan, ebola Zaire in virus Zahodnega Nila. Več patogenov bo dodanih pozneje, je dejala ekipa.

Obstoječe ovire

Med največjimi obstoječimi repozitoriji je GenBank v ZDA, ki ponuja neomejen dostop do svojih genomskih podatkov. Toda javni dostop pomeni, da teoretično lahko kdorkoli uporabi podatke za objavo znanstvenih člankov, ne da bi priznal lastnike podatkov. To je znanstvenike, zlasti iz držav z nizkimi dohodki, odvrnilo od hitre izmenjave svojih podatkov, na primer v izrednih razmerah na področju javnega zdravja. Alternativni repozitorij, GISAID, od uporabnikov zahteva, da se registrirajo, potrdijo lastnike podatkov in po svojih najboljših močeh sodelujejo z lastniki. Baza je bila razvita zaradi zagotavljanja pravic pošiljateljev podatkov.

GISAID je bil med pandemijo COVID-19 izjemno koristen priljubljena in vsebuje skoraj 17 milijonov sekvenc SARS-CoV-2, virusa, ki stoji za COVID-19. Vendar imajo raziskovalci pomisleke glede preglednost pri svojem upravljanju, kako posreduje v sporih glede priznavanja in kako nalaga sankcije tistim, za katere meni, da so kršili pogoje storitve.

»GISAID je v zadnjih letih povzročil veliko frustracij,« pravi Spyros Lytras, evolucijski virolog na Univerzi v Tokiu. "Iz teh izkušenj se je znanstvena skupnost naučila, kako lahko delamo bolje. Ponastavitev je tisto, kar potrebujemo kot skupnost, in Pathoplexus bi lahko bil rešitev."

Predstavnik GISAID je v elektronskem sporočilu dejal, da je zaupanje v znanstveno skupnost močno in da spletno mesto uporablja več kot 70.000 raziskovalcev. Vloge njegovih organov upravljanja in financerjev so predstavljene na spletni strani, njihovi pogoji uporabe pa se od ustanovitve leta 2008 niso spremenili, je povedal predstavnik.

Zgradite zaupanje

Pathoplexus ponuja nekaj zaščite za uporabnike. Raziskovalci lahko na primer določijo omejitve glede uporabe svojih podatkov, na primer jih brez njihovega izrecnega dovoljenja ne morejo uporabljati kot osrednje središče znanstvenih publikacij do enega leta. To bi moralo lastnikom podatkov dati dovolj časa, da predložijo rokopis o svojih rezultatih.

Uporabniki morajo v svojih objavah tudi potrditi lastnike podatkov. "Nameravamo zgraditi skupnost, v kateri bodo raziskovalci zaupali, da bodo njihovi prispevki spoštovani in ustrezno priznani," pravi Jamie Southgate, član Pathoplexusa in direktor operacij za globalno koalicijo Public Health Alliance for Genomic Epidemiology s sedežem v Cape Townu v Južni Afriki.

Pathoplexus nikomur, ki krši pogoje uporabe, ne bo preprečil dostopa do spletnega mesta, kar GISAID je to storil v redkih primerih. Namesto tega bo ekipa stopila v stik z revijami, da bi zagotovila, da se objavljeni podatki uporabljajo v skladu z načinom, na katerega so bili deljeni, pojasnjuje Emma Hodcroft, soustanoviteljica Pathoplexusa in molekularna epidemiologinja na švicarskem inštitutu za tropsko in javno zdravje v Baslu v Švici. "Trudili smo se, da bi bili pogoji neverjetno jasni," pravi.

»To je dobra in pametna rešitev,« pravi Senjuti Saha, molekularni mikrobiolog pri Child Health Research Foundation v Daki, ki podpira prakso kontaktiranja založnikov. "Tako bi moralo biti." Meni, da bo transparentnost Pathoplexusa povečala zaupanje v znanstveni skupnosti.

Vendar je še prezgodaj reči, ali bo repozitorij rešil trenutne težave pri izmenjavi podatkov, pravi Saha. "To je odličen in fantastičen prvi korak."

Uporabniki lahko tudi delijo zaporedja v lokalnih zbirkah podatkov. Na Kitajskem je na primer večja verjetnost, da bodo raziskovalci objavili zaporedja nastajajočih virusov v kitajskih bazah podatkov, pravi Shi Mang, evolucijski biolog na univerzi Sun Yat-sen v Shenzhenu na Kitajskem, ki je tudi član znanstvenega svetovalnega odbora Pathoplexusa. Toda za uveljavljene viruse bodo verjetno uporabljali repozitorije z dobro vzdrževanimi zbirkami, ki jih ponuja Pathoplexus.

Izboljšana uporabniška izkušnja

Razvijalci Pathoplexusa so poskušali izboljšati uporabniško izkušnjo, med drugim tako, da so nalaganje čim bolj poenostavili. Pathoplexus tudi preverja podatke o zaporedju in spremljajoče informacije glede napak ter pomaga organizirati viruse v podtipe. "Pravzaprav me je to pritegnilo k tej bazi podatkov," pravi Shi. Nepravilna zaporedja v trenutnih repozitorijih lahko znatno ovirajo raziskovalce, dodaja.

Doslej je Pathoplexus uporabljal podatke GenBank za štiri viruse za naselitev spletnega mesta. Na tisoče obiskovalcev je že dostopalo do spletnega mesta in 50 jih je ustvarilo račune za oddajo podatkov, vendar še nihče ni oddal zaporedij, pojasnjuje Hodcroft. "Nismo pričakovali velike količine podatkov za patogene, s katerimi smo začeli."

Raziskovalci, ki se ukvarjajo z drugimi virusi, bodo morali počakati, da se baza podatkov razširi, da jih vključi. Za širitev ekipe si mora zagotoviti dolgoročno financiranje. Spletno mesto trenutno upravljajo prostovoljci in donirani računalniški čas, ki se bo končal čez približno šest mesecev. Hodcroft pravi, da je njen trenutni cilj privabiti donatorje. "Sem previdno optimističen."