Nová databáza pre výskumných pracovníkov na zdieľanie genómov nebezpečných vírusov sľubuje vyriešenie mnohých problémov, ktoré bránia existujúcim alternatívam. Najprv však vedci musia byť presvedčení, že ich používajú.

PAPTOPLEXUS - kombinácia patogénu a plexusu - bola spustená minulý mesiac a tím vedcov za databázou dúfa, že motivuje viac výskumných pracovníkov k zdieľaniu genetických sekvencií známych a vznikajúcich vírusov s dôležitým zdravotným významom.

Zdieľanie sekvencií čo najrýchlejšie je dôležité pre identifikáciu nových vírusov a sledovania zmien, ktoré by ich mohli urobiť pre ľudí nebezpečnejšími, ako aj pre vývoj vakcín, vysvetľuje Edwarda Holmesa, viológa na univerzite v Sydney v Austrálii.

Patroploxus sa v súčasnosti zameriava na štyri vírusy, ktoré nie sú špecificky uvedené v iných databázach: vírus hemoragickej horúčky v krymovom kongu, vírus Ebola Sudán, Ebola Zaire a vírus West Nile. Viac patogénov sa pridá neskôr, uviedol tím.

Existujúce prekážky

Medzi najväčšie existujúce úložiská patrí Genbank v Spojených štátoch, ktorá ponúka neobmedzený prístup k svojim genomickým údajom. Ale prístup verejnosti znamená, že teoreticky môže ktokoľvek použiť údaje na zverejnenie vedeckých článkov bez toho, aby potvrdil vlastníkov údajov. To odrádzalo vedcov, najmä z krajín s nízkymi príjmami, od rýchleho zdieľania svojich údajov, napríklad počas núdze v oblasti verejného zdravia. Alternatívne úložisko GISAID vyžaduje, aby používatelia registrovali, potvrdili vlastníkov údajov a snažili sa spolupracovať s vlastníkmi. Databáza bola vyvinutá na zabezpečenie práv predkladateľov údajov.

Gisaid bol počas pandémie Covid-19 veľmi nápomocný populárny a obsahuje takmer 17 miliónov sekvencií zo SARS-COV-2, vírusu za Covid-19. Vedci však majú obavy z priehľadnosť Ako sprostredkuje spory o uznanie a ako ukladá sankcie tým, o ktorých sa domnieva, že porušili podmienky služby.

„Gisaid v posledných rokoch spôsobil veľa frustrácie,“ hovorí Spyros Lytras, evolučný virolog na univerzite v Tokiu. „Z týchto skúseností sa vedecká komunita dozvedela, ako dokážeme lepšie. Reset je to, čo potrebujeme ako komunita, a Patoplexus by mohol byť riešením.“

Zástupca spoločnosti GISAID v e -maile uviedol, že dôvera, ktorú má s vedeckou komunitou, je silná a že túto stránku používa viac ako 70 000 výskumných pracovníkov. Úlohy jej riadiacich orgánov a donorov sú prezentované na webovej stránke a ich podmienky používania sa od svojho založenia v roku 2008 nezmenili, uviedol zástupca.

Vybudovať dôveru

Patroploxus ponúka používateľom určitú ochranu. Napríklad vedci môžu stanoviť obmedzenia toho, ako sa dajú použiť ich údaje, napríklad ich nemožno použiť ako ústredné zameranie vedeckých publikácií až na rok bez ich výslovného súhlasu. To by malo poskytnúť vlastníkom údajov dostatok času na predloženie rukopisu o svojich výsledkoch.

Používatelia musia tiež potvrdiť vlastníkov údajov vo svojich publikáciách. „Máme v úmysle vybudovať komunitu, v ktorej vedci majú istotu, že ich príspevky sú rešpektované a riadne uznávané,“ hovorí Jamie Southgate, člen spoločnosti Patoplexus a riaditeľ operácií pre globálnu koaličnú alianciu pre genomickú epidemiológiu so sídlom v Kapskom Meste v Južnej Afrike.

Patroploxus nebude blokovať nikoho, kto porušuje podmienky používania z prístupu na stránku, ktorý GISAID tak urobil v zriedkavých prípadoch. Namiesto toho bude tím kontaktovať časopisy, aby sa zabezpečilo, že publikované údaje sa používajú v súlade s spôsobom, akým sa zdieľal, vysvetľuje Emmu Hodcroftovú, spoluzakladateľku Patoplexus a molekulárneho epidemiológa vo švajčiarskom inštitúte Tropical and Public Health Institute v Basel, Švajčiarsko. "Snažili sme sa objasniť podmienky neuveriteľne jasné," hovorí.

„Je to dobré, šikovné riešenie,“ hovorí Senjuti Saha, molekulárny mikrobiológ v Nadácii pre výskum detí v Dháke, ktorý podporuje prax kontaktovania vydavateľov. "Takto by to malo byť." Myslí si, že transparentnosť spoločnosti Patoplexus zvýši dôveru vo vedeckej komunite.

Je však stále príliš skoro na to, aby som povedal, či úložisko vyrieši aktuálne problémy s zdieľaním údajov, hovorí Saha. "Je to vynikajúci a fantastický prvý krok."

Používatelia môžu tiež mať tendenciu zdieľať sekvencie v miestnych databázach. Napríklad v Číne vedci s väčšou pravdepodobnosťou publikujú sekvencie vznikajúcich vírusov v čínskych databázach, hovorí Shi Mang, evolučný biológ na Sun Yat-Sen University v Číne Shenzhen, ktorý tiež sedí na vedeckej poradenskej rade spoločnosti Patoplexus. Ale pre zavedené vírusy budú pravdepodobne používať úložiská s dobre udržiavanými zbierkami, ktoré ponúka Patoplexus.

Vylepšená skúsenosť používateľa

Vývojári spoločnosti Pattoplexus sa pokúsili vylepšiť skúsenosti používateľa, a to aj tým, že sa odovzdávajú čo najjednoduchšie. Patroplexus tiež kontroluje údaje o sekvencii a sprievodné informácie pre chyby a pomáha organizovať vírusy do podtypov. "To ma vlastne pritiahlo do tejto databázy," hovorí Shi. Nesprávne sekvencie v súčasných úložiskách môžu významne brániť výskumníkom, dodáva.

Spoločnosť Patoplexus doteraz na obývanie stránok použila údaje GenBank pre štyri vírusy. Tisíce návštevníkov už pristupovali na stránku a 50 vytvorilo účty na odoslanie údajov, ale nikto doteraz neodoslal sekvencie, vysvetľuje Hodcroft. "Neočakávali sme veľké množstvo údajov pre patogény, s ktorými sme začali."

Vedci, ktorí pracujú na iných vírusoch, budú musieť počkať, kým sa databáza rozšíri, aby ich zahrnula. Aby sa mohol rozšíriť, tím musí zabezpečiť dlhodobé financovanie. Stránku v súčasnosti prevádzkujú dobrovoľníci a darovaný počítačový čas, ktorý sa skončí asi o šesť mesiacov. Hodcroft tvrdí, že jej súčasným cieľom je prilákať darcov. "Som opatrne optimistický."