Webová stránka nového vírusového genómu: Divízia jednoduchej a spravodlivej sekvencie pre všetkých

Nová databáza pre výskumných pracovníkov na spoločné použitie genómu nebezpečných vírusov sľubuje vyriešenie mnohých problémov, ktoré bránia existujúcim alternatívam. Najprv však vedci musia byť presvedčení, že ich používajú.

PAPTOPLEXUS - Kombinácia patogénu a plexusu - bola spustená minulý mesiac a tím vedcov za databázou dúfa, že motivuje viac výskumných pracovníkov k zdieľaniu genetických sekvencií dobre známych a novo vyskytujúcich vírusov pre verejné zdravie.

Najrýchlejší možný prenos sekvencií je dôležitý na identifikáciu nových vírusov a presadzovanie zmien, ktoré by ich mohli urobiť nebezpečnejšími pre ľudí, ako aj vývoj vakcín, vysvetľuje Edwarda Holmesa, viológa na University of Sydney v Austrálii.

PAPTOPLEXUS sa v súčasnosti sústreďuje na štyri vírusy, ktoré nie sú špeciálne uvedené v iných databázach: vírus krymskej hemoragickej horúčky, Ebola Sudán, Ebola Zaire a vírus západného Nil. Podľa tímu by sa mali pridať ďalšie patogény neskôr.

Existujúce prekážky

Jedným z najväčších existujúcich archívov je Genbank v Spojených štátoch, ktoré ponúka neobmedzený prístup k svojim genomickým údajom. Ale prístup verejnosti znamená, že teoreticky každý môže tieto údaje použiť na zverejnenie vedeckých článkov bez toho, aby rozpoznal databázy. To zabránilo vedcom, najmä z krajín s nízkym príjmom, v zdieľaní svojich údajov, napríklad počas núdze v oblasti verejného zdravia. Alternatívne úložisko, GISAID, vyžaduje, aby sa používatelia registrovali, rozpoznávali databázy a aby sa snažili pracovať s vlastníkmi. Databáza bola vyvinutá s cieľom zabezpečiť práva na viac predložených údajov.

GISAID bol extrémne Transparentnosť Vyjadrené vo svojej správe, ako spory o uznávaní a ako to ukladá sankcie proti tým, ktorí podľa jeho názoru porušili podmienky používania.

„Gisaid v posledných rokoch spôsobil veľa frustrácie,“ hovorí Spyros Lytras, evolučný virolog na univerzite v Tokiu. „Z týchto skúseností sa vedecká komunita dozvedela, ako to dokážeme lepšie. Restart je to, čo potrebujeme ako komunita, a Patoplexus by mohol byť riešením.“

Zástupca spoločnosti Gisaid v e -maile uviedol, že dôvera, ktorú má vo vedeckej komunite, je silná a že túto stránku používa viac ako 70 000 výskumných pracovníkov. Úlohy jeho orgánov riadenia a darcov sú prezentované na webovej stránke a ich podmienky používania sa od svojho založenia v roku 2008 nezmenili, podľa zástupcu.

Zostavte Trust

PAPTOPLEXUS ponúka používateľom niektoré ochranné opatrenia. Napríklad vedci môžu určiť obmedzenia, ako sa môžu používať ich údaje, napríklad nemôžu byť použité ako ústredné zameranie vedeckých publikácií až jeden rok bez ich výslovného súhlasu. To by malo vlastníkom údajov poskytnúť dostatok času na odoslanie rukopisu prostredníctvom svojich výsledkov.

Používatelia musia tiež rozpoznať vlastníkov údajov vo svojich publikáciách. „Máme v úmysle vybudovať komunitu, v ktorej vedci majú istotu, že ich príspevky budú rešpektované a riadne uznané,“ hovorí Jamie Southgate, člen spoločnosti Patoplexus a vedúci operácií globálnej koaličnej aliancie verejného zdravia pre genomickú epidemiológiu so sídlom v Cape Town v Južnej Afrike.

patroploxus nezablokuje ľudí, ktorí porušujú podmienky používania, z prístupu na stránku, čo GISAID urobil . Namiesto toho bude tím kontaktovať špecializované časopisy, aby sa zabezpečilo, že publikované údaje sa používajú v súlade so spôsobom, akým boli zdieľané, vysvetľuje Emmu Hodcroftovú, spoluzakladateľku Patoplexus a molekulárneho epidemiológa vo švajčiarskom tropickom a verejnom zdravotníckom inštitúte v Basel, Švajčiarsko. „Snažili sme sa sformulovať podmienky neuveriteľne jasne,“ hovorí.

„Je to dobré, šikovné riešenie,“ hovorí Senjuti Saha, molekulárny mikrobiológ v Nadácii pre výskum detí v Dháke, ktorý podporuje postup, vydavatelia. „Takto by to malo byť.“ Myslí si, že transparentnosť spoločnosti PAPTOPLEXUS posilní dôveru vo vedeckej komunite.

Je však stále príliš skoro na to, aby som povedal, či úložisko vyrieši súčasné problémy s výmenou údajov, hovorí Saha. „Je to vynikajúci a fantastický prvý krok.“

Používatelia môžu tiež mať tendenciu zdieľať sekvencie v miestnych databázach. Napríklad v Číne je napríklad vedci v čínskych databázach pravdepodobne publikované novo vyskytujúce vírusy v čínskych databázach, hovorí Shi Mang, evolučný biológ na Sun Yat-Sen University v Číne Shenzhen, ktorý tiež sedí vo vedeckej poradenskej rade pre Patoplexus. Ale pre zavedené vírusy pravdepodobne budete používať úložiská s dobre známymi zbierkami, ktoré ponúka Patoplexus.

Vylepšená užívateľská skúsenosť

Vývojári spoločnosti Patoplexus sa pokúsili vylepšiť užívateľskú skúsenosť, okrem iného tým, že sa odovzdávajú čo najjednoduchšie. Patoplexus tiež kontroluje údaje o sekvenciách a sprievodné informácie pre chyby a pomáha organizovať vírusy v podtypoch. „To je vlastne to, čo sa týkalo tejto databázy,“ hovorí Shi. Zvýšenie môžu výrazne brániť falošným sekvenciám v súčasných úložiskách, dodáva.

Až doteraz spoločnosť PAPTOPLEXUS použila na vyplnenie stránky Genbian údaje pre štyri vírusy. Tisíce návštevníkov už túto stránku zavolali a 50 vytvorilo účty na odoslanie údajov, ale zatiaľ nikto neodovzdal sekvencie, vysvetľuje Hodcroft. „Neočakávali sme veľké množstvo údajov pre patogénny, ktoré sme začali.“

Vedci, ktorí pracujú na iných vírusoch, musia čakať na rozšírenie databázy tak, aby ich zahrnula. Na rozšírenie, tím musí zabezpečiť dlhodobé financovanie. Táto stránka je v súčasnosti prevádzkovaná dobrovoľným a darovaným počítačovým časom, ktorý končí asi o šesť mesiacov. Hodcroft hovorí, že je to súčasný cieľ vyhrať darcov. „Som opatrne optimistický.“