Noul site web al genomului virusului: diviziune de secvențe simple și corecte pentru toată lumea

O nouă bază de date pentru cercetători pentru utilizarea comună a genomului virușilor periculoși promite să rezolve multe dintre problemele care împiedică alternativele existente. Dar mai întâi cercetătorii trebuie să fie convinși să le folosească.

Photoplexus - o combinație de agent patogen și plex - a fost lansată luna trecută, iar echipa de oameni de știință din spatele bazei de date speră că va motiva mai mulți cercetători să împărtășească secvențe genetice ale virușilor bine cunoscuți și nou care apar pentru sănătatea publică.

Cel mai rapid transfer posibil de secvențe este important pentru a identifica noi viruși și pentru a urmări schimbări care le -ar putea face mai periculoase pentru oameni, precum și dezvoltarea vaccinurilor, explică Edward Holmes, virolog la Universitatea din Sydney, Australia.

Patoplexus se concentrează în prezent pe patru viruși care nu sunt enumerați special în alte baze de date: virusul febrei hemoragice din Crimeea-Congo, Ebola Sudan, Ebola Zaire și virusul West Nil. Potrivit echipei, ar trebui adăugate mai multe agenți patogeni.

obstacole existente

Una dintre cele mai mari depozite existente este GenBank din Statele Unite, care oferă acces fără restricții la datele lor genomice. Dar accesul public înseamnă că teoretic toată lumea poate folosi datele pentru a publica articole științifice fără a recunoaște bazele de date. Acest lucru i -a împiedicat pe oamenii de știință, în special din țările cu un nivel scăzut, să -și împărtășească datele, de exemplu în timpul unei situații de urgență pentru sănătate publică. Un depozit alternativ, GISAID, impune utilizatorilor să se înregistreze, să recunoască bazele de date și să facă tot posibilul pentru a lucra cu proprietarii. Baza de date a fost dezvoltată pentru a asigura drepturile de date mai transmise.

gisaid a fost extrem de Transparență Exprimat în guvernarea sa, ca litigii despre recunoaștere și modul în care impune sancțiuni împotriva celor care, în opinia sa, au încălcat condițiile de utilizare

"Gisaid a provocat multă frustrare în ultimii ani", spune Spyros Lytras, un virolog evolutiv la Universitatea din Tokyo. "Din aceste experiențe, comunitatea științifică a aflat cum o putem face mai bine. O repornire este ceea ce avem nevoie ca comunitate, iar Pathoplexus ar putea fi soluția."

un reprezentant al GISAID a spus într -un e -mail că încrederea pe care o are în comunitatea științifică este puternică și că peste 70.000 de cercetători folosesc site -ul. Rolurile organelor și donatorilor săi de guvernare sunt prezentate pe site -ul web, iar condițiile lor de utilizare nu s -au schimbat de la fondarea în 2008, potrivit reprezentantului.

construiți încredere

Patoplexus oferă câteva măsuri de protecție pentru utilizatori. De exemplu, cercetătorii pot determina restricții privind modul în care datele lor pot fi utilizate, de exemplu, acestea nu pot fi utilizate ca un obiectiv central al publicațiilor științifice timp de până la un an fără aprobarea lor expresă. Acest lucru ar trebui să ofere proprietarilor de date suficient timp pentru a trimite un manuscris prin rezultatele lor.

utilizatorii trebuie să recunoască și proprietarii de date în publicațiile lor. „Intenționăm să construim o comunitate în care cercetătorii au încrederea că contribuțiile lor vor fi respectate și recunoscute în mod corespunzător”, spune Jamie Southgate, membru al Patoplexus și șeful operațiunilor Alianței de Sănătate Publică a Coaliției Globale pentru epidemiologie genomică cu sediul în Cape Town, Africa de Sud.

Patoplexus nu blochează persoanele care încalcă termenii de utilizare, de la acces la pagină, ceea ce GISAID a făcut . În schimb, echipa va contacta jurnalele de specialitate pentru a se asigura că datele publicate sunt utilizate în conformitate cu modul în care au fost partajate, explică Emma Hodcroft, co-fondatoare a Pathoplexus și Epidemiolog Molecular la Institutul de Sănătate Tropicală și Public Elvețian din Basel, Elveția. „Am încercat să formulăm condițiile incredibil de clar”, spune ea.

"Este o soluție bună, inteligentă", spune Senjuti Saha, un microbiolog molecular la Fundația pentru Cercetarea Sănătății Copilului din Dhaka, care susține procedura, editori. „Așa ar trebui să fie”. Ea crede că transparența lui Pathoplexus va consolida încrederea în cadrul comunității științifice.

Dar este încă prea devreme pentru a spune dacă depozitul va rezolva problemele actuale cu schimbul de date, spune Saha. "Este un prim pas excelent și fantastic."

utilizatorii ar putea de asemenea să tinde să partajeze secvențe în bazele de date locale. În China, de exemplu, cercetătorii, de exemplu, au probabil mai multe șanse să publice viruși nou care apar în bazele de date chineze, spune Shi Mang, un biolog evolutiv la Universitatea Sun Yat-Sen din Shenzhen, China, care se află și în Consiliul consultativ științific al Pathoplexus. Dar pentru virușii consacrați, veți folosi probabil depozite cu colecții bine menționate pe care le oferă Pathoplexus.

experiență îmbunătățită a utilizatorului

Dezvoltatorii Pathoplexus au încercat să îmbunătățească experiența utilizatorului, printre altele, făcând încărcarea cât mai ușoară. Patoplexus verifică, de asemenea, datele secvenței și informațiile însoțitoare pentru erori și ajută la organizarea virușilor în subtipuri. „Aceasta este de fapt ceea ce a atras această bază de date”, spune Shi. Creșterea poate împiedica semnificativ secvențele false în depozitele curente, adaugă el.

Până acum, Patoplexus a folosit date Genbian pentru cele patru viruși pentru a umple pagina. Mii de vizitatori au apelat deja la pagină, iar 50 au creat conturi pentru a trimite date, dar până acum nimeni nu a depus secvențe, explică Hodcroft. „Nu ne așteptam la cantități mari de date pentru patogenul pe care l -am început”.

Cercetătorii care lucrează la alți viruși trebuie să aștepte extinderea bazei de date pentru a le include. Pentru a se extinde, echipa trebuie să asigure finanțarea pe termen lung. Site -ul este în prezent operat în funcție de timp voluntar și donat al computerului, care se încheie în aproximativ șase luni. Hodcroft spune că este obiectivul actual de a câștiga donatori. „Sunt atent optimist”.