O nouă bază de date pentru cercetători să împărtășească genomii virușilor periculoși promite să rezolve multe dintre problemele care împiedică alternativele existente. Dar primii cercetători trebuie să fie convinși să le folosească.

Patoplexus - o combinație de agent patogen și plex - a fost lansată luna trecută, iar echipa de oameni de știință din spatele bazei de date speră că va motiva mai mulți cercetători să împărtășească secvențe genetice ale virusurilor cunoscute și emergente cu importanța sănătății publice.

Împărtășirea secvențelor cât mai repede posibil pentru identificarea noilor viruși și urmărirea schimbărilor care le -ar putea face mai periculoase pentru oameni, precum și pentru dezvoltarea vaccinurilor, explică Edward Holmes, virolog la Universitatea din Sydney, Australia.

Patoplexus este în prezent concentrat pe patru viruși care nu sunt listate în mod specific în alte baze de date: virusul febrei hemoragice din Crimean-Congo, Ebola Sudan, Ebola Zaire și Virusul West Nil. Mai mulți agenți patogeni vor fi adăugați mai târziu, a spus echipa.

Obstacole existente

Printre cele mai mari depozite existente se numără GenBank din Statele Unite, care oferă acces nerestricționat la datele sale genomice. Dar accesul public înseamnă că, în teorie, oricine poate folosi datele pentru a publica articole științifice fără a recunoaște proprietarii de date. Acest lucru a descurajat oamenii de știință, în special din țările cu venituri mici, de a-și împărtăși rapid datele, cum ar fi în timpul unei situații de urgență pentru sănătate publică. Un depozit alternativ, GISAID, solicită utilizatorilor să se înregistreze, să recunoască proprietarii de date și să facă tot posibilul pentru a coopera cu proprietarii. Baza de date a fost dezvoltată pentru a asigura drepturile transmiterii de date.

Gisaid a fost extrem de util în timpul pandemiei Covid-19 popular și conține aproape 17 milioane de secvențe de la SARS-CoV-2, virusul din spatele Covid-19. Cu toate acestea, cercetătorii au îngrijorări cu privire la transparenţă În guvernarea sa, modul în care mediază litigiile de recunoaștere și modul în care impune sancțiuni celor pe care consideră că au încălcat condițiile de serviciu.

„Gisaid a provocat multă frustrare în ultimii ani”, spune Spyros Lytras, un virolog evolutiv la Universitatea din Tokyo. "Din aceste experiențe, comunitatea științifică a aflat cum putem face mai bine. O resetare este ceea ce avem nevoie ca comunitate, iar Pathoplexus ar putea fi soluția."

Un reprezentant GISAID a spus într -un e -mail că încrederea pe care o are cu comunitatea științifică este puternică și că peste 70.000 de cercetători folosesc site -ul. Rolul organismelor și finanțatorilor săi de guvernare sunt prezentate pe site -ul web, iar condițiile lor de utilizare nu s -au schimbat de la fondarea sa în 2008, a spus reprezentantul.

Construiți încredere

Patoplexus oferă câteva protecții pentru utilizatori. De exemplu, cercetătorii pot stabili restricții cu privire la modul în care datele lor pot fi utilizate, de exemplu, acestea nu pot fi utilizate ca obiectiv central al publicațiilor științifice până la un an fără permisiunea lor expresă. Acest lucru ar trebui să ofere proprietarilor de date suficient timp pentru a trimite un manuscris despre rezultatele lor.

Utilizatorii trebuie, de asemenea, să recunoască proprietarii de date în publicațiile lor. „Intenționăm să construim o comunitate în care cercetătorii au încredere că contribuțiile lor sunt respectate și recunoscute în mod corespunzător”, spune Jamie Southgate, membru al Patoplexus și director al operațiunilor pentru Alianța de Sănătate Publică a Coaliției Globale pentru epidemiologie genomică cu sediul în Cape Town, Africa de Sud.

Patoplexus nu va bloca pe oricine încalcă condițiile de utilizare din accesarea site -ului, care Gisaid a făcut acest lucru în cazuri rare. În schimb, echipa va contacta jurnalele pentru a se asigura că datele publicate sunt utilizate în conformitate cu modul în care au fost împărtășite, explică Emma Hodcroft, co-fondatoare a Pathoplexus și un epidemiolog molecular la Institutul de Sănătate Tropicală și Public Elvețian din Basel, Elveția. „Am încercat să facem condițiile incredibil de clare”, spune ea.

„Este o soluție bună, inteligentă”, spune Senjuti Saha, un microbiolog molecular la Fundația pentru cercetarea sănătății copilului din Dhaka, care susține practica contactării editorilor. „Așa ar trebui să fie.” Ea crede că transparența lui Paghoplexus va crește încrederea în cadrul comunității științifice.

Dar este încă prea devreme pentru a spune dacă depozitul va rezolva problemele curente de partajare a datelor, spune Saha. „Este un prim pas excelent și fantastic.”

Utilizatorii pot avea tendința de a partaja secvențe în bazele de date locale. În China, de exemplu, cercetătorii au mai multe șanse să publice secvențe de virusuri emergente în bazele de date chineze, spune Shi Mang, un biolog evolutiv la Universitatea Sun Yat-Sen din Shenzhen, China, care se află și pe Consiliul de consultanță științific al lui Patoplexus. Dar pentru virușii consacrați, probabil că vor folosi depozite cu colecții bine întreținute pe care le oferă Pathoplexus.

Experiență îmbunătățită a utilizatorului

Dezvoltatorii Pathoplexus au încercat să îmbunătățească experiența utilizatorului, inclusiv prin încărcarea cât mai ușor posibil. Patoplexus verifică, de asemenea, datele secvenței și însoțirea informațiilor pentru erori și ajută la organizarea virușilor în subtipuri. „Aceasta este de fapt ceea ce m -a atras la această bază de date”, spune Shi. Secvențele incorecte în depozitele curente pot împiedica semnificativ cercetătorii, adaugă el.

Până în prezent, Patoplexus a folosit date GenBank pentru cele patru viruși pentru a popula site -ul. Mii de vizitatori au accesat deja Site -ul și 50 au creat conturi pentru a depune date, dar nimeni nu a trimis secvențe până acum, explică Hodcroft. „Nu ne așteptam la cantități mari de date pentru agenții patogeni cu care am început.”

Cercetătorii care lucrează la alte viruși vor trebui să aștepte până când baza de date se va extinde pentru a le include. Pentru a se extinde, echipa trebuie să asigure finanțarea pe termen lung. Site -ul este condus în prezent de voluntari și de timp de calculator donat, care se va încheia în aproximativ șase luni. Hodcroft spune că obiectivul ei actual este de a atrage donatorii. „Sunt prudent optimist.”