Uma nova base de dados para investigadores partilharem genomas de vírus perigosos promete resolver muitos dos problemas que dificultam as alternativas existentes. Mas primeiro os investigadores têm de ser convencidos a utilizá-los.

Pathoplexus – uma combinação de patógeno e plexo – foi lançado no mês passado, e a equipe de cientistas por trás do banco de dados espera que isso motive mais pesquisadores a compartilhar sequências genéticas de vírus conhecidos e emergentes com importância para a saúde pública.

Compartilhar sequências o mais rápido possível é importante para identificar novos vírus e rastrear alterações que possam torná-los mais perigosos para as pessoas, bem como para desenvolver vacinas, explica Edward Holmes, virologista da Universidade de Sydney, na Austrália.

Pathoplexus está atualmente focado em quatro vírus que não estão especificamente listados em outros bancos de dados: vírus da febre hemorrágica da Crimeia-Congo, Ebola Sudão, Ebola Zaire e vírus do Nilo Ocidental. Mais patógenos serão adicionados posteriormente, disse a equipe.

Obstáculos existentes

Entre os maiores repositórios existentes está o GenBank, nos Estados Unidos, que oferece acesso irrestrito aos seus dados genômicos. Mas o acesso público significa que, em teoria, qualquer pessoa pode utilizar os dados para publicar artigos científicos sem reconhecer os proprietários dos dados. Isto tem desencorajado os cientistas, especialmente dos países de baixo rendimento, de partilharem rapidamente os seus dados, como durante uma emergência de saúde pública. Um repositório alternativo, GISAID, exige que os utilizadores se registem, reconheçam os proprietários dos dados e façam o seu melhor para cooperar com os proprietários. O banco de dados foi desenvolvido para garantir os direitos dos remetentes dos dados.

GISAID tem sido extremamente útil durante a pandemia de COVID-19 popular e contém quase 17 milhões de sequências do SARS-CoV-2, o vírus por trás do COVID-19. No entanto, os investigadores têm preocupações sobre a transparência na sua governança, como medeia disputas de reconhecimento e como impõe sanções àqueles que acredita terem violado os Termos de Serviço.

“O GISAID causou muita frustração nos últimos anos”, diz Spyros Lytras, virologista evolucionista da Universidade de Tóquio. "A partir destas experiências, a comunidade científica aprendeu como podemos fazer melhor. Uma redefinição é o que precisamos como comunidade, e o Pathoplexus pode ser a solução."

Um representante do GISAID disse por e-mail que a confiança que tem junto à comunidade científica é forte e que mais de 70 mil pesquisadores utilizam o site. As funções dos seus órgãos de governação e financiadores são apresentadas no site e os seus termos de utilização não mudaram desde a sua fundação em 2008, disse o representante.

Construir confiança

Pathoplexus oferece algumas proteções para os usuários. Por exemplo, os investigadores podem estabelecer restrições sobre a forma como os seus dados podem ser utilizados, por exemplo, não podem ser utilizados como foco central de publicações científicas durante um período máximo de um ano sem a sua autorização expressa. Isto deve dar aos proprietários dos dados tempo suficiente para submeter um manuscrito sobre os seus resultados.

Os usuários também devem reconhecer os proprietários dos dados em suas publicações. “Pretendemos construir uma comunidade onde os investigadores tenham confiança de que as suas contribuições são respeitadas e devidamente reconhecidas”, afirma Jamie Southgate, membro da Pathoplexus e diretor de operações da coligação global Public Health Alliance for Genomic Epidemiology, com sede na Cidade do Cabo, África do Sul.

A Pathoplexus não bloqueará o acesso ao Site por qualquer pessoa que viole os Termos de Uso, o que GISAID fez isso em casos raros. Em vez disso, a equipe entrará em contato com periódicos para garantir que os dados publicados sejam usados ​​de acordo com a forma como foram compartilhados, explica Emma Hodcroft, cofundadora da Pathoplexus e epidemiologista molecular do Instituto Suíço de Saúde Tropical e Pública em Basileia, Suíça. “Tentamos deixar as condições incrivelmente claras”, diz ela.

“É uma solução boa e inteligente”, afirma Senjuti Saha, microbiologista molecular da Child Health Research Foundation em Dhaka, que apoia a prática de contactar os editores. “É assim que deveria ser.” Ela acha que a transparência do Pathoplexus aumentará a confiança na comunidade científica.

Mas ainda é muito cedo para dizer se o repositório resolverá os atuais problemas de compartilhamento de dados, diz Saha. “É um primeiro passo excelente e fantástico.”

Os usuários também podem tender a compartilhar sequências em bancos de dados locais. Na China, por exemplo, é mais provável que os investigadores publiquem sequências de vírus emergentes em bases de dados chinesas, diz Shi Mang, biólogo evolucionista da Universidade Sun Yat-sen em Shenzhen, China, que também faz parte do conselho consultivo científico da Pathoplexus. Mas para vírus estabelecidos, eles provavelmente usarão repositórios com coleções bem mantidas que o Pathoplexus oferece.

Experiência do usuário aprimorada

Os desenvolvedores do Pathoplexus tentaram melhorar a experiência do usuário, inclusive tornando o upload o mais fácil possível. Pathoplexus também verifica os dados da sequência e as informações que os acompanham em busca de erros e ajuda a organizar os vírus em subtipos. “Na verdade, foi isso que me atraiu neste banco de dados”, diz Shi. Sequências incorretas nos repositórios atuais podem prejudicar significativamente os pesquisadores, acrescenta.

Até agora, o Pathoplexus usou dados do GenBank dos quatro vírus para povoar o site. Milhares de visitantes já acessaram o site e 50 criaram contas para enviar dados, mas ninguém enviou sequências até agora, explica Hodcroft. “Não esperávamos grandes quantidades de dados sobre os patógenos com os quais começamos.”

Os pesquisadores que trabalham com outros vírus terão que esperar até que o banco de dados se expanda para incluí-los. Para expandir, a equipe precisa garantir financiamento de longo prazo. O site é atualmente administrado por voluntários e doado tempo de informática, que terminará em cerca de seis meses. Hodcroft diz que seu objetivo atual é atrair doadores. “Estou cautelosamente otimista.”