Novo Site do Genoma de Vírus: Divisão de Sequência Simples e Fair para todos
Novo Site do Genoma de Vírus: Divisão de Sequência Simples e Fair para todos
Um novo banco de dados para pesquisadores para o uso conjunto do genoma de vírus perigosos promete resolver muitos dos problemas que impedem as alternativas existentes. Mas primeiro os pesquisadores devem ser convencidos de usá -los.
Pathopxus - uma combinação de patógeno e plexo - foi lançado no mês passado, e a equipe de cientistas por trás do banco de dados espera que ele motiva mais pesquisadores a compartilhar sequências genéticas de vírus bem conhecidos e que ocorrem recém -ocorridos para a saúde pública.
A transferência mais rápida possível de seqüências é importante para identificar novos vírus e buscar mudanças que possam torná -las mais perigosas para as pessoas, bem como o desenvolvimento de vacinas, explica Edward Holmes, um virologista da Universidade de Sydney, Austrália.
Atualmente, oPathopxus está se concentrando em quatro vírus que não são especialmente listados em outros bancos de dados: o vírus da febre hemorrágica da Crimeia-Congo, Ebola Sudan, Ebola Zaire e Vírus Nil Ocidental. Outros patógenos devem ser adicionados mais tarde, de acordo com a equipe.
obstáculos existentes
Um dos maiores repositórios existentes é o GenBank nos Estados Unidos, que oferece acesso irrestrito aos seus dados genômicos. Mas o acesso público significa que, teoricamente, todos podem usar os dados para publicar artigos científicos sem reconhecer os bancos de dados. Isso impediu que os cientistas, especialmente de países de baixa renda, de compartilhar seus dados, por exemplo, durante uma emergência de saúde pública. Um repositório alternativo, o GISAID, exige que os usuários se registrem, reconheçam os bancos de dados e façam o possível para trabalhar com os proprietários. O banco de dados foi desenvolvido para garantir os direitos dos dados mais enviados.
gisAid foi extremamente Transparência Expressa em sua governança, como disputas sobre o reconhecimento e como impõe sanções contra aqueles que, em sua opinião, violaram os termos de uso
"Gisaid causou muita frustração nos últimos anos", diz Spyros Lytras, um virologista evolutivo da Universidade de Tóquio. "A partir dessas experiências, a comunidade científica aprendeu como podemos fazê -lo melhor. Uma reinicialização é o que precisamos como comunidade, e a Pothopxus pode ser a solução".
Um representante da GISAID disse em um email que a confiança que ele tem na comunidade científica é forte e que mais de 70.000 pesquisadores usam o site. Os papéis de seus órgãos e doadores de governança são apresentados no site, e seus termos de uso não mudaram desde que foi fundada em 2008, segundo o representante.
Construir confiança
Potocupxus oferece algumas medidas de proteção para os usuários. Por exemplo, os pesquisadores podem determinar restrições sobre como seus dados podem ser usados, por exemplo, eles podem não ser usados como um foco central das publicações científicas por até um ano sem a aprovação expressa. Isso deve dar aos proprietários de dados tempo suficiente para enviar um manuscrito por meio de seus resultados.
Os usuários também devem reconhecer os proprietários de dados em suas publicações. "Pretendemos construir uma comunidade na qual os pesquisadores tenham a confiança de que suas contribuições serão respeitadas e reconhecidas adequadamente", diz Jamie Southgate, membro da Pothopxus e chefe das operações da Aliança Global de Saúde Pública da Epidemiologia genômica, com sede na Cidade de Cape, na África do Sul.
Pathoplexus does not block people who violate the terms of use, from access to the page, what GISAID fez . Em vez disso, a equipe entrará em contato com os periódicos especializados para garantir que os dados publicados sejam usados de acordo com a maneira como foram compartilhados, explica Emma Hodcroft, co-fundadora do Pathopxus e epidemiologista molecular no Instituto de Saúde Tropical e Pública da Suíça, em Basel, Switzerland. "Tentamos formular as condições incrivelmente claramente", diz ela.
"É uma solução boa e inteligente", diz Senjuti Saha, microbiologista molecular da Fundação de Pesquisa em Saúde Infantil em Dhaka, que apóia o procedimento, editores. "É assim que deve ser." Ela acha que a transparência de Pathopxus fortalecerá a confiança na comunidade científica.
Mas ainda é muito cedo para dizer se o repositório resolverá os problemas atuais com a troca de dados, diz Saha. "É um primeiro passo excelente e fantástico".
Os usuáriostambém podem tender a compartilhar seqüências em bancos de dados locais. Na China, por exemplo, os pesquisadores, por exemplo, provavelmente são mais propensos a publicar vírus recém-ocorridos em bancos de dados chineses, diz Shi Mang, um biólogo evolutivo da Universidade Sun Yat-Sen, em Shenzhen, China, que também está no Conselho Advisor Scientific de Phoplopxus. Mas, para vírus estabelecidos, você provavelmente usará repositórios com coleções bem mantidas que a Pathopxus oferece.
Experiência do usuário aprimorada
Os desenvolvedores do Pothopxus tentaram melhorar a experiência do usuário, entre outras coisas, facilitando o upload o mais fácil possível. A Potocópxus também verifica os dados de sequência e as informações que acompanha erros e ajuda a organizar vírus nos subtipos. "Isso é realmente o que atraiu para esse banco de dados", diz Shi. Os aumentadores podem impedir significativamente as falsas sequências nos repositórios atuais, acrescenta ele.
Até agora, a Pothopxus usou dados Genbian para os quatro vírus para preencher a página. Milhares de visitantes já ligaram para a página e 50 criaram contas para enviar dados, mas até agora ninguém enviou sequências, explica Hodcroft. "Não esperávamos grandes quantidades de dados para o patogênico que começamos".
Pesquisadores que trabalham em outros vírus precisam esperar que o banco de dados seja expandido para incluí -los. Para expandir, a equipe precisa garantir financiamento a longo prazo. Atualmente, o site é operado por tempo voluntário e doado, que termina em cerca de seis meses. Hodcroft diz que é o objetivo atual de vencer doadores. "Estou cuidadosamente otimista."