Nowa strona internetowa genomu wirusowego: Prosty i uczciwy podział sekwencji dla wszystkich

Patoplexus - kombinacja patogenu i splotu - została uruchomiona w zeszłym miesiącu, a zespół naukowców stojących za bazą danych ma nadzieję, że motywuje więcej badaczy do dzielenia się sekwencjami genetycznymi dobrze znanych i nowo występujących wirusów dla zdrowia publicznego.

Najszybsze możliwe przeniesienie sekwencji jest ważne dla zidentyfikowania nowych wirusów i realizacji zmian, które mogą uczynić je bardziej niebezpiecznymi dla ludzi, a także rozwój szczepionek, wyjaśnia Edward Holmes, wirusolog z University of Sydney w Australii.

Patoplexus koncentruje się obecnie na czterech wirusach, które nie są specjalnie wymienione w innych bazach danych: wirus krwotocznej gorączki krwotocznej kryminowo-kongonowej, Eboli Sudan, Eboli Zaire i wirusa Zachodniego NIL. Według zespołu dalsze patogeny należy dodać później.

Istniejące przeszkody

Jednym z największych istniejących repozytoriów jest GenBank w Stanach Zjednoczonych, który oferuje nieograniczony dostęp do ich danych genomowych. Ale dostęp publiczny oznacza, że ​​teoretycznie każdy może wykorzystywać dane do publikowania artykułów naukowych bez rozpoznawania baz danych. Uniemożliwiło to naukowcom, zwłaszcza krajom o niskich dochodach, udostępnianie swoich danych, na przykład podczas nagłych wypadków zdrowia publicznego. Alternatywne repozytorium, GISAID, wymaga od użytkowników rejestracji, rozpoznawania baz danych i docierania z siebie, aby współpracować z właścicielami. Baza danych została opracowana w celu zapewnienia większego przesłania praw danych.

GISAID był wyjątkowo popularny i constains 17 Million sekwencji SARS-COV-2 za Covid-19. Data-Track-Category = „Body Tekst Link”> Przejrzystość Wyrażony w jego zarządzaniu, jako spory o uznanie i to, jak nakłada sankcje wobec tych, którzy jego zdaniem naruszyły warunki użytkowania

„Gisaid spowodował wiele frustracji w ostatnich latach”, mówi Spyros Lytras, wirusolog ewolucyjny z University of Tokyo. „Z tych doświadczeń społeczność naukowa dowiedziała się, jak możemy to zrobić lepiej. Ponowne uruchomienie jest tym, czego potrzebujemy jako społeczność, a Patoplexus może być rozwiązaniem”.

Przedstawiciel Gisaid powiedział w e -mailu, że zaufanie, że ma on w społeczności naukowej, jest silne i że ponad 70 000 badaczy korzysta z witryny. Role jego narządów zarządzających i darczyńców są prezentowane na stronie internetowej, a ich warunki użytkowania nie zmieniły się od czasu założenia w 2008 r., Według przedstawiciela.

buduj zaufanie

Patoplexus oferuje pewne środki ochronne dla użytkowników. Na przykład naukowcy mogą określić ograniczenia dotyczące sposobu wykorzystania ich danych, na przykład nie mogą być wykorzystywane jako główny cel publikacji naukowych przez okres do jednego roku bez ich wyraźnej zgody. Powinno to dać właścicielom danych wystarczająco dużo czasu na przesłanie manuskryptu za pośrednictwem ich wyników.

Użytkownicy muszą również rozpoznać właścicieli danych w swoich publikacjach. „Zamierzamy zbudować społeczność, w której naukowcy mają pewność, że ich wkład zostanie szanowany i odpowiednio rozpoznawany” - mówi Jamie Southgate, członek Patoplexus i szef działalności Global Coalition Public Health Alliance for Genomic Epidemiology z siedzibą w Cape Town w Południowej Afryce.

Patoplexus nie blokuje osób, które naruszają warunki użytkowania, od dostępu do strony, co GISAID zrobił . Zamiast tego zespół skontaktuje się ze specjalistycznymi czasopismami, aby upewnić się, że opublikowane dane są wykorzystywane zgodnie ze sposobem ich udostępniania, wyjaśnia Emmę Hodcroft, współzałożycielkę Patoplexus i epidemiologa molekularnego w szwajcarskim Tropical and Public Health Institute w Bazylei w Szwajcarii. „Próbowaliśmy niezwykle wyraźnie sformułować warunki” - mówi.

„To dobre, sprytne rozwiązanie”, mówi Senjuti Saha, mikrobiolog molekularny z Fundacji Badań Dziecka w Dhaka, która wspiera procedurę, wydawcy. „Tak to powinno być”. Uważa, że ​​przejrzystość Patoplexusa wzmocni zaufanie do społeczności naukowej.

Ale jest jeszcze za wcześnie, aby powiedzieć, czy repozytorium rozwiąże bieżące problemy z wymianą danych, mówi Saha. „To doskonały i fantastyczny pierwszy krok”.

Użytkownicy mogą również udostępniać sekwencje w lokalnych bazach danych. Na przykład w Chinach naukowcy, na przykład, prawdopodobnie częściej opublikują nowo występujące wirusy w chińskich bazach danych, mówi Shi Mang, biolog ewolucyjny na Uniwersytecie Sun Yat-Sen w Shenzhen w Chinach, który również zajmuje się naukową radą doradczą w patopleleksusie. Ale w przypadku uznanych wirusów prawdopodobnie użyjesz repozytoriów z dobrze utrzymanymi kolekcjami, które oferuje Pathoplexus.

Ulepszone wrażenia użytkownika

Programiści Patoplexus próbowali poprawić wrażenia użytkownika, między innymi, dzięki czemu przesłanie tak łatwe. Patoplexus sprawdza również dane sekwencji i towarzyszące informacje pod kątem błędów i pomaga organizować wirusy w podtypach. „Właśnie to przyciągnęło tę bazę danych” - mówi Shi. Dodaje, że wzrosty mogą znacznie utrudniać fałszywe sekwencje w obecnych repozytoriach.

Naukowcy pracujący nad innymi wirusami muszą czekać, aż baza danych zostanie rozszerzona o ich uwzględnienie. Aby się rozwinąć, zespół musi zabezpieczyć długoterminowe finansowanie. Witryna jest obecnie obsługiwana przez wolontariat i przekazany czas komputerowy, który kończy się za około sześć miesięcy. Hodcroft twierdzi, że jest to obecny cel wygranych dawców. „Jestem starannie optymistą”.