Nytt virus genom nettsted: enkel og rettferdig sekvensdivisjon for alle

En ny database for forskere for felles bruk av genomet av farlige virus lover å løse mange av problemene som hindrer eksisterende alternativer. Men først må forskerne være overbevist om å bruke dem.

Pathoplexus - en kombinasjon av patogen og plexus - ble lansert forrige måned, og teamet av forskere bak databasen håper at det vil motivere flere forskere til å dele genetiske sekvenser av kjente og nylig oppståtte virus for folkehelse.

Raskest mulig overføring av sekvenser er viktig for å identifisere nye virus og forfølge endringer som kan gjøre dem farligere for mennesker, så vel som utvikling av vaksiner, forklarer Edward Holmes, en virolog ved University of Sydney, Australia.

Pathoplexus konsentrerer seg foreløpig om fire virus som ikke er spesielt oppført i andre databaser: viruset til krim---Congo hemoragisk feber, Ebola Sudan, Ebola Zaire og West Nil-viruset. Ytterligere patogener bør legges til senere, ifølge teamet.

eksisterende hinder

En av de største eksisterende depotene er GenBank i USA, som tilbyr ubegrenset tilgang til deres genomiske data. Men offentlig tilgang betyr at teoretisk sett kan alle bruke dataene til å publisere vitenskapelige artikler uten å gjenkjenne databasene. Dette har forhindret forskere, spesielt fra land med lav inntekt, fra å dele dataene sine, for eksempel under en nødsituasjon i folkehelsen. Et alternativt depot, Gisaid, krever at brukerne registrerer seg, å gjenkjenne databasene og gjøre sitt beste for å samarbeide med eierne. Databasen ble utviklet for å sikre rettighetene til data mer innsendt.

Gisaid var ekstremt Gjennomsiktighet uttrykt i hans styring, som tvister om anerkjennelse og hvordan det pålegger sanksjoner mot de som i hans mening, krenket begrepet

"Gisaid har forårsaket mye frustrasjon de siste årene," sier Spyros Lytras, en evolusjonær virolog ved University of Tokyo. "Fra disse opplevelsene har det vitenskapelige samfunnet lært hvordan vi kan gjøre det bedre. En omstart er det vi trenger som samfunn, og Pathoplexus kan være løsningen."

En representant for Gisaid sa i en e -post at tilliten den har i det vitenskapelige samfunnet er sterk og at mer enn 70 000 forskere bruker nettstedet. Rollene til hans styringsorganer og givere blir presentert på nettstedet, og deres bruksvilkår har ikke endret seg siden det ble grunnlagt i 2008, ifølge representanten.

Bygg tillit

Pathoplexus tilbyr noen beskyttende tiltak for brukere. For eksempel kan forskere bestemme begrensninger for hvordan dataene deres kan brukes, for eksempel kan de ikke brukes som et sentralt fokus for vitenskapelige publikasjoner i opptil ett år uten deres uttrykkelige godkjenning. Dette bør gi dataeierne nok tid til å sende inn et manuskript via resultatene.

Brukere må også gjenkjenne dataeierne i publikasjonene sine. "Vi har til hensikt å bygge opp et samfunn der forskere har tillit til at bidragene deres vil bli respektert og riktig anerkjent," sier Jamie Southgate, medlem av Pathoplexus og leder for driften av Global Coalition Public Health Alliance for Genomic Epidemiology med base i Cape Town, Sør -Afrika.

Pathoplexus blokkerer ikke personer som bryter vilkårene for bruk, fra tilgang til siden, hva Gisaid har gjort . I stedet vil teamet kontakte spesialisttidsskriftene for å sikre at de publiserte dataene brukes i samsvar med måten de ble delt på, forklarer Emma Hodcroft, medgründer av Pathoplexus og molekylær epidemiolog ved Swiss Tropical and Public Health Institute i Basel, Sveits. "Vi prøvde å formulere forholdene utrolig tydelig," sier hun.

"Det er en god, smart løsning," sier Senjuti Saha, en molekylær mikrobiolog ved Child Health Research Foundation i Dhaka, som støtter prosedyren, Publisher. "Slik skal det være." Hun tror at Pathoplexus 'åpenhet vil styrke tilliten i det vitenskapelige samfunnet.

Men det er fremdeles for tidlig å si om depotet vil løse de nåværende problemene med datautveksling, sier Saha. "Det er et utmerket og fantastisk første skritt."

Brukere kan også ha en tendens til å dele sekvenser i lokale databaser. I Kina, for eksempel, er det sannsynligvis mer sannsynlig at forskere er mer sannsynlig å publisere nylig oppståtte virus i kinesiske databaser, sier Shi Mang, en evolusjonsbiolog ved Sun Yat-Sen University i Shenzhen, Kina, som også sitter i det vitenskapelige rådgivende styret ved Pathoplexus. Men for etablerte virus vil du sannsynligvis bruke depoter med godt opprettholdte samlinger som Pathoplexus tilbyr.

Forbedret brukeropplevelse

Utviklerne av Pathoplexus prøvde å forbedre brukeropplevelsen, blant annet ved å gjøre opplasting så enkelt som mulig. Pathoplexus sjekker også sekvensdataene og tilhørende informasjon for feil og hjelper til med å organisere virus i undertyper. "Dette er faktisk det som har trukket til denne databasen," sier Shi. Økesere kan hindre falske sekvenser betydelig i de nåværende depotene, legger han til.

Frem til nå har Pathoplexus brukt genbiske data for de fire virusene for å fylle siden. Tusenvis av besøkende har allerede kalt opp siden, og 50 har opprettet kontoer for å sende inn data, men så langt har ingen sendt inn sekvenser, forklarer Hodcroft. "Vi forventet ikke høye datamengder for patogene som vi startet."

Forskere som jobber med andre virus må vente på at databasen skal utvides til å inkludere dem. For å utvide, må teamet sikre langvarig finansiering. Nettstedet drives for tiden av frivillig og donert datatid, som ender om seks måneder. Hodcroft sier at det er det nåværende målet å vinne givere. "Jeg er nøye optimistisk."