En ny database for forskere for å dele genomene med farlige virus lover å løse mange av problemene som hemmer eksisterende alternativer. Men første forskere må være overbevist om å bruke dem.

Pathoplexus - en kombinasjon av patogen og plexus - ble lansert forrige måned, og teamet av forskere bak databasen håper det vil motivere flere forskere til å dele genetiske sekvenser av kjente og nye virus med folkehelse betydning.

Å dele sekvenser så raskt som mulig er viktig for å identifisere nye virus og spore endringer som kan gjøre dem farligere for mennesker, så vel som for å utvikle vaksiner, forklarer Edward Holmes, en virolog ved University of Sydney, Australia.

Pathoplexus er for tiden fokusert på fire virus som ikke er spesielt oppført i andre databaser: Krim-Congo hemoragisk febervirus, Ebola Sudan, Ebola Zaire og West Nile-virus. Flere patogener vil bli lagt til senere, sa teamet.

Eksisterende hinder

Blant de største eksisterende depotene er GenBank i USA, som tilbyr ubegrenset tilgang til genomiske data. Men offentlig tilgang betyr at i teorien kan hvem som helst bruke dataene til å publisere vitenskapelige artikler uten å anerkjenne dataeierne. Dette har motløs forskere, særlig fra lavinntektsland, fra å dele dataene sine raskt, for eksempel under en nødsituasjon i folkehelsen. Et alternativt depot, Gisaid, krever at brukere registrerer seg, anerkjenner dataeiere og gjør sitt beste for å samarbeide med eierne. Databasen ble utviklet for å sikre rettighetene til datainnsendingene.

Gisaid har vært veldig nyttig under pandemien Covid-19 populær og inneholder nesten 17 millioner sekvenser fra SARS-CoV-2, viruset bak Covid-19. Imidlertid har forskere bekymring for åpenhet I sin styring, hvordan den formidler anerkjennelsestvister, og hvordan det pålegger sanksjoner mot dem det mener har krenket vilkårene for tjeneste.

"Gisaid har forårsaket mye frustrasjon de siste årene," sier Spyros Lytras, en evolusjonær virolog ved University of Tokyo. "Fra disse opplevelsene har det vitenskapelige samfunnet lært hvordan vi kan gjøre det bedre. En tilbakestilling er det vi trenger som samfunn, og Pathoplexus kan være løsningen."

En representant fra Gisaid sa i en e -post at tilliten det har til det vitenskapelige samfunnet er sterk og at mer enn 70 000 forskere bruker nettstedet. Rollene som styringsorganer og finansierere blir presentert på nettstedet, og deres bruksvilkår har ikke endret seg siden grunnleggelsen i 2008, sa representanten.

Bygg tillit

Pathoplexus tilbyr noen beskyttelse for brukere. For eksempel kan forskere sette begrensninger for hvordan dataene deres kan brukes, for eksempel kan de ikke brukes som det sentrale fokuset for vitenskapelige publikasjoner i opptil et år uten deres uttrykkelige tillatelse. Dette bør gi dataeiere nok tid til å sende inn et manuskript om resultatene.

Brukere må også anerkjenne dataeierne i publikasjonene sine. "Vi har til hensikt å bygge et samfunn der forskere har tillit til at bidragene deres blir respektert og riktig anerkjent," sier Jamie Southgate, medlem av Pathoplexus og operasjonsdirektør for Global Coalition Public Health Alliance for Genomic Epidemiology med base i Cape Town, Sør -Afrika.

Pathoplexus vil ikke blokkere noen som bryter vilkårene for bruk fra å få tilgang til nettstedet, som Gisaid har gjort det i sjeldne tilfeller. I stedet vil teamet kontakte tidsskrifter for å sikre at de publiserte dataene brukes i samsvar med måten de ble delt på, forklarer Emma Hodcroft, medgründer av Pathoplexus og en molekylær epidemiolog ved Swiss Tropical and Public Health Institute i Basel, Sveits. "Vi prøvde å gjøre forholdene utrolig klare," sier hun.

"Det er en god, smart løsning," sier Senjuti Saha, en molekylær mikrobiolog ved Child Health Research Foundation i Dhaka, som støtter praksisen med å kontakte utgivere. "Slik skal det være." Hun tror at Pathoplexus 'åpenhet vil øke tilliten i det vitenskapelige samfunnet.

Men det er fremdeles for tidlig å si om depotet vil løse gjeldende problemer med data, sier Saha. "Det er et utmerket og fantastisk første skritt."

Brukere kan også ha en tendens til å dele sekvenser i lokale databaser. I Kina, for eksempel, er det mer sannsynlig at forskere publiserer sekvenser av nye virus i kinesiske databaser, sier Shi Mang, en evolusjonsbiolog ved Sun Yat-Sen University i Shenzhen, Kina, som også sitter i Pathoplexus 'vitenskapelige rådgivende styre. Men for etablerte virus vil de sannsynligvis bruke depoter med godt vedlikeholdte samlinger som Pathoplexus tilbyr.

Forbedret brukeropplevelse

Utviklerne av Pathoplexus har prøvd å forbedre brukeropplevelsen, inkludert ved å gjøre opplasting så enkelt som mulig. Pathoplexus sjekker også sekvensdataene og tilhørende informasjon for feil og hjelper til med å organisere virus i undertyper. "Det er faktisk det som trakk meg til denne databasen," sier Shi. Feil sekvenser i nåværende depoter kan hindre forskere betydelig, legger han til.

Så langt har Pathoplexus brukt GenBank -data for de fire virusene for å befolke stedet. Tusenvis av besøkende har allerede fått tilgang til nettstedet og 50 har opprettet kontoer for å sende inn data, men ingen har sendt inn sekvenser så langt, forklarer Hodcroft. "Vi forventet ikke store datamengder for patogenene vi startet med."

Forskere som jobber med andre virus må vente til databasen utvides til å inkludere dem. For å utvide, trenger teamet å sikre langsiktig finansiering. Nettstedet drives for tiden av frivillige og donert datatid, som vil ende om omtrent seks måneder. Hodcroft sier at hennes nåværende mål er å tiltrekke seg givere. "Jeg er forsiktig optimistisk."