367px"> (max-width) 319px, (min-width: 1023px) 100VW, 767PX ">

Een nieuwe database voor onderzoekers voor het gezamenlijke gebruik van het genoom van gevaarlijke virussen belooft veel van de problemen op te lossen die bestaande alternatieven belemmeren. Maar eerst moeten de onderzoekers ervan overtuigd zijn ze te gebruiken.

Pathoplexus - een combinatie van pathogeen en plexus - werd vorige maand gelanceerd, en het team van wetenschappers achter de database hoopt dat het meer onderzoekers zal motiveren om genetische sequenties van goed bekende en nieuw voorkomende virussen voor de volksgezondheid te delen.

De snelst mogelijke overdracht van sequenties is belangrijk om nieuwe virussen te identificeren en veranderingen na te streven die hen gevaarlijker kunnen maken voor mensen, evenals de ontwikkeling van vaccins, verklaart Edward Holmes, een viroloog aan de Universiteit van Sydney, Australië.

Pathoplexus concentreert zich momenteel op vier virussen die niet speciaal worden vermeld in andere databases: het virus van de hemorragische koorts van de Krim-Congo, Ebola Sudan, Ebola Zaïre en het West Nil-virus. Verdere pathogenen moeten later worden toegevoegd, volgens het team.

bestaande hindernissen

Een van de grootste bestaande repositories is GenBank in de Verenigde Staten, die onbeperkte toegang biedt tot hun genomische gegevens. Maar openbare toegang betekent dat theoretisch iedereen de gegevens kan gebruiken om wetenschappelijke artikelen te publiceren zonder de databases te herkennen. Dit heeft verhinderd dat wetenschappers, vooral uit landen met een laag inkomen, hun gegevens delen, bijvoorbeeld tijdens een noodgeval voor de volksgezondheid. Een alternatieve repository, GISAID, vereist dat de gebruikers zich registreren, de databases herkennen en hun best doen om met de eigenaren te werken. De database is ontwikkeld om de meer ingediende gegevens te waarborgen.

gisaid was extreem Populares Transparantie uitgedrukt in zijn bestuur, als geschillen over erkenning en hoe het sancties oplegt tegen degenen die naar zijn mening de gebruiksvoorwaarden schonden.

"Gisaid heeft de afgelopen jaren veel frustratie veroorzaakt", zegt Spyros Lytras, een evolutionaire viroloog aan de Universiteit van Tokio. "Uit deze ervaringen heeft de wetenschappelijke gemeenschap geleerd hoe we het beter kunnen doen. Een herstart is wat we nodig hebben als gemeenschap, en Pathoplexus zou de oplossing kunnen zijn."

Een vertegenwoordiger van Gisaid zei in een e -mail dat de vertrouwen dat het in de wetenschappelijke gemeenschap heeft sterk is en dat meer dan 70.000 onderzoekers de site gebruiken. De rollen van zijn bestuursorganen en donoren worden op de website gepresenteerd en hun gebruiksvoorwaarden zijn niet gewijzigd sinds het in 2008 is opgericht, volgens de vertegenwoordiger.

Build Trust

Pathoplexus biedt enkele beschermende maatregelen voor gebruikers. Onderzoekers kunnen bijvoorbeeld beperkingen bepalen aan hoe hun gegevens kunnen worden gebruikt, ze kunnen bijvoorbeeld niet worden gebruikt als een centrale focus van wetenschappelijke publicaties gedurende maximaal een jaar zonder hun uitdrukkelijke goedkeuring. Dit zou de data -eigenaren voldoende tijd moeten geven om een ​​manuscript in te dienen via hun resultaten.

gebruikers moeten ook de data -eigenaren in hun publicaties herkennen. "We zijn van plan een gemeenschap op te bouwen waarin onderzoekers het vertrouwen hebben dat hun bijdragen zullen worden gerespecteerd en goed worden erkend", zegt Jamie Southgate, een lid van Pathoplexus en hoofd van de activiteiten van de Global Coalition Public Health Alliance voor genomische epidemiologie in Cape Town, Zuid -Afrika.

Pathoplexus blokkeert geen mensen die de gebruiksvoorwaarden schenden, van toegang tot de pagina, wat Gisaid heeft gedaan . In plaats daarvan neemt het team contact op met de gespecialiseerde tijdschriften om ervoor te zorgen dat de gepubliceerde gegevens worden gebruikt in overeenstemming met de manier waarop ze werden gedeeld, legt Emma Hodcroft uit, mede-oprichter van Pathoplexus en moleculaire epidemioloog bij het Zwitserse tropische en openbare gezondheidsinstituut in Basel, Zwitserland. "We hebben geprobeerd de voorwaarden ongelooflijk duidelijk te formuleren", zegt ze.

"Het is een goede, slimme oplossing", zegt Senjuti Saha, een moleculaire microbioloog bij de Child Health Research Foundation in Dhaka, die de procedure ondersteunt, uitgevers. "Zo zou het moeten zijn." Ze denkt dat de transparantie van Pathoplexus het vertrouwen binnen de wetenschappelijke gemeenschap zal versterken.

Maar het is nog steeds te vroeg om te zeggen of de repository de huidige problemen met gegevensuitwisseling zal oplossen, zegt SAHA. "Het is een uitstekende en fantastische eerste stap."

Gebruikers kunnen ook de neiging hebben om sequenties in lokale databases te delen. In China bijvoorbeeld zijn onderzoekers bijvoorbeeld waarschijnlijk meer kans om nieuwe virussen in Chinese databases te publiceren, zegt Shi Mang, een evolutiebioloog aan de Sun Yat-Sen University in Shenzhen, China, die ook zit in de wetenschappelijke adviesraad van Pathoplexus. Maar voor gevestigde virussen zult u waarschijnlijk repositories gebruiken met goed onderhouden collecties die Pathoplexus biedt.

verbeterde gebruikerservaring

De ontwikkelaars van Pathoplexus probeerden onder andere de gebruikerservaring te verbeteren door uploaden zo eenvoudig mogelijk te maken. Pathoplexus controleert ook de sequentiegegevens en bijbehorende informatie voor fouten en helpt om virussen in subtypen te organiseren. "Dit is eigenlijk wat er is aangetrokken tot deze database", zegt Shi. Verhoogers kunnen valse sequenties in de huidige repositories aanzienlijk belemmeren, voegt hij eraan toe.

Tot nu toe heeft Pathoplexus Genbiaanse gegevens gebruikt voor de vier virussen om de pagina te vullen. Duizenden bezoekers hebben de pagina al opgeroepen en 50 hebben accounts gemaakt om gegevens in te dienen, maar tot nu toe heeft niemand sequenties ingediend, legt Hodcroft uit. "We hadden geen grote hoeveelheden gegevens verwacht voor het pathogene dat we zijn begonnen."

Onderzoekers die op andere virussen werken, moeten wachten tot de database wordt uitgebreid om ze op te nemen. Om uit te breiden, moet het team langetermijnfinanciering veiligstellen. De site wordt momenteel beheerd door vrijwillige en gedoneerde computertijd, die in ongeveer zes maanden eindigt. Hodcroft zegt dat het het huidige doel is om donoren te winnen. "Ik ben zorgvuldig optimistisch."