Jaunā vīrusa genoma vietne: vienkārša un godīga secības nodaļa visiem
Jaunā vīrusa genoma vietne: vienkārša un godīga secības nodaļa visiem
Bleiben Sie informiert: Jeden Abend senden wir Ihnen die Artikel des Tages aus der Kategorie Allgemein – übersichtlich als Liste.
Esošie šķēršļi
Viena no lielākajām esošajām krātuvēm ir Genbank Amerikas Savienotajās Valstīs, kas piedāvā neierobežotu piekļuvi viņu genoma datiem. Bet publiska piekļuve nozīmē, ka teorētiski visi var izmantot datus, lai publicētu zinātniskus rakstus, neatzīstot datu bāzes. Tas ir liedzis zinātniekiem, it īpaši valstīm ar zemu nodomu, dalīties ar saviem datiem, piemēram, ārkārtas situācijas laikā sabiedrības veselības jomā. Alternatīva repozitorija Gisaid prasa lietotājiem reģistrēties, atpazīt datu bāzes un darīt visu iespējamo, lai strādātu ar īpašniekiem. Datu bāze tika izstrādāta, lai nodrošinātu vairāk iesniegto datu tiesības.
Gisaid bija ārkārtīgi Pārredzamība Izsakāmā viņa pārvaldībā, kā strīdi par atzīšanu un kā tas uzliek sankcijas pret tiem, kuri, pēc viņa domām, pārkāpa lietošanas noteikumus.
"Gisaid pēdējos gados ir izraisījis daudz neapmierinātības," saka Spyros Lytras, Tokijas universitātes evolūcijas virologs. "No šīs pieredzes zinātniskā sabiedrība ir iemācījusies, kā mēs to varam darīt labāk. Restartēšana ir tas, kas mums ir nepieciešams kā kopiena, un patoplexus varētu būt risinājums."
Gisaid pārstāvis e -pastā sacīja, ka uzticība, kas tai ir zinātniskajā aprindās, ir spēcīga un ka šo vietni izmanto vairāk nekā 70 000 pētnieku. Viņa pārvaldības orgānu un donoru lomas tiek prezentētas tīmekļa vietnē, un to lietošanas noteikumi nav mainījušies kopš tā dibināšanas 2008. gadā, pēc pārstāvja teiktā.
Veidojiet uzticību
Patoplexus lietotājiem piedāvā dažus aizsardzības pasākumus. Piemēram, pētnieki var noteikt ierobežojumus tam, kā viņu datus var izmantot, piemēram, tos, iespējams, neizmanto kā zinātnisko publikāciju centrālo uzmanību līdz vienam gadam bez to skaidra apstiprinājuma. Tam vajadzētu dot datu īpašniekiem pietiekami daudz laika, lai iesniegtu manuskriptu, izmantojot viņu rezultātus.
Lietotājiem ir jāatzīst arī datu īpašnieki savās publikācijās. "Mēs plānojam izveidot kopienu, kurā pētnieki ir pārliecināti, ka viņu ieguldījums tiks cienīts un pienācīgi atzīts," saka Džeimijs Southgate, Patoplexus loceklis un Globālās koalīcijas sabiedrības veselības alianses operāciju vadītājs genomiskās epidemioloģijas, kas balstīta Keiptaunā, Dienvidāfrikā.
patoplexus bloķē cilvēkus, kuri pārkāpj lietošanas noteikumus, sākot no piekļuves līdz lapai, kas GISAID ir izdarījusi . Tā vietā komanda sazināsies ar speciālistu žurnāliem, lai pārliecinātos, ka publicētie dati tiek izmantoti saskaņā ar to, kā tie tika dalīti, skaidro Emma Hodcroft, Patoplexus un molekulārā epidemiologa līdzdibinātāja Šveices tropiskās un sabiedrības veselības institūta Bāzelē, Šveicē. "Mēs centāmies neticami skaidri formulēt apstākļus," viņa saka.
"Tas ir labs, gudrs risinājums," saka Senjuti Saha, Molekulārais mikrobiologs Bērnu veselības pētījumu fondā Daka, kas atbalsta procedūru, izdevēji. "Tā tam vajadzētu būt." Viņa domā, ka patoplexus caurspīdīgums stiprinās uzticēšanos zinātniskajā aprindās.
Bet vēl ir pāragri pateikt, vai krātuve atrisinās pašreizējās datu apmaiņas problēmas, saka Saha. "Tas ir lielisks un fantastisks pirmais solis."
Lietotājiem varētu būt tendence dalīties arī ar sekvencēm vietējās datu bāzēs. Piemēram, Ķīnā, piemēram, pētnieki, iespējams, biežāk publicē jaunpakāpju vīrusus ķīniešu datu bāzēs, saka Ši Mangs, evolūcijas biologs Sun Yat-Sen universitātē Šenženā, Ķīnā, kurš arī sēž arī zinātniskā padomdevējā Pathopleksusa padomē. Bet izveidotajiem vīrusiem jūs, iespējams, izmantosit krātuves ar labi kopainām kolekcijām, kuras piedāvā patoplexus.
Uzlabota lietotāja pieredze
Pathoplexus izstrādātāji mēģināja uzlabot lietotāja pieredzi, cita starpā, padarot augšupielādi pēc iespējas vieglāku. Patoplexus arī pārbauda secības datus un pievienoto informāciju par kļūdām un palīdz organizēt vīrusus apakštipos. "Tas patiesībā ir tas, kas ir piesaistījis šo datu bāzi," saka Ši. Viņš piebilst, ka palielinātāji var ievērojami kavēt nepatiesas secības pašreizējās krātuvēs.
Līdz šim Pathoplexus četriem vīrusiem ir izmantojis Genbijas datus, lai aizpildītu lapu. Tūkstošiem apmeklētāju jau ir izsaukuši lapu, un 50 ir izveidojuši kontus, lai iesniegtu datus, bet līdz šim neviens nav iesniedzis secības, skaidro Hodkrofts. "Mēs negaidījām lielu datu daudzumu par patogēno, ko mēs sākām."
Pētniekiem, kuri strādā pie citiem vīrusiem, ir jāgaida, kamēr datu bāze tiks paplašināta, lai tos iekļautu. Lai paplašinātos, komandai ir jānodrošina ilgtermiņa finansējums. Vietni pašlaik pārvalda brīvprātīgais un ziedots datora laiks, kas beidzas apmēram sešos mēnešos. Hodcroft saka, ka tas ir pašreizējais mērķis - uzvarēt donorus. "Es esmu rūpīgi optimistisks."