Jauna datu bāze pētniekiem, lai dalītos ar bīstamo vīrusu genomiem, sola atrisināt daudzas problēmas, kas kavē esošās alternatīvas. Bet pirmajiem pētniekiem ir jābūt pārliecinātiem tos izmantot.

Pagājušajā mēnesī tika uzsākta patogēna un Plexus kombinācija - patogēna un pinuma kombinācija, un zinātnieku komanda, kas atrodas aiz datu bāzes, cer, ka tā motivēs vairāk pētnieku dalīties ar zināmu un topošo vīrusu ģenētiskajām sekvencēm ar sabiedrības veselību.

Pēc iespējas ātrāk koplietot sekvences ir svarīga, lai identificētu jaunus vīrusus un izsekotu izmaiņas, kas varētu padarīt tos bīstamākus cilvēkiem, kā arī vakcīnu attīstīšanai, skaidro Edvards Holmss, Virologs Sidnejas universitātē, Austrālijā.

Patlaboplexus šobrīd ir vērsts uz četriem vīrusiem, kas nav īpaši uzskaitīti citās datu bāzēs: Krimas-Kongo hemorāģiskā drudža vīruss, Ebolas Sudāna, Ebolas Zaire un Rietumnīlas vīruss. Vairāk patogēnu tiks pievienoti vēlāk, sacīja komanda.

Esošie šķēršļi

Starp lielākajām esošajām krātuvēm ir Genbank Amerikas Savienotajās Valstīs, kas piedāvā neierobežotu piekļuvi saviem genoma datiem. Bet publiska piekļuve nozīmē, ka teorētiski ikviens var izmantot datus, lai publicētu zinātniskus rakstus, neatzīstot datu īpašniekus. Tas ir atturējis zinātniekus, jo īpaši no valstīm ar zemiem ienākumiem, no ātri dalīties ar saviem datiem, piemēram, ārkārtas situācijas laikā sabiedrībā. Alternatīva krātuve Gisaid pieprasa lietotājiem reģistrēties, atzīt datu īpašniekus un darīt visu iespējamo, lai sadarbotos ar īpašniekiem. Datu bāze tika izstrādāta, lai nodrošinātu datu iesniedzēju tiesības.

Gisaid ir ārkārtīgi noderīgs CoVid-19 pandēmijas laikā populārs un satur gandrīz 17 miljonus secību no SARS-COV-2, vīrusa aiz COVID-19. Tomēr pētniekiem ir bažas par caurspīdīgums Savā pārvaldībā tas, kā tas ir starpniecību strīdiem un kā tas uzliek sankcijas tiem, kas, pēc viņa domām, ir pārkāpuši kalpošanas noteikumus.

“Gisaid pēdējos gados ir izraisījis daudz neapmierinātības,” saka Spyros Lytras, Tokijas universitātes evolūcijas virologs. "No šīs pieredzes zinātniskā sabiedrība ir iemācījusies, kā mēs varam darīt labāk. Atiestatīšana ir tas, kas mums ir nepieciešams kā kopiena, un Pathoplexus varētu būt risinājums."

Gisaid pārstāvis e -pastā sacīja, ka uzticība, kas tai ir ar zinātnisko aprindām, ir spēcīga un ka vietni izmanto vairāk nekā 70 000 pētnieku. Tīmekļa vietnes pārvaldības struktūru un finansētāju loma ir parādīta tīmekļa vietnē, un to lietošanas noteikumi nav mainījušies kopš tā dibināšanas 2008. gadā, sacīja pārstāvis.

Veidot uzticību

Patoplexus piedāvā dažas aizsardzības lietotājiem. Piemēram, pētnieki var noteikt ierobežojumus tam, kā var izmantot to datus, piemēram, tos nevar izmantot kā zinātnisko publikāciju galveno uzmanību līdz gadam bez viņu skaidras atļaujas. Tam vajadzētu dot datu īpašniekiem pietiekami daudz laika, lai iesniegtu manuskriptu par viņu rezultātiem.

Lietotājiem ir jāatzīst arī datu īpašnieki savās publikācijās. "Mēs plānojam izveidot kopienu, kurā pētnieki ir pārliecināti, ka viņu ieguldījums tiek cienīts un pienācīgi atzīts," saka Džeimijs Southgate, Patoplexus loceklis un Globālās koalīcijas sabiedrības veselības alianses operāciju direktors genoma epidemioloģijā, kas atrodas Keiptaunā, Dienvidāfrikā.

Patoplexus nebloķēs nevienu, kurš pārkāpj lietošanas noteikumus, piekļūstot vietnei, kas Gisaid to ir izdarījis retos gadījumos Apvidū Tā vietā komanda sazināsies ar žurnāliem, lai pārliecinātos, ka publicētie dati tiek izmantoti saskaņā ar to, kā tie tika koplietoti, skaidro Emma Hodcroft, Patoplexus līdzdibinātāja un molekulārā epidemioloģe Šveices tropu un sabiedrības veselības institūtā Bāzelē, Šveicē. "Mēs centāmies padarīt apstākļus neticami skaidrus," viņa saka.

“Tas ir labs, gudrs risinājums,” saka Senjuti Saha, Molekulārais mikrobiologs Bērnu veselības pētījumu fondā Dakā, kurš atbalsta praksi sazināties ar izdevējiem. "Tā tam vajadzētu būt." Viņa domā, ka patoplexus caurspīdīgums palielinās uzticēšanos zinātniskajā aprindās.

Bet vēl ir pāragri pateikt, vai krātuve atrisinās pašreizējās datu apmaiņas problēmas, saka Saha. "Tas ir lielisks un fantastisks pirmais solis."

Lietotājiem var būt tendence arī koplietot sekvences vietējās datu bāzēs. Piemēram, Ķīnā pētnieki, visticamāk, publicē topošo vīrusu secības Ķīnas datu bāzēs, saka Ši Mangs, evolūcijas biologs Sun Yat-Sen universitātē Šenženā, Ķīnā, kurš arī sēž uz Pathoplexus zinātniskās konsultatīvās padomes padomi. Bet izveidotajiem vīrusiem viņi, iespējams, izmantos krātuves ar labi uzturētām kolekcijām, kuras piedāvā Patoplexus.

Uzlabota lietotāja pieredze

Patoplexus izstrādātāji ir mēģinājuši uzlabot lietotāja pieredzi, tostarp padarot augšupielādi pēc iespējas vieglāku. Patoplexus arī pārbauda secības datus un pievienoto informāciju par kļūdām un palīdz organizēt vīrusus apakštipos. "Tas patiesībā mani piesaistīja šajā datu bāzē," saka Ši. Viņš piebilst, ka nepareizas secības pašreizējās krātuvēs var ievērojami kavēt pētniekus.

Līdz šim Patoplexus vietnes aizpildīšanai ir izmantojis GenBank datus četriem vīrusiem. Tūkstošiem apmeklētāju jau ir piekļuvuši vietnei un 50 ir izveidojuši kontus, lai iesniegtu datus, bet līdz šim neviens nav iesniedzis secības, skaidro Hodcroft. "Mēs negaidījām lielu datu daudzumu par patogēniem, ar kuriem mēs sākām."

Pētniekiem, kas strādā pie citiem vīrusiem, būs jāgaida, līdz datu bāze paplašinās, iekļaujot tos. Lai paplašinātos, komandai ir jānodrošina ilgtermiņa finansējums. Vietni šobrīd vada brīvprātīgie un ziedots datora laiks, kas beigsies apmēram sešu mēnešu laikā. Hodcroft saka, ka viņas pašreizējais mērķis ir piesaistīt donorus. "Es esmu piesardzīgi optimistisks."