Naujo viruso genomo svetainė: Paprastas ir sąžiningas sekų skyrius visiems
Naujo viruso genomo svetainė: Paprastas ir sąžiningas sekų skyrius visiems
Nauja duomenų bazė, skirta tyrėjams bendram pavojingų virusų genomo naudojimui, žada išspręsti daugelį problemų, kurios trukdo esamoms alternatyvoms. Tačiau pirmiausia tyrėjai turi būti įsitikinę, kad jais naudojasi.
Pathoplexus - patogeno ir rezginio derinys - buvo pradėtas praėjusį mėnesį, o duomenų bazės mokslininkų komanda tikisi, kad ji motyvuos daugiau tyrėjų pasidalyti gerai žinomų ir naujų visuomenės sveikatos virusų genetinėmis sekomis.
Greičiausias įmanomas sekų perkėlimas yra svarbus norint nustatyti naujus virusus ir atlikti pokyčius, dėl kurių jie gali padaryti pavojingesnius žmonėms, taip pat vakcinų vystymąsi, aiškina Edwardas Holmesas, Sidnėjaus universiteto, Australijos universiteto virusologas.
Pathoplexus šiuo metu daugiausia dėmesio skiria keturiems virusams, kurie nėra specialiai išvardyti kitose duomenų bazėse: Krymo-Kongo hemoraginio karščiavimo virusas, Ebolos Sudanas, Ebola Zaire ir Vakarų NIL virusas. Anot komandos, reikia pridėti kitus patogenus.
esamos kliūtys
Viena didžiausių esamų saugyklų yra „GenBank“ JAV, kuris siūlo neribotą prieigą prie jų genomo duomenų. Tačiau viešoji prieiga reiškia, kad teoriškai visi gali naudoti duomenis skelbti mokslinius straipsnius, nepripažindami duomenų bazių. Tai neleido mokslininkams, ypač iš mažų šalių, kad galėtų pasidalyti savo duomenimis, pavyzdžiui, per visuomenės sveikatos ekstremalią situaciją. Alternatyvi saugykla „Gisaid“ reikalauja, kad vartotojai registruotų, atpažintų duomenų bazes ir padarytų viską, kad galėtų dirbti su savininkais. Duomenų bazė buvo sukurta siekiant užtikrinti daugiau pateiktų duomenų teises.
Gisaid buvo ypač
Gisaid atstovas el. Laiške teigė, kad pasitikėjimas mokslo bendruomenėje yra stiprus ir kad svetainė naudojasi daugiau nei 70 000 tyrėjų. Jo valdymo organų ir rėmėjų vaidmenys pateikiami svetainėje, o jų naudojimo sąlygos nepasikeitė nuo tada, kai ji buvo įkurta 2008 m., Anot atstovo. Pathoplexus siūlo tam tikras apsaugos priemones vartotojams. Pvz., Tyrėjai gali nustatyti apribojimus, kaip jų duomenys gali būti naudojami, pavyzdžiui, jie negali būti naudojami kaip pagrindinis mokslinių leidinių dėmesys iki vienerių metų be jų aiškaus patvirtinimo. Tai turėtų suteikti duomenų savininkams pakankamai laiko pateikti rankraštį per jų rezultatus. Vartotojai taip pat privalo atpažinti duomenų savininkus savo leidiniuose. „Mes ketiname sukurti bendruomenę, kurioje tyrėjai pasitiki, kad jų indėlis bus gerbiamas ir tinkamai pripažintas“, - sako Jamie Southgate, „Pathoplexus“ narys ir Pasaulinės koalicijos visuomenės sveikatos aljanso veiklos vadovas genominės epidemiologijos, įsikūrusios Keiptaune, Pietų Afrikoje. Pathoplexus neužblokuoja žmonių, kurie pažeidžia naudojimo sąlygas, iš prieigos prie puslapio, kas Gisaid padarė . Vietoj to, komanda susisieks su specialistų žurnalais, kad užtikrintų, jog paskelbti duomenys būtų naudojami atsižvelgiant į tai, kaip jie buvo dalijami,-aiškina Emma Hodcroft, „Pathoplexus“ ir molekulinės epidemiologo įkūrėja Šveicarijos atogrąžų ir visuomenės sveikatos institute Bazelyje, Šveicarijoje. „Mes neįtikėtinai aiškiai bandėme suformuluoti sąlygas“, - sako ji. „Tai geras, protingas sprendimas“, - sako Senjuti Saha, molekulinė mikrobiologė iš Dakos vaikų sveikatos tyrimų fondo, palaikančio procedūrą, leidėjai. "Taip turėtų būti." Ji mano, kad „Pathoplexus“ skaidrumas sustiprins pasitikėjimą mokslo bendruomenėje. Bet dar per anksti pasakyti, ar saugykla išspręs dabartines duomenų mainų problemas, sako SAHA. "Tai puikus ir fantastiškas pirmasis žingsnis." Vartotojai taip pat gali būti linkę dalintis sekomis vietinėse duomenų bazėse. Pavyzdžiui, Kinijoje, pavyzdžiui, tyrėjai tikriausiai labiau linkę publikuoti naujai atsirandančius virusus Kinijos duomenų bazėse, sako Shi Mang, Evoliucinis biologas Sun Yat-sen universitete Šenzene, Kinijoje, kuris taip pat sėdi Pathoplexus mokslo patariamojoje patariamojoje patariamojoje taryboje. Tačiau nusistovėjusiems virusams tikriausiai naudosite saugyklose su gerai stebimomis kolekcijomis, kurias siūlo Pathoplexus. „Pathoplexus“ kūrėjai bandė pagerinti vartotojo patirtį, be kita ko, įkeldami kuo lengviau. „Pathoplexus“ taip pat patikrina sekos duomenis ir pridedamą informaciją apie klaidas ir padeda organizuoti virusus potipiuose. „Tai iš tikrųjų yra tai, kas atkreipė dėmesį į šią duomenų bazę“, - sako Shi. Jis priduria, kad didėjantys asmenys gali žymiai kliudyti klaidingoms dabartinių saugyklų sekoms. Iki šiol „Pathoplexus“ keturiems virusams užpildyti naudojo „Genbian“ duomenis. Tūkstančiai lankytojų jau iškvietė puslapį, o 50 sukūrė paskyras duomenims pateikti, tačiau iki šiol niekas nepateikė sekų, aiškina „Hodcroft“. "Mes nesitikėjome, kad mes pradėjome patogeniškai daug duomenų." Tyrėjai, dirbantys su kitais virusais, turi laukti, kol duomenų bazė bus išplėsta, įtraukdami juos. Norėdami išplėsti, komanda turi užsitikrinti ilgalaikį finansavimą. Šiuo metu svetainę valdo savanoriškas ir paaukotas kompiuterio laikas, kuris baigiasi maždaug po šešių mėnesių. „Hodcroft“ sako, kad tai yra dabartinis tikslas laimėti donorus. "Aš kruopščiai optimistiškas". statyti pasitikėjimą
patobulinta vartotojo patirtis