Nauja duomenų bazė, skirta tyrėjams pasidalyti pavojingų virusų genomais, žada išspręsti daugelį problemų, trukdančių esamoms alternatyvoms. Tačiau pirmieji tyrėjai turi būti įsitikinę, kad jais naudotis.

„Pathoplexus“ - patogeno ir rezginio derinys - buvo pradėtas praėjusį mėnesį, o duomenų bazės mokslininkų komanda tikisi, kad ji motyvuos daugiau tyrėjų pasidalyti žinomų ir kylančių virusų genetinėmis sekomis, turinčiomis svarbos visuomenės sveikatai.

Dalintis sekomis kuo greičiau svarbu nustatyti naujus virusus ir stebėti pokyčius, kurie gali padaryti jas pavojingesnius žmonėms, taip pat kuriant vakcinas, aiškina Sidnėjaus universiteto Virusologas Edwardas Holmesas.

„Pathoplexus“ šiuo metu yra orientuota į keturis virusus, kurie nėra specialiai išvardyti kitose duomenų bazėse: Krymo-Kongo hemoraginio karštinės viruso, Ebolos Sudano, Ebolos Zaire ir Vakarų Nilo viruso. Daugiau patogenų bus pridėta vėliau, sakė komanda.

Esamos kliūtys

Tarp didžiausių esamų saugyklų yra „GenBank“ JAV, kuris siūlo neribotą prieigą prie savo genomo duomenų. Tačiau viešoji prieiga reiškia, kad teoriškai kiekvienas gali naudoti duomenis skelbti mokslinius straipsnius, nepripažindamas duomenų savininkų. Tai atgrasė mokslininkus, ypač iš mažas pajamas gaunančių šalių, greitai pasidalyti savo duomenimis, tokiais kaip visuomenės sveikatos ekstremalios situacijos metu. Alternatyvi saugykla „Gisaid“ reikalauja, kad vartotojai registruotų, patvirtintų duomenų savininkus ir darytų viską, kad bendradarbiautų su savininkais. Duomenų bazė buvo sukurta siekiant užtikrinti duomenų pateikėjų teises.

„Gisaid“ buvo nepaprastai naudingas „Covid-19“ pandemijos metu Populiarus ir jame yra beveik 17 milijonų SARS-COV-2 sekų, viruso, esančio už „Covid-19“. Tačiau tyrėjai nerimauja dėl Skaidrumas Savo valdyme jis tarpininkauja pripažinimo ginčams ir tai, kaip jis nustato sankcijas tiems, kurie, jos manymu, pažeidė tarnybos sąlygas.

„Pastaraisiais metais Gisaid sukėlė daug nusivylimo“, - sako Tokijo universiteto evoliucinis virusologas Spyrosas Lytras. "Iš šios patirties mokslo bendruomenė sužinojo, kaip mes galime padaryti geriau. Iš naujo nustatyti, ko mums reikia kaip bendruomenei, o Pathoplexus gali būti sprendimas."

„Gisaid“ atstovas el. Laiške teigė, kad pasitikėjimas, kurį jis turi su mokslo bendruomene, yra stiprus ir kad svetainė naudojasi daugiau nei 70 000 tyrėjų. Jos valdymo įstaigų ir finansuotojų vaidmenys pateikiami svetainėje, o jų naudojimo sąlygos nepasikeitė nuo jos įkūrimo 2008 m., Sakė atstovas.

Kurti pasitikėjimą

„Pathoplexus“ vartotojams siūlo tam tikrą apsaugą. Pvz., Tyrėjai gali nustatyti apribojimus, kaip jų duomenys gali būti naudojami, pavyzdžiui, jie negali būti naudojami kaip pagrindinis mokslinių leidinių dėmesys iki metų be jų aiškaus leidimo. Tai turėtų suteikti duomenų savininkams pakankamai laiko pateikti rankraštį apie jų rezultatus.

Vartotojai taip pat turi patvirtinti duomenų savininkus savo leidiniuose. „Mes ketiname sukurti bendruomenę, kurioje tyrėjai pasitiki, kad jų indėlis yra gerbiamas ir tinkamai pripažintas“, - sako Jamie Southgate, „Pathoplexus“ narys ir Pasaulinės koalicijos visuomenės sveikatos aljanso genominės epidemiologijos direktorius Keiptaune, Pietų Afrikoje.

„Pathoplexus“ neužblokuos tų, kurie pažeidžia naudojimo sąlygas, prieigą prie svetainės, kuri Gisaidas tai padarė retais atvejais. Vietoj to, komanda susisieks su žurnalais, kad užtikrintų, jog paskelbti duomenys būtų naudojami atsižvelgiant į tai, kaip jais buvo dalijamasi, paaiškina Emma Hodcroft, „Pathoplexus“ įkūrėja ir molekulinė epidemiologė Šveicarijos tropinės ir visuomenės sveikatos institute Bazelyje, Šveicarijoje. „Mes stengėmės neįtikėtinai aiškiai pasakyti“, - sako ji.

„Tai geras, protingas sprendimas“, - sako Dakos vaikų sveikatos tyrimų fondo molekulinė mikrobiologė Senjuti Saha, palaikanti praktiką susisiekti su leidėjais. „Štai taip turėtų būti“. Ji mano, kad „Pathoplexus“ skaidrumas padidins pasitikėjimą mokslo bendruomenėje.

Tačiau dar per anksti pasakyti, ar saugykla išspręs dabartines duomenų dalijimosi problemas, sako SAHA. „Tai puikus ir fantastiškas pirmasis žingsnis.“

Vartotojai taip pat gali būti linkę dalintis sekomis vietinėse duomenų bazėse. Pavyzdžiui, Kinijoje tyrėjai labiau linkę publikuoti kylančių virusų sekas Kinijos duomenų bazėse, sako Shi Mang, Evoliucinis biologas Sun Yat-sen universitete Šenzene, Kinijoje, kuris taip pat yra „Pathoplexus“ mokslinės patariamojoje taryboje. Tačiau nusistovėjusiems virusams jie greičiausiai naudos saugyklas su gerai prižiūrimomis kolekcijomis, kurias siūlo Pathoplexus.

Patobulinta vartotojo patirtis

„Pathoplexus“ kūrėjai bandė pagerinti vartotojo patirtį, įskaitant kuo lengviau įkeldami. „Pathoplexus“ taip pat patikrina sekos duomenis ir pridedamą informaciją apie klaidas ir padeda sutvarkyti virusus į potipius. „Tai iš tikrųjų patraukė mane į šią duomenų bazę“, - sako Shi. Jis priduria, kad neteisingos dabartinių saugyklų sekos gali labai trukdyti tyrėjams.

Iki šiol „Pathoplexus“ naudojo „GenBank“ duomenis keturiems virusams, kad užpildytų vietą. Tūkstančiai lankytojų jau pasiekė svetainę ir 50 sukūrė paskyras duomenims pateikti, tačiau iki šiol niekas nepateikė sekų, aiškina „Hodcroft“. „Mes nesitikėjome, kad patogenai, su kuriais pradėjome, daug duomenų“.

Tyrėjai, dirbantys su kitais virusais, turės palaukti, kol duomenų bazė išsiplės, įtraukiant juos. Norėdami išplėsti, komanda turi užsitikrinti ilgalaikį finansavimą. Šiuo metu svetainę valdo savanoriai ir paaukota kompiuterio laikas, kuris baigsis maždaug po šešių mėnesių. Hodcroft sako, kad dabartinis jos tikslas yra pritraukti donorus. „Aš atsargiai optimistiškas“.