Nuovo sito Web del genoma del virus: divisione sequenza semplice ed equa per tutti

Nuovo sito Web del genoma del virus: divisione sequenza semplice ed equa per tutti

ostacoli esistenti

Uno dei più grandi repository esistenti è GenBank negli Stati Uniti, che offre accesso senza restrizioni ai loro dati genomici. Ma l'accesso al pubblico significa che teoricamente tutti possono utilizzare i dati per pubblicare articoli scientifici senza riconoscere i database. Ciò ha impedito agli scienziati, in particolare dai paesi a basso reddito, di condividere i loro dati, ad esempio durante un'emergenza di salute pubblica. Un repository alternativo, Gisaid, richiede agli utenti di registrarsi, di riconoscere i database e di fare del proprio meglio per lavorare con i proprietari. Il database è stato sviluppato per garantire i diritti dei dati più presentati.

gisaid era estremamente Trasparenza Espressa nella sua governance, come controversie sul riconoscimento e su come impongono sanzioni contro coloro che, a suo avviso, hanno violato i termini di utilizzo

"Gisaid ha causato molta frustrazione negli ultimi anni", afferma Spyros Lytras, virologo evolutivo all'Università di Tokyo. "Da queste esperienze, la comunità scientifica ha imparato come possiamo farlo meglio. Un riavvio è ciò di cui abbiamo bisogno come comunità e Pathoplexus potrebbe essere la soluzione."

Un rappresentante di Gisaid ha dichiarato in una e -mail che la fiducia che ha nella comunità scientifica è forte e che oltre 70.000 ricercatori utilizzano il sito. I ruoli dei suoi organi e donatori di governance sono presentati sul sito Web e le loro condizioni di utilizzo non sono cambiate da quando è stata fondata nel 2008, secondo il rappresentante.

Build Trust

Pathoplexus offre alcune misure protettive per gli utenti. Ad esempio, i ricercatori possono determinare le restrizioni su come i loro dati possono essere utilizzati, ad esempio, potrebbero non essere usati come focus centrale delle pubblicazioni scientifiche per un massimo di un anno senza la loro espressa approvazione. Ciò dovrebbe dare ai proprietari di dati abbastanza tempo per inviare un manoscritto tramite i loro risultati.

Gli utenti devono anche riconoscere i proprietari di dati nelle loro pubblicazioni. "Intendiamo costruire una comunità in cui i ricercatori hanno la fiducia che i loro contributi saranno rispettati e adeguatamente riconosciuti", afferma Jamie Southgate, membro di Pathoplexus e responsabile delle operazioni della globale Coalition Public Health Alliance for Genomic Epidemiology con sede a Città del Capo, in Sud Africa.

Pathoplexus non blocca le persone che violano le condizioni di utilizzo, dall'accesso alla pagina, cosa Gisaid ha fatto . Invece, il team contatterà le riviste specialistiche per garantire che i dati pubblicati vengano utilizzati in conformità con il modo in cui sono stati condivisi, spiega Emma Hodcroft, co-fondatrice di Pathoplexus e epidemiologo molecolare presso lo Swiss Tropical and Public Health Institute a Basilea, Svizzera. "Abbiamo cercato di formulare le condizioni incredibilmente chiaramente", afferma.

"È una buona soluzione intelligente", afferma Senjuti Saha, un microbiologo molecolare presso la Child Health Research Foundation di Dhaka, che supporta la procedura, editori. "È così che dovrebbe essere." Pensa che la trasparenza di Pathoplexus rafforzerà la fiducia all'interno della comunità scientifica.

Ma è ancora troppo presto per dire se il repository risolverà gli attuali problemi con lo scambio di dati, afferma Saha. "È un primo passo eccellente e fantastico."

Gli utenti potrebbero anche tendere a condividere sequenze nei database locali. In Cina, ad esempio, i ricercatori, ad esempio, hanno probabilmente maggiori probabilità di pubblicare virus appena presenti nei database cinesi, afferma Shi Mang, un biologo evolutivo presso l'Università Sun Yat-Sen di Shenzhen, in Cina, che si trova anche nel comitato consultivo scientifico di Pathoplexus. Ma per i virus consolidati probabilmente utilizzerai repository con collezioni ben mantenute che Pathoplexus offre.

Esperienza utente migliorata

Gli sviluppatori di Pathoplexus hanno cercato di migliorare l'esperienza dell'utente, tra le altre cose rendendo il caricamento il più semplice possibile. Pathoplexus controlla anche i dati di sequenza e le informazioni di accompagnamento per errori e aiuta a organizzare virus nei sottotipi. "Questo è in realtà ciò che ha attirato questo database", afferma Shi. Gli aumenti possono ostacolare significativamente false sequenze nei repository attuali, aggiunge.

Fino ad ora, Pathoplexus ha usato i dati genbici per i quattro virus per riempire la pagina. Migliaia di visitatori hanno già chiamato la pagina e 50 hanno creato account per inviare dati, ma finora nessuno ha inviato sequenze, spiega Hodcroft. "Non ci aspettavamo elevate quantità di dati per i patogeni che abbiamo iniziato".

I ricercatori che lavorano su altri virus devono attendere l'espansione del database per includerli. Per espandersi, il team deve garantire finanziamenti a lungo termine. Il sito è attualmente gestito da tempo volontario e donato al computer, che termina tra circa sei mesi. Hodcroft afferma che è l'obiettivo attuale di vincere i donatori. "Sono attentamente ottimista."