Egy új adatbázis a kutatók számára, hogy megosszák a veszélyes vírusok genomjait, megígéri, hogy megoldja a meglévő alternatívákat akadályozó problémákat. De az első kutatóknak meg kell győződni arról, hogy használják őket.

A Patoplexus - a patogén és a plexus kombinációja - a múlt hónapban indult, és az adatbázis mögött álló tudósok csoportja reméli, hogy több kutatót motivál, hogy megosszák a közegészségügyi jelentőségű ismert és feltörekvő vírusok genetikai szekvenciáit.

A szekvenciák a lehető leggyorsabban történő megosztása fontos az új vírusok azonosításához és a változások nyomon követésében, amelyek veszélyesebbé válhatnak az emberek számára, valamint az oltások kialakulásához - magyarázza Edward Holmes, az ausztráliai Sydney -i Egyetem virológusa.

A Patoplexus jelenleg négy vírusra összpontosít, amelyeket nem külön felsorolnak más adatbázisokban: krími-kongo vérzéses láz vírus, Ebola Sudan, Ebola Zaire és West Nílus vírus. További kórokozók később kerülnek hozzáadásra - mondta a csapat.

Meglévő akadályok

A legnagyobb meglévő adattárak között szerepel a GenBank az Egyesült Államokban, amely korlátlan hozzáférést kínál genomi adatainak. A nyilvános hozzáférés azonban azt jelenti, hogy elméletileg bárki felhasználhatja az adatokat tudományos cikkek közzétételére anélkül, hogy az adattulajdonosokat elismeri. Ez elriasztotta a tudósokat, különösen az alacsony jövedelmű országoktól, hogy gyorsan megosztják adataikat, például a közegészségügyi vészhelyzet során. Egy alternatív adattár, a GISAID, a felhasználóktól regisztrálni, elismerni az adattulajdonosokat, és mindent megtesz annak érdekében, hogy együttműködjön a tulajdonosokkal. Az adatbázist fejlesztették ki az adatok benyújtóinak jogainak biztosítása érdekében.

A Gisaid rendkívül hasznos volt a Covid-19 járvány során népszerű és közel 17 millió szekvenciát tartalmaz a SARS-COV-2-ből, a COVID-19 mögött álló vírusból. A kutatók azonban aggodalmukkal küzdenek a átláthatóság Kormányában, hogyan közvetíti az elismerési vitákat, és hogyan vezet be szankciókat azokra, amelyek szerint úgy vélik, hogy megsértették a szolgálat feltételeit.

„A Gisaid sok csalódást okozott az elmúlt években” - mondja Spyros Lytras, a Tokiói Egyetem evolúciós virológusa. "Ezekből a tapasztalatokból a tudományos közösség megtanulta, hogyan tudunk jobban megtenni. A visszaállításra szükségünk van, mint közösség, és a Pathoplexus lehet a megoldás."

A Gisaid képviselője egy e -mailben kijelentette, hogy a tudományos közösség iránti bizalom erős, és hogy több mint 70 000 kutató használja a webhelyet. A kormányzati testületek és a finanszírozók szerepét a weboldalon mutatják be, és a felhasználási feltételek nem változtak a 2008 -as alapítás óta - mondta a képviselő.

Bizalmat épít

A Patoplexus némi védelmet kínál a felhasználók számára. Például a kutatók korlátozásokat állíthatnak be az adatok felhasználására, például egy évig nem használhatók a tudományos publikációk központi fókuszaként kifejezett engedélyük nélkül. Ennek elegendő időt kell adnia az adattulajdonosoknak, hogy kéziratot nyújtsanak be az eredményekről.

A felhasználóknak el kell ismerniük az adattulajdonosokat a publikációikban is. „Olyan közösséget akarunk építeni, ahol a kutatók bíznak abban, hogy hozzájárulásaikat tiszteletben tartják és megfelelően elismerik” - mondja Jamie Southgate, a Patholoplexus tagja és a Globális Koalíció Koalíciós Közegészségügyi Szövetségének a Genomic Epidemiológia Szövetségének, a dél -afrikai Fokvárosban, a Genomic Epidemiológia Szövetségének.

A Phatoplexus nem blokkol senkit, aki megsérti a használati feltételeket a webhelyhez való belépéshez, amely A Gisaid ezt ritkán tette meg - Ehelyett a csapat felveszi a kapcsolatot a folyóiratokkal annak biztosítása érdekében, hogy a közzétett adatokat a megosztás módjának megfelelően használják-magyarázza Emma Hodcroft, a Pathoplexus társalapítója és egy molekuláris epidemiológus a svájci bázeli svájci trópusi és közegészségügyi intézetben. "Megpróbáltuk hihetetlenül világossá tenni a feltételeket" - mondja.

„Ez egy jó, okos megoldás” - mondja Senjuti Saha, a Dhaka -i Gyermek Egészségügyi Kutatási Alapítvány molekuláris mikrobiológusa, aki támogatja a kiadói kapcsolatfelvételi gyakorlatot. "Így kell lennie." Úgy gondolja, hogy a Patlanplexus átláthatósága növeli a bizalmat a tudományos közösségben.

De még mindig túl korai azt mondani, hogy a tároló megoldja -e a jelenlegi adatmegosztási problémákat - mondja Saha. "Kiváló és fantasztikus első lépés."

A felhasználók hajlamosak megosztani a szekvenciákat a helyi adatbázisokban is. Például Kínában a kutatók nagyobb valószínűséggel tesznek közzé a feltörekvő vírusok szekvenciáit a kínai adatbázisokban-mondja Shi Mang, a kínai Sun Yat-Sen Egyetem evolúciós biológusa, aki szintén a Pathoplexus tudományos tanácsadó testületén ül. De a bevált vírusok esetében valószínűleg olyan jól karbantartott gyűjteményekkel fognak tárolókat használni, amelyeket a Pathoplexus kínál.

Javított felhasználói élmény

A Patholoplexus fejlesztői megpróbálták javítani a felhasználói élményt, ideértve a feltöltést a lehető legkönnyebbé tételével. A Patoplexus ellenőrzi a szekvenciaadatokat és a kísérő információkat is a hibákról, és elősegíti a vírusok altípusokba történő rendezését. "Valójában ez vonzott engem ebbe az adatbázisba" - mondja Shi. A jelenlegi adattárak helytelen szekvenciái jelentősen akadályozhatják a kutatókat - tette hozzá.

Eddig a Pathoplexus a GenBank adatokat használt a négy vírushoz a hely feltöltéséhez. A látogatók ezrei már beléptek a webhelyre, és 50 számlát hozott létre az adatok benyújtására, de eddig senki sem nyújtott be szekvenciákat - magyarázza a Hodcroft. "Nem számítottunk nagy mennyiségű adatra a kórokozókra, amelyekkel kezdtük."

Más vírusokon dolgozó kutatóknak meg kell várniuk, amíg az adatbázis kibővül, hogy magában foglalja őket. A kibővítéshez a csapatnak hosszú távú finanszírozást kell biztosítania. A webhelyet jelenleg önkéntesek és adományozott számítógépes idő üzemeltet, amely körülbelül hat hónap alatt ér véget. Hodcroft szerint jelenlegi célja az adományozók vonzása. "Óvatosan optimista vagyok."