Új vírusgenom weboldal: Egyszerű és tisztességes szekvencia -megosztás mindenkinek

Új vírusgenom weboldal: Egyszerű és tisztességes szekvencia -megosztás mindenkinek

<ábra class = "ábra">
A

Pathoplexus jelenleg négy vírusra koncentrál, amelyeket nem külön felsorolnak más adatbázisokban: a krími-kongo vérzéses láz vírusának, az Ebola Szudánnak, az Ebola Zaire-nek és a Nyugat-Null vírusnak. A csapat szerint később további kórokozókat kell hozzáadni.

Meglévő akadályok

Az egyik legnagyobb meglévő adattár a GenBank az Egyesült Államokban, amely korlátlan hozzáférést kínál genomi adataikhoz. A nyilvános hozzáférés azonban azt jelenti, hogy elméletileg mindenki felhasználhatja az adatokat a tudományos cikkek közzétételére az adatbázisok felismerése nélkül. Ez megakadályozta, hogy a tudósok, különösen az alacsony jövedelmű országok, az adataik megosztását, például a közegészségügyi vészhelyzet során. Egy alternatív adattár, a GISAID, a felhasználóktól regisztrálja, felismerje az adatbázisokat, és mindent megtegyen a tulajdonosokkal való együttműködés érdekében. Az adatbázist úgy fejlesztették ki, hogy biztosítsa az adatok jogait.

gisaid was extremely popular and contains almost 17 A SARS-COV-2 millió szekvenciája a COVID-19 mögött. Data-Track-Category = "Body Text Link"> Átláthatóság A kormányzásban kifejezve, mint az elismerésről szóló viták és az, hogy szankciókat vezetjenek be azok ellen, akik véleménye szerint megsértették a használati feltételeket.

"A Gisaid sok csalódást okozott az utóbbi években" - mondja Spyros Lytras, a Tokiói Egyetem evolúciós virológusa. "Ezekből a tapasztalatokból a tudományos közösség megtanulta, hogyan tudjuk jobban megcsinálni. Az újraindítás az, amire szükségünk van közösségként, és a Patoplexus lehet a megoldás."

A Gisaid képviselője egy e -mailben kijelentette, hogy erős az a bizalom, hogy a tudományos közösségben fennáll, és hogy több mint 70 000 kutató használja a webhelyet. Kormányzati szervek és adományozók szerepét a weboldalon mutatják be, és a képviselő szerint a felhasználási feltételek nem változtak meg, mióta 2008 -ban alapították.

Bizonyító bizalom

A

Pathoplexus néhány védő intézkedést kínál a felhasználók számára. Például a kutatók meghatározhatják az adatok felhasználásának korlátozásait, például egy évig nem használhatók a tudományos publikációk központi fókuszpontjaként kifejezett jóváhagyásuk nélkül. Ennek elegendő időt kell adnia az adattulajdonosoknak, hogy az eredményeikkel kéziratot nyújtsanak be.

A

felhasználóknak fel kell ismerniük az adattulajdonosokat publikációikban is. "Arra törekszünk egy olyan közösség felépítésére, amelyben a kutatók bíznak abban, hogy hozzájárulásaikat tiszteletben tartják és megfelelően elismerik" - mondja Jamie Southgate, a Pathoplexus tagja, valamint a Globális Koalíció Közegészségügyi Szövetségének a Genomic Epidemiology székhelyű működésének vezetője.

A Pathoplexus nem blokkolja azokat az embereket, akik megsértik a használati feltételeket, az oldalhoz való hozzáférésből, mi Gisaid tett . Ehelyett a csapat felveszi a kapcsolatot a speciális folyóiratokkal annak biztosítása érdekében, hogy a közzétett adatokat a megosztásukkal összhangban használják-magyarázza Emma Hodcroft, a Pathoplexus társalapítója és a molekuláris epidemiológus a svájci Svájci Trópusi és Közegészségügyi Intézetben. "Megpróbáltuk hihetetlenül egyértelműen megfogalmazni a feltételeket" - mondja.

"Ez egy jó, okos megoldás" - mondja Senjuti Saha, a Dhaka -i Gyermek Egészségügyi Kutatási Alapítvány molekuláris mikrobiológusa, amely támogatja az eljárást, a kiadókat. "Így kell lennie." Úgy gondolja, hogy a Patlanplexus átláthatósága megerősíti a bizalmat a tudományos közösségben.

De még mindig túl korai azt mondani, hogy a lerakat megoldja -e az adatcserével kapcsolatos jelenlegi problémákat - mondja Saha. "Kiváló és fantasztikus első lépés."

A

felhasználók hajlamosak megosztani a szekvenciákat a helyi adatbázisokban. Például Kínában például a kutatók valószínűleg nagyobb valószínűséggel tesznek közzé újonnan előforduló vírusokat a kínai adatbázisokban-mondja Shi Mang, a kínai Shenzhen-i Sun Yat-sen egyetem evolúciós biológusa, aki szintén a Pathoplexus tudományos tanácsadó testületében található. De a megalapozott vírusok esetében valószínűleg tárolókat fog használni, jól megőrzött gyűjteményekkel, amelyeket a Pathoplexus kínál.

Javított felhasználói élmény

A Pathoplexus fejlesztői többek között megpróbálták javítani a felhasználói élményt azáltal, hogy a feltöltést a lehető legegyszerűbbé teszik. A Patoplexus ellenőrzi a szekvenciaadatokat és a kísérő információkat is a hibákról, és elősegíti a vírusok altípusokban történő megszervezését. "Valójában ez vonzza ezt az adatbázist" - mondja Shi. A növekedések jelentősen akadályozhatják a hamis szekvenciákat a jelenlegi tárolókban - tette hozzá.

Mostanáig a Patoplexus a négy vírus Genbiai adatokat használt az oldal kitöltéséhez. A látogatók ezrei már felhívták az oldalt, és 50 -et hoztak létre fiókokat az adatok benyújtására, de eddig senki sem nyújtott be szekvenciákat - magyarázza a Hodcroft. "Nem számítottunk arra, hogy nagy mennyiségű adatot vártunk az elindított patogénhez."

Más vírusokon dolgozó kutatóknak meg kell várniuk, hogy az adatbázis kibővüljön. A kibővítéshez a csapatnak hosszú távú finanszírozást kell biztosítania. A webhelyet jelenleg önkéntes és adományozott számítógépes idő üzemelteti, amely körülbelül hat hónap alatt ér véget. Hodcroft azt mondja, hogy ez a jelenlegi célja az adományozók nyerésének. "Gondosan optimista vagyok."

Kommentare (0)