Új vírusgenom weboldal: Egyszerű és tisztességes szekvencia -megosztás mindenkinek

Új vírusgenom weboldal: Egyszerű és tisztességes szekvencia -megosztás mindenkinek

Meglévő akadályok

Az egyik legnagyobb meglévő adattár a GenBank az Egyesült Államokban, amely korlátlan hozzáférést kínál genomi adataikhoz. A nyilvános hozzáférés azonban azt jelenti, hogy elméletileg mindenki felhasználhatja az adatokat a tudományos cikkek közzétételére az adatbázisok felismerése nélkül. Ez megakadályozta, hogy a tudósok, különösen az alacsony jövedelmű országok, az adataik megosztását, például a közegészségügyi vészhelyzet során. Egy alternatív adattár, a GISAID, a felhasználóktól regisztrálja, felismerje az adatbázisokat, és mindent megtegyen a tulajdonosokkal való együttműködés érdekében. Az adatbázist úgy fejlesztették ki, hogy biztosítsa az adatok jogait.

gisaid was extremely popular and contains almost 17 A SARS-COV-2 millió szekvenciája a COVID-19 mögött. Data-Track-Category = "Body Text Link"> Átláthatóság A kormányzásban kifejezve, mint az elismerésről szóló viták és az, hogy szankciókat vezetjenek be azok ellen, akik véleménye szerint megsértették a használati feltételeket.

"A Gisaid sok csalódást okozott az utóbbi években" - mondja Spyros Lytras, a Tokiói Egyetem evolúciós virológusa. "Ezekből a tapasztalatokból a tudományos közösség megtanulta, hogyan tudjuk jobban megcsinálni. Az újraindítás az, amire szükségünk van közösségként, és a Patoplexus lehet a megoldás."

A Gisaid képviselője egy e -mailben kijelentette, hogy erős az a bizalom, hogy a tudományos közösségben fennáll, és hogy több mint 70 000 kutató használja a webhelyet. Kormányzati szervek és adományozók szerepét a weboldalon mutatják be, és a képviselő szerint a felhasználási feltételek nem változtak meg, mióta 2008 -ban alapították.

Bizonyító bizalom

Pathoplexus néhány védő intézkedést kínál a felhasználók számára. Például a kutatók meghatározhatják az adatok felhasználásának korlátozásait, például egy évig nem használhatók a tudományos publikációk központi fókuszpontjaként kifejezett jóváhagyásuk nélkül. Ennek elegendő időt kell adnia az adattulajdonosoknak, hogy az eredményeikkel kéziratot nyújtsanak be.

felhasználóknak fel kell ismerniük az adattulajdonosokat publikációikban is. "Arra törekszünk egy olyan közösség felépítésére, amelyben a kutatók bíznak abban, hogy hozzájárulásaikat tiszteletben tartják és megfelelően elismerik" - mondja Jamie Southgate, a Pathoplexus tagja, valamint a Globális Koalíció Közegészségügyi Szövetségének a Genomic Epidemiology székhelyű működésének vezetője.

A Pathoplexus nem blokkolja azokat az embereket, akik megsértik a használati feltételeket, az oldalhoz való hozzáférésből, mi Gisaid tett . Ehelyett a csapat felveszi a kapcsolatot a speciális folyóiratokkal annak biztosítása érdekében, hogy a közzétett adatokat a megosztásukkal összhangban használják-magyarázza Emma Hodcroft, a Pathoplexus társalapítója és a molekuláris epidemiológus a svájci Svájci Trópusi és Közegészségügyi Intézetben. "Megpróbáltuk hihetetlenül egyértelműen megfogalmazni a feltételeket" - mondja.

"Ez egy jó, okos megoldás" - mondja Senjuti Saha, a Dhaka -i Gyermek Egészségügyi Kutatási Alapítvány molekuláris mikrobiológusa, amely támogatja az eljárást, a kiadókat. "Így kell lennie." Úgy gondolja, hogy a Patlanplexus átláthatósága megerősíti a bizalmat a tudományos közösségben.

De még mindig túl korai azt mondani, hogy a lerakat megoldja -e az adatcserével kapcsolatos jelenlegi problémákat - mondja Saha. "Kiváló és fantasztikus első lépés."

felhasználók hajlamosak megosztani a szekvenciákat a helyi adatbázisokban. Például Kínában például a kutatók valószínűleg nagyobb valószínűséggel tesznek közzé újonnan előforduló vírusokat a kínai adatbázisokban-mondja Shi Mang, a kínai Shenzhen-i Sun Yat-sen egyetem evolúciós biológusa, aki szintén a Pathoplexus tudományos tanácsadó testületében található. De a megalapozott vírusok esetében valószínűleg tárolókat fog használni, jól megőrzött gyűjteményekkel, amelyeket a Pathoplexus kínál.

Javított felhasználói élmény

A Pathoplexus fejlesztői többek között megpróbálták javítani a felhasználói élményt azáltal, hogy a feltöltést a lehető legegyszerűbbé teszik. A Patoplexus ellenőrzi a szekvenciaadatokat és a kísérő információkat is a hibákról, és elősegíti a vírusok altípusokban történő megszervezését. "Valójában ez vonzza ezt az adatbázist" - mondja Shi. A növekedések jelentősen akadályozhatják a hamis szekvenciákat a jelenlegi tárolókban - tette hozzá.

Mostanáig a Patoplexus a négy vírus Genbiai adatokat használt az oldal kitöltéséhez. A látogatók ezrei már felhívták az oldalt, és 50 -et hoztak létre fiókokat az adatok benyújtására, de eddig senki sem nyújtott be szekvenciákat - magyarázza a Hodcroft. "Nem számítottunk arra, hogy nagy mennyiségű adatot vártunk az elindított patogénhez."

Más vírusokon dolgozó kutatóknak meg kell várniuk, hogy az adatbázis kibővüljön. A kibővítéshez a csapatnak hosszú távú finanszírozást kell biztosítania. A webhelyet jelenleg önkéntes és adományozott számítógépes idő üzemelteti, amely körülbelül hat hónap alatt ér véget. Hodcroft azt mondja, hogy ez a jelenlegi célja az adományozók nyerésének. "Gondosan optimista vagyok."