Nova baza podataka za istraživače koji dijele genome opasnih virusa obećava da će riješiti mnoge probleme koji ometaju postojeće alternative. Ali prvi se istraživači moraju uvjeriti da ih koriste.

Pathoplexus - kombinacija patogena i pleksusa - lansirana je prošlog mjeseca, a tim znanstvenika koji stoji iza baze podataka nada se da će motivirati više istraživača da dijele genetske sekvence poznatih i novih virusa s važnom javnom zdravstvom.

Dijeljenje nizova što je brže moguće važno je za prepoznavanje novih virusa i praćenje promjena koje bi ih mogle učiniti opasnijim za ljude, kao i za razvoj cjepiva, objašnjava Edward Holmes, virolog sa Sveučilišta u Sydneyu u Australiji.

Pathoplexus je trenutno usredotočen na četiri virusa koji nisu posebno navedeni u drugim bazama podataka: virus hemoragične groznice krim-congo, ebola Sudan, ebola Zaire i virus zapadnog Nila. Kasnije će se dodavati više patogena, saopćio je tim.

Postojeće prepreke

Među najvećim postojećim spremištima je GenBank u Sjedinjenim Državama, koja nudi neograničen pristup njegovim genomskim podacima. Ali javni pristup znači da, u teoriji, svatko može koristiti podatke za objavljivanje znanstvenih članaka bez priznavanja vlasnika podataka. To je obeshrabrilo znanstvenike, posebno iz zemalja s niskim prihodima, od brzog dijeljenja njihovih podataka, kao što su tijekom hitne pomoći u javnom zdravstvu. Alternativno spremište, GISAID, zahtijeva od korisnika da se registriraju, priznaju vlasnike podataka i daju sve od sebe kako bi surađivali s vlasnicima. Baza podataka razvijena je kako bi se osigurala prava podnositelja podataka.

Gisaid je bio izuzetno koristan tijekom pandemije Coid-19 popularan i sadrži gotovo 17 milijuna sekvenci iz SARS-COV-2, virusa koji stoji iza Coid-19. Međutim, istraživači imaju zabrinutost zbog transparentnost U svom upravljanju, kako posreduje sporove o priznavanju i kako nameće sankcije onima za koje vjeruje da su prekršili uvjete pružanja usluge.

"Gisaid je posljednjih godina izazvao puno frustracije", kaže Spyros Lytras, evolucijski virolog sa Sveučilišta u Tokiju. "Iz tih iskustava, znanstvena zajednica je naučila kako možemo bolje. Ponovno postavljanje je ono što nam treba kao zajednica, a Pathoplus bi mogao biti rješenje."

Predstavnik GISAID -a rekao je u e -poruci da je povjerenje koje ima sa znanstvenom zajednicom snažno i da više od 70 000 istraživača koristi mjesto. Uloge njegovih tijela i sredstva za upravljanje predstavljene su na web stranici, a njihovi uvjeti korištenja nisu se promijenili od osnivanja 2008. godine, rekao je predstavnik.

Izgradite povjerenje

Pathoplexus nudi određenu zaštitu za korisnike. Na primjer, istraživači mogu postaviti ograničenja na način na koji se njihovi podaci mogu koristiti, na primjer, ne mogu se koristiti kao središnji fokus znanstvenih publikacija do godinu dana bez njihovog izričitog odobrenja. To bi vlasnicima podataka trebalo dati dovoljno vremena za podnošenje rukopisa o njihovim rezultatima.

Korisnici također moraju priznati vlasnike podataka u svojim publikacijama. "Namjeravamo izgraditi zajednicu u kojoj istraživači imaju uvjerenje da su njihovi doprinosi poštuju i pravilno priznati", kaže Jamie Southgate, član Pathopluxusa i direktor operacija za Globalnu koalicijsku javnu zdravstvenu savezu za genomsku epidemiologiju sa sjedištem u Cape Townu, Južna Afrika.

Pathoplexus neće blokirati nikoga tko krši uvjete korištenja od pristupa web mjestu, koji Gisaid je to učinio u rijetkim slučajevima. Umjesto toga, tim će se obratiti časopisima kako bi se osiguralo da se objavljeni podaci koriste u skladu s načinom na koji je podijeljen, objašnjava Emma Hodcroft, suosnivačica Pathoplexusa i molekularnog epidemiologa na švicarskom i javnom zdravstvenom institutu u Baselu, Švicarska. "Pokušali smo učiniti uvjete nevjerojatno jasnim", kaže ona.

"To je dobro, pametno rješenje", kaže Senjuti Saha, molekularni mikrobiolog iz Fondacije za istraživanje zdravlja djece u Daki, koji podržava praksu kontaktiranja izdavača. "Tako bi trebalo biti." Ona misli da će Pathoplexusova transparentnost povećati povjerenje u znanstvenoj zajednici.

Ali još je prerano reći hoće li spremište riješiti trenutne probleme s podjelom podataka, kaže Saha. "To je izvrstan i fantastičan prvi korak."

Korisnici također mogu dijeliti sekvence u lokalnim bazama podataka. U Kini, na primjer, istraživači imaju veću vjerojatnost da će objaviti sekvence virusa u nastajanju u kineskim bazama podataka, kaže Shi Mang, evolucijski biolog sa Sveučilišta Sun Yat-Sen u Shenzhenu u Kini, koji također sjedi u Odboru za znanstveno savjetovanje Pathoplexusa. Ali za uspostavljene viruse, oni će vjerojatno koristiti spremišta s dobro održavanim kolekcijama koje nudi Pathoplexus.

Poboljšano korisničko iskustvo

Programeri Pathoplexusa pokušali su poboljšati korisničko iskustvo, uključujući i prijenos što je moguće lakše. Pathoplexus također provjerava podatke o sekvenci i prate informacije za pogreške i pomaže u organiziranju virusa u podvrste. "To je zapravo ono što me privuklo ovoj bazi podataka", kaže Shi. Netočni nizovi u trenutnim spremištima mogu značajno ometati istraživače, dodaje.

Do sada je Pathoplexus koristio podatke GenBank -a za četiri virusa za popunjavanje mjesta. Tisuće posjetitelja već je pristupilo web mjestu, a 50 je stvorilo račune za slanje podataka, ali do sada nitko nije poslao sekvence, objašnjava Hodcroft. "Nismo očekivali velike količine podataka za patogene s kojima smo započeli."

Istraživači koji rade na drugim virusima morat će pričekati dok se baza podataka ne proširi na njih. Da bi se proširio, tim mora osigurati dugoročno financiranje. Stranicom trenutno upravljaju volonteri i donirali su računalno vrijeme, što će završiti za otprilike šest mjeseci. Hodcroft kaže da je njezin trenutni cilj privući donatore. "Oprezno sam optimističan."