Web stranica New Virus Genoma: Jednostavna i fer podjela sekvenci za sve

Nova baza podataka za istraživače za zajedničku upotrebu genoma opasnih virusa obećava da će riješiti mnoge probleme koji ometaju postojeće alternative. Ali prvo se istraživači moraju uvjeriti da ih koriste.

Pathoplexus - kombinacija patogena i pleksusa - lansirana je prošlog mjeseca, a tim znanstvenika koji stoji iza baze podataka nada se da će motivirati više istraživača da dijele genetske sekvence dobro poznatih i novonastalih virusa za javno zdravstvo.

Najbrži mogući prijenos sekvenci važan je za prepoznavanje novih virusa i nastavak promjena koje bi ih mogle učiniti opasnijim za ljude, kao i za razvoj cjepiva, objašnjava Edward Holmes, virolog sa Sveučilišta u Sydneyu u Australiji.

Pathoplexus se trenutno koncentrira na četiri virusa koji nisu posebno navedeni u drugim bazama podataka: virus krimsko-congo hemoragične groznice, Ebola Sudan, Ebola Zaire i virus West Nil. Daljnji patogeni trebaju se dodati kasnije, prema timu.

Postojeće prepreke

Jedno od najvećih postojećih spremišta je GenBank u Sjedinjenim Državama, koja nudi neograničen pristup njihovim genomskim podacima. Ali javni pristup znači da teoretski svatko može koristiti podatke za objavljivanje znanstvenih članaka bez prepoznavanja baza podataka. To je spriječilo znanstvenike, posebno iz zemalja s niskim prihodima, da dijele njihove podatke, na primjer, tijekom hitne pomoći u javnom zdravstvu. Alternativno spremište, GISAID, zahtijeva od korisnika da se registriraju, prepoznaju baze podataka i daju sve od sebe da rade s vlasnicima. Baza podataka je razvijena kako bi se osigurala više poslana prava podataka.

Gisaid je bio izuzetno Transparentnost Izrazila je u njegovoj upravi, kao sporovi o priznanju i kako to izriču sankcije protiv onih koji su, u njegovom mišljenju, prekršili uvjeti korištenja.

"Gisaid je posljednjih godina izazvao puno frustracija", kaže Spyros Lytras, evolucijski virolog sa Sveučilišta u Tokiju. "Iz tih iskustava, znanstvena zajednica je naučila kako to možemo učiniti bolje. Ponovno pokretanje je ono što nam treba kao zajednica, a Pathoplexus bi mogao biti rješenje."

Predstavnik GISAID -a rekao je u e -poruci da je povjerenje koje ima u znanstvenoj zajednici snažno i da više od 70 000 istraživača koristi mjesto. Uloge njegovih organa upravljanja i donatora predstavljene su na web stranici, a njihovi uvjeti korištenja nisu se promijenili otkad je osnovan 2008. godine, navodi predstavnik.

Izgradite povjerenje

Pathoplexus nudi neke zaštitne mjere za korisnike. Na primjer, istraživači mogu odrediti ograničenja u načinu korištenja njihovih podataka, na primjer, oni se ne mogu koristiti kao središnji fokus znanstvenih publikacija do jedne godine bez njihovog izričitog odobrenja. To bi vlasnicima podataka trebalo dati dovoljno vremena za podnošenje rukopisa putem svojih rezultata.

Korisnici također moraju prepoznati vlasnike podataka u svojim publikacijama. "Namjeravamo izgraditi zajednicu u kojoj istraživači imaju uvjerenje da će njihov doprinos biti poštovan i pravilno priznati", kaže Jamie Southgate, član Pathoplexusa i voditelj operacija Globalne koalicijske saveze za javno zdravstvo za genomsku epidemiologiju sa sjedištem u Cape Townu, Južna Afrika.

Pathoplexus ne blokira ljude koji krše uvjete korištenja, od pristupa na stranicu, što Gisaid je učinio . Umjesto toga, tim će se obratiti specijalnim časopisima kako bi se osiguralo da se objavljeni podaci koriste u skladu s načinom na koji su podijeljeni, objašnjava Emma Hodcroft, suosnivačica Pathoplexusa i molekularnog epidemiologa na švicarskom i javnom zdravstvenom institutu u Baselu, Švicarska. "Pokušali smo nevjerojatno jasno formulirati uvjete", kaže ona.

"To je dobro, pametno rješenje", kaže Senjuti Saha, molekularni mikrobiolog iz Fondacije za istraživanje zdravlja djece u Daki, koja podržava postupak, izdavači. "Tako bi trebalo biti." Ona misli da će Pathoplexusova transparentnost ojačati povjerenje u znanstvenoj zajednici.

Ali još je prerano reći hoće li spremište riješiti trenutne probleme s razmjenom podataka, kaže Saha. "To je izvrstan i fantastičan prvi korak."

Korisnici bi također mogli dijeliti sekvence u lokalnim bazama podataka. Na primjer, u Kini, na primjer, istraživači su, na primjer, vjerojatnije da će u kineskim bazama podataka objaviti novonastale viruse, kaže Shi Mang, evolucijski biolog sa Sveučilišta Sun Yat-Sen u Shenzhenu u Kini, koji također sjedi u znanstvenom savjetodavnom odboru Pattoplusa. Ali za ustaljene viruse vjerojatno ćete koristiti spremišta s dobro održavanim kolekcijama koje nudi Pathoplexus.

Poboljšano korisničko iskustvo

Programeri Pathoplexusa pokušali su, između ostalog, poboljšati korisničko iskustvo čineći prijenos što je moguće lakše. Pathoplexus također provjerava podatke o sekvenci i prate informacije za pogreške i pomaže u organiziranju virusa u podtipovima. "To je zapravo ono što se privuklo ovoj bazi podataka", kaže Shi. Povećani mogu značajno ometati lažne sekvence u trenutnim spremištima, dodaje.

Do sada je Pathoplexus koristio genbijske podatke za četiri virusa za popunjavanje stranice. Tisuće posjetitelja već su pozvale stranicu, a 50 je stvorilo račune za slanje podataka, ali do sada nitko nije poslao sekvence, objašnjava Hodcroft. "Nismo očekivali velike količine podataka za patogene koje smo započeli."

Istraživači koji rade na drugim virusima moraju pričekati da se baza podataka proširi kako bi ih uključila. Da bi se proširio, tim mora osigurati dugoročno financiranje. Stranicom trenutno upravlja dobrovoljnim i doniranim računalnim vremenom, što završava za oko šest mjeseci. Hodcroft kaže da je to trenutni cilj pobjede donatora. "Pažljivo sam optimističan."