Nouveau site Web du génome de virus: Division de séquence simple et équitable pour tout le monde
Nouveau site Web du génome de virus: Division de séquence simple et équitable pour tout le monde
Bleiben Sie informiert: Jeden Abend senden wir Ihnen die Artikel des Tages aus der Kategorie Allgemein – übersichtlich als Liste.
obstacles existants
L'un des plus grands référentiels existants est Genbank aux États-Unis, qui offre un accès sans restriction à leurs données génomiques. Mais l'accès public signifie que théoriquement, tout le monde peut utiliser les données pour publier des articles scientifiques sans reconnaître les bases de données. Cela a empêché les scientifiques, en particulier des pays à faible revenu, de partager leurs données, par exemple lors d'une urgence de santé publique. Un autre référentiel, Gisaid, oblige les utilisateurs à s'inscrire, à reconnaître les bases de données et à faire de leur mieux pour travailler avec les propriétaires. La base de données a été développée pour garantir les droits des données plus soumises.
gisaid était extrêmement Transparence Exprimé dans sa gouvernance, comme des différends sur la reconnaissance et comment il impose des sanctions à ceux qui, à son avis, ont violé les conditions d'utilisation.
"Gisaid a causé beaucoup de frustration ces dernières années", explique Spyros Lytras, virologue évolutif à l'Université de Tokyo. "D'après ces expériences, la communauté scientifique a appris comment nous pouvons le faire mieux. Un redémarrage est ce dont nous avons besoin en tant que communauté, et Pathoplexus pourrait être la solution."
Un représentant de Gisaid a déclaré dans un e-mail que la confiance qu'elle a dans la communauté scientifique est forte et que plus de 70 000 chercheurs utilisent le site. Les rôles de ses organes de gouvernance et de ses donateurs sont présentés sur le site Web, et leurs conditions d'utilisation n'ont pas changé depuis sa création en 2008, selon le représentant.
construire la confiance
Pathoplexus propose des mesures de protection pour les utilisateurs. Par exemple, les chercheurs peuvent déterminer les restrictions sur la façon dont leurs données peuvent être utilisées, par exemple, ils peuvent ne pas être utilisés comme un objectif central des publications scientifiques jusqu'à un an sans leur approbation expresse. Cela devrait donner aux propriétaires de données suffisamment de temps pour soumettre un manuscrit via leurs résultats.
Les utilisateurs doivent également reconnaître les propriétaires de données dans leurs publications. "Nous avons l'intention de construire une communauté dans laquelle les chercheurs ont la confiance que leurs contributions seront respectées et correctement reconnues", explique Jamie Southgate, membre de Pathoplexus et chef des opérations de la Global Coalition Public Health Alliance for Genomic Epidemiology basée à Cape Town, en Afrique du Sud.
Pathoplexus ne bloque pas les personnes qui violent les conditions d'utilisation, de l'accès à la page, quoi Gisaid a fait . Au lieu de cela, l'équipe contactera les revues spécialisées pour s'assurer que les données publiées sont utilisées conformément à la façon dont ils ont été partagés, explique Emma Hodcroft, cofondatrice de Pathoplexus and Molecular Epidemiologist à l'Institut de santé tropical et public suisse à Bâle, en Suisse. "Nous avons essayé de formuler les conditions incroyablement clairement", dit-elle.
"C'est une bonne solution intelligente", explique Senjuti Saha, microbiologiste moléculaire à la Child Health Research Foundation à Dacca, qui soutient la procédure, éditeurs. "C'est comme ça que ça devrait être." Elle pense que la transparence de Pathoplexus renforcera la confiance au sein de la communauté scientifique.
Mais il est encore trop tôt pour dire si le référentiel résoudra les problèmes actuels avec l'échange de données, explique Saha. "C'est une première étape excellente et fantastique."
Les utilisateurs pourraient également avoir tendance à partager des séquences dans les bases de données locales. En Chine, par exemple, les chercheurs, par exemple, sont probablement plus susceptibles de publier des virus nouvellement présents dans les bases de données chinoises, explique Shi Mang, biologiste évolutif à l'Université Sun Yat-Sen à Shenzhen, en Chine, qui siège également au conseil consultatif scientifique de Pathoplexus. Mais pour les virus établis, vous utiliserez probablement des référentiels avec des collections bien aidées que Pathoplexus offre.
Amélioration de l'expérience utilisateur
Les développeurs de Pathoplexus ont essayé d'améliorer l'expérience utilisateur, entre autres en facilitant le téléchargement que possible. Pathoplexus vérifie également les données de séquence et l'accompagnement des informations pour les erreurs et aide à organiser les virus dans les sous-types. "C'est en fait ce qui a attiré cette base de données", explique Shi. Les augmentations peuvent entraver de manière significative de fausses séquences dans les référentiels actuels, ajoute-t-il.
Jusqu'à présent, Pathoplexus a utilisé des données Genbian pour les quatre virus pour remplir la page. Des milliers de visiteurs ont déjà appelé la page et 50 ont créé des comptes pour soumettre des données, mais jusqu'à présent, personne n'a soumis des séquences, explique Hodcroft. "Nous ne nous attendions pas à des quantités élevées de données pour l'agent pathogène que nous avons commencé."
Les chercheurs qui travaillent sur d'autres virus doivent attendre que la base de données soit étendue pour les inclure. Pour se développer, l'équipe doit obtenir un financement à long terme. Le site est actuellement exploité par un temps d'ordinateur volontaire et donné, qui se termine dans environ six mois. Hodcroft dit que c'est l'objectif actuel de gagner des donateurs. "Je suis soigneusement optimiste."