Uusi viruksen genomin verkkosivusto: yksinkertainen ja oikeudenmukainen sekvenssijako kaikille
Uusi viruksen genomin verkkosivusto: yksinkertainen ja oikeudenmukainen sekvenssijako kaikille
Uusi tietokanta tutkijoille vaarallisten virusten genomin yhteiseen käyttöön lupaa ratkaista monia ongelmia, jotka estävät olemassa olevia vaihtoehtoja. Mutta ensin tutkijoiden on oltava vakuuttuneita niiden käytöstä.
Pathoplexus - patogeenin ja plexuksen yhdistelmä - lanseerattiin viime kuussa, ja tietokannan takana oleva tutkijaryhmä toivoo, että se motivoi enemmän tutkijoita jakamaan hyvin tunnettujen ja vasta esiintyvien virusten geneettisiä sekvenssejä kansanterveydelle.
Sekvenssien nopein mahdollinen siirto on tärkeä uusien virusten tunnistamiseksi ja muutoksista, jotka voisivat tehdä niistä vaarallisempia ihmisille, samoin kuin rokotteiden kehityksen, Sydneyn yliopiston virologi Edward Holmes, Australian yliopistossa.
Pathoplexus keskittyy parhaillaan neljään virukseen, joita ei ole erityisesti lueteltu muissa tietokannoissa: Krimin-Kongon verenvuotokuumeen virus, Ebola Sudan, Ebola Zaire ja West Nil -virus. Muita taudinaiheuttajia tulisi lisätä myöhemmin, joukkueen mukaan.
Nykyiset esteet
Yksi suurimmista olemassa olevista arkistoista on GenBank Yhdysvalloissa, joka tarjoaa rajoittamattoman pääsyn heidän genomitietoihinsa. Mutta julkinen pääsy tarkoittaa, että teoreettisesti kaikki voivat käyttää tietoja tieteellisten artikkeleiden julkaisemiseen tunnistamatta tietokantoja. Tämä on estänyt tutkijoita, etenkin pienituloisista maista, jakamaan tietoja esimerkiksi kansanterveyden hätätilanteessa. Vaihtoehtoinen arkisto, Gisaid, vaatii käyttäjien rekisteröintiä, tunnistamaan tietokannat ja tekemään parhaansa työskennelläkseen omistajien kanssa. Tietokanta kehitettiin toimitettavien tietojen oikeuksien varmistamiseksi.
gisaid oli erittäin Läpinäkyvyys.
"Gisaid on aiheuttanut paljon turhautumista viime vuosina", sanoo Tokion yliopiston evoluutiovirologi Spyros Lyttras. "Näiden kokemusten perusteella tiedeyhteisö on oppinut kuinka voimme tehdä sen paremmin. Uudelleenkäynnistys on se, mitä tarvitsemme yhteisönä, ja Pathoplexus voisi olla ratkaisu." Gisaidin edustaja sanoi sähköpostissa, että luottamus, joka sillä on tiedeyhteisössä, on vahva ja että yli 70 000 tutkijaa käyttää sivustoa. Hänen hallintoelimiensä ja avunantajien roolit esitetään verkkosivustolla, ja niiden käyttöehdot eivät ole muuttuneet sen jälkeen, kun se perustettiin vuonna 2008, edustajan mukaan. Pathoplexus tarjoaa käyttäjille joitain suojatoimenpiteitä. Esimerkiksi tutkijat voivat määrittää rajoitukset heidän tietojensa käyttämiselle, esimerkiksi niitä ei ehkä käytetä tieteellisten julkaisujen keskipisteinä enintään vuoden ajan ilman niiden nimenomaista hyväksyntää. Tämän pitäisi antaa tietojen omistajille tarpeeksi aikaa lähettää käsikirjoitus niiden tulosten kautta. Käyttäjien on myös tunnustettava tiedon omistajat julkaisuissaan. "Aiomme rakentaa yhteisöä, jossa tutkijoilla on luottamusta siihen, että heidän panoksiaan kunnioitetaan ja tunnustetaan asianmukaisesti", sanoo Pathoplexuksen jäsen Jamie Southgate ja Global Coalitionin kansanterveysliiton toiminnan johtaja Kapkaupungissa, Etelä -Afrikassa sijaitsevassa Kapkaupungissa. Pathoplexus ei estä ihmisiä, jotka rikkovat käyttöehtoja sivulle pääsystä, mitä Gisaid on tehnyt . Sen sijaan ryhmä ottaa yhteyttä erikoislehtiin varmistaakseen, että julkaistuja tietoja käytetään niiden jakamisen mukaisesti, selittää Pathoplexuksen perustaja Emma Hodcroft ja Sveitsin trooppisen ja kansanterveysinstituutin molekyyliepidemiologi Baselissa, Sveitsissä. "Yritimme muotoilla olosuhteet uskomattoman selvästi", hän sanoo. "Se on hyvä, taitava ratkaisu", sanoo Dhakan lasten terveystutkimussäätiön molekyylimikrobiologi Senjuti Saha, joka tukee menettelyä, kustantajat. "Näin sen pitäisi olla." Hänen mielestään Pathoplexuksen läpinäkyvyys vahvistaa luottamusta tiedeyhteisössä. Mutta on vielä liian aikaista sanoa, ratkaiseeko arkisto tiedonvaihdon nykyiset ongelmat, Saha sanoo. "Se on erinomainen ja upea ensimmäinen askel." käyttäjillä voi olla taipumus myös jakaa sekvenssejä paikallisissa tietokannoissa. Esimerkiksi Kiinassa esimerkiksi tutkijat julkaisevat todennäköisesti todennäköisemmin äskettäin esiintyviä viruksia kiinalaisissa tietokannoissa, sanoo Sun Yat-Sen -yliopiston evoluutiobiologi Shenzhenissä Kiinassa, joka istuu myös Pathoplexuksen tieteellisessä neuvoa-antavassa neuvottelukunnassa. Mutta vakiintuneille viruksille käytät todennäköisesti arkistoja, joilla on hyvin pitämät kokoelmat, joita Pathoplexus tarjoaa. Pathoplexuksen kehittäjät yrittivät parantaa käyttäjäkokemusta muun muassa tekemällä lähettämällä mahdollisimman helppoa. Pathoplexus tarkistaa myös sekvenssitiedot ja siihen liittyvät tiedot virheiden varalta ja auttaa järjestämään viruksia alatyyppeissä. "Tämä on itse asiassa piirtänyt tähän tietokantaan", Shi sanoo. Kasvattajat voivat merkittävästi estää vääriä sekvenssejä nykyisissä arkistoissa, hän lisää. Tähän asti Pathoplexus on käyttänyt Genbian tietoja neljälle virukselle sivun täyttämiseksi. Tuhannet vierailijat ovat jo kutsuneet sivun, ja 50 on luonut tilejä tietojen toimittamiseksi, mutta toistaiseksi kukaan ei ole lähettänyt sekvenssejä, Hodcroft selittää. "Emme odottaneet suuria määriä tietoja aloittamastamme patogeenisestä." Muiden virusten parissa työskentelevien tutkijoiden on odotettava tietokannan laajentamista kattamaan ne. Laajentuakseen joukkueen on varmistettava pitkän aikavälin rahoitus. Sivustoa ylläpitää tällä hetkellä vapaaehtoinen ja lahjoitettu tietokoneaika, joka päättyy noin kuudessa kuukaudessa. Hodcroft sanoo, että se on nykyinen tavoite voittaa avunantajat. "Olen huolellisesti optimistinen." rakenna luottamus
Parannettu käyttökokemus