Uus viiruse genoomi veebisait: lihtne ja õiglane järjestusjaotus kõigile
Uus viiruse genoomi veebisait: lihtne ja õiglane järjestusjaotus kõigile
Bleiben Sie informiert: Jeden Abend senden wir Ihnen die Artikel des Tages aus der Kategorie Allgemein – übersichtlich als Liste.
olemasolevad tõkked
Üks suurimaid olemasolevaid hoidlaid on GenBank Ameerika Ühendriikides, mis pakub piiramatut juurdepääsu nende genoomsetele andmetele. Kuid avalik juurdepääs tähendab, et teoreetiliselt saavad kõik andmeid kasutada teadusartiklite avaldamiseks ilma andmebaase tunnustamata. See on takistanud teadlastel, eriti madala sissetulekuga riikidest, oma andmete jagamist, näiteks rahvatervise hädaolukorras. Alternatiivne hoidla Gisaid nõuab kasutajatelt registreerimist, andmebaaside äratundmist ja omanikega töötamiseks endast parimat. Andmebaas töötati välja, et tagada andmete õigused rohkem esitatud.
Gisaid oli äärmiselt Transparency väljendatud oma valitsemistavas, vaidlustab tunnustamise ja selle eest, kuidas ta oma arvates rikub oma arvamust.
"Gisaid on viimastel aastatel põhjustanud palju pettumust," ütleb Tokyo ülikooli evolutsiooniline viroloog Spyros Lytras. "Nendest kogemustest on teadusringkonnad õppinud, kuidas saaksime seda paremini teha. Taaskäivitamine on see, mida me kogukonnana vajame, ja lahendus võiks olla patoplexus."
Gisaidi esindaja ütles meilis, et teadusringkondades on usaldus, et see on tugev ja et saiti kasutab enam kui 70 000 teadlast. Tema valitsemisorganite ja doonorite rollid on esitatud veebisaidil ning nende kasutustingimused pole esindaja sõnul alates selle asutamisest alates 2008. aastal muutunud.
ehita usaldus
patoplexus pakub kasutajatele mõnda kaitsemeetmeid. Näiteks saavad teadlased kindlaks teha piirangud nende andmete kasutamise kohta, näiteks ei tohi neid kasutada teaduslike väljaannete kesksel kesksel fookusel kuni ühe aasta ilma nende selgesõnalise nõusolekuta. See peaks andmete omanikele piisavalt aega oma tulemuste kaudu käsikirja esitamiseks.
Kasutajad peavad oma väljaannetes ka andmete omanikud ära tundma. "Kavatseme luua kogukonna, kus teadlastel on kindel, et nende panust austatakse ja õigesti tunnustatakse," ütleb Jamie Southgate, Patoplexuse liige ja Lõuna -Aafrika Vabariigis Kaplinnas asuva genoomse epidemioloogia ülemaailmse koalitsiooni rahvatervise liidu operatsioonide juht.
patoplexus ei blokeeri inimesi, kes rikuvad kasutustingimusi lehele juurdepääsust, mis Gisaid on teinud . Selle asemel võtab meeskond ühendust spetsialiseerunud ajakirjadega, et tagada avaldatud andmete kasutamine vastavalt nende jagamise viisile, selgitab Šveitsi Šveitsi troopilise ja rahvatervise instituudi patoplexuse ja molekulaarse epidemioloogi kaasasutaja Emma Hodcroft. "Proovisime tingimusi uskumatult selgelt sõnastada," ütleb naine.
"See on hea, nutikas lahendus," ütleb Dhaka laste terviseuuringute fondi molekulaarne mikrobioloog Senjuti Saha, kes toetab protseduuri, kirjastajad. "Nii see peaks olema." Ta arvab, et patoplexuse läbipaistvus tugevdab usaldust teadusringkondades.
Kuid on veel liiga vara öelda, kas hoidla lahendab praegused andmete vahetamisega seotud probleemid, ütles Saha. "See on suurepärane ja fantastiline esimene samm."
Kasutajad võiksid ka jagada järjestusi kohalikes andmebaasides. Näiteks Hiinas avaldavad näiteks teadlased tõenäoliselt suurema tõenäosusega Hiina andmebaasides äsja esinevaid viirusi, ütles Hiinas Shenzhenis asuva Sun Yat-seni ülikooli evolutsioonibioloog Shi Mang, kes istub ka Patoplexuse teaduslikus nõuandekomitees. Kuid väljakujunenud viiruste jaoks kasutate tõenäoliselt hästi hooldatud kollektsioonidega hoidlaid, mida patoplexus pakub.
täiustatud kasutajakogemus
Patoplexuse arendajad üritasid muu hulgas parandada kasutajakogemust, moodustades üleslaadimise võimalikult lihtsaks. Patoplexus kontrollib ka järjestuse andmeid ja sellega kaasnevat teavet vigade osas ning aitab korraldada viirusi alamtüüpides. "See on tegelikult see andmebaasi," ütleb Shi. Ta lisab, et suurendajad võivad praegustes hoidlates valede järjestusi märkimisväärselt takistada.
Siiani on patoplexus kasutanud lehe täitmiseks nelja viiruse jaoks Genbia andmeid. Tuhanded külastajad on lehe juba üles kutsunud ja 50 on andmete esitamiseks loonud konto, kuid seni pole keegi järjestusi esitanud, selgitab Hodcroft. "Me ei oodanud meie alustatud patogeense patogeense jaoks palju andmeid."
Teiste viiruste kallal töötavad teadlased peavad nende kaasamiseks ootama andmebaasi laiendamist. Laiendamiseks peab meeskond tagama pikaajalise finantseerimise. Saiti haldab praegu vabatahtlik ja annetatud arvutiaeg, mis lõpeb umbes kuue kuuga. Hodcroft ütleb, et see on doonorite võitmise praegune eesmärk. "Olen hoolikalt optimistlik."