Uus andmebaas teadlastele ohtlike viiruste genoomide jagamiseks tõotab lahendada paljud probleemid, mis takistavad olemasolevaid alternatiive. Kuid esmalt tuleb teadlasi veenda neid kasutama.

Patoplexus - patogeeni ja põimiku kombinatsioon - toodi turule eelmisel kuul ning andmebaasi taga olev teadlaste meeskond loodab, et see motiveerib rohkem teadlasi jagama teadaolevate ja esilekerkivate viiruste geneetilisi järjestusi, millel on rahvatervise tähtsus.

Järjestuste võimalikult kiire jagamine on oluline uute viiruste tuvastamiseks ja muutuste jälgimiseks, mis võivad need inimestele ohtlikumaks muuta, samuti vaktsiinide väljatöötamiseks, selgitab Austraalia Sydney ülikooli viroloog Edward Holmes.

Pathoplexus on praegu keskendunud neljale viirusele, mida teistes andmebaasides pole konkreetselt loetletud: Krimmi-Kongo hemorraagilise palaviku viirus, Ebola Sudan, Ebola Zaire ja Lääne-Niiluse viirus. Meeskond ütles, et hiljem lisatakse rohkem patogeene.

Olemasolevad tõkked

Üks suurimaid olemasolevaid hoidlaid on GenBank Ameerika Ühendriikides, mis pakub piiramatut juurdepääsu oma genoomiandmetele. Kuid avalik juurdepääs tähendab, et teoreetiliselt võib igaüks kasutada andmeid teadusartiklite avaldamiseks ilma andmete omanikke tunnustamata. See on heidutanud teadlasi, eriti madala sissetulekuga riikidest, oma andmeid kiiresti jagamast, näiteks rahvatervise hädaolukorras. Alternatiivne hoidla, GISAID, nõuab kasutajatelt registreerumist, andmete omanike tunnustamist ja oma parima, et omanikega koostööd teha. Andmebaas töötati välja andmete esitajate õiguste tagamiseks.

GISAID on olnud COVID-19 pandeemia ajal äärmiselt abiks populaarne ja sisaldab peaaegu 17 miljonit järjestust COVID-19 taga olevast viirusest SARS-CoV-2. Teadlastel on aga mure selle pärast läbipaistvus oma juhtimises, kuidas ta vahendab tunnustamise vaidlusi ja kuidas ta rakendab sanktsioone neile, kes on tema arvates teenusetingimusi rikkunud.

"GISAID on viimastel aastatel tekitanud palju pettumust," ütleb Tokyo ülikooli evolutsiooniline viroloog Spyros Lytras. "Nende kogemuste põhjal on teadlaskond õppinud, kuidas saame paremini hakkama. Lähtestamine on see, mida kogukonnana vajame ja Pathoplexus võiks olla lahendus."

GISAIDi esindaja ütles e-kirjas, et tema usaldus teadusringkondade vastu on tugev ja saiti kasutab rohkem kui 70 000 teadlast. Veebilehel on välja toodud selle juhtorganite ja rahastajate rollid ning nende kasutustingimused ei ole alates selle asutamisest 2008. aastal muutunud, ütles esindaja.

Loo usaldus

Pathoplexus pakub kasutajatele mõningaid kaitsevahendeid. Näiteks saavad teadlased seada piiranguid oma andmete kasutamisele, näiteks ei tohi neid ilma nende selgesõnalise loata kasutada teaduspublikatsioonide keskpunktina kuni aasta. See peaks andma andmete omanikele piisavalt aega oma tulemuste käsikirja esitamiseks.

Samuti peavad kasutajad oma väljaannetes andmeomanikke tunnustama. "Kavatseme luua kogukonna, kus teadlased on kindlad, et nende panust austatakse ja tunnustatakse nõuetekohaselt," ütleb Pathoplexuse liige ja Lõuna-Aafrika Vabariigis Kaplinnas asuva genoomiepidemioloogia rahvatervise liidu operatsioonide direktor Jamie Southgate.

Pathoplexus ei blokeeri kõigil, kes rikuvad kasutustingimusi, juurdepääsu saidile, mis GISAID on seda harvadel juhtudel teinud. Selle asemel võtab meeskond ühendust ajakirjadega, et tagada avaldatud andmete kasutamine vastavalt nende jagamisviisile, selgitab Emma Hodcroft, Pathoplexuse kaasasutaja ja Šveitsi Baselis asuva Šveitsi troopika- ja rahvatervise instituudi molekulaarne epidemioloog. "Püüdsime tingimused uskumatult selgeks teha," ütleb ta.

„See on hea ja nutikas lahendus,” ütleb Dhakas asuva Child Health Research Foundationi molekulaarmikrobioloog Senjuti Saha, kes toetab kirjastajatega ühenduse võtmist. "Nii see peakski olema." Ta arvab, et Pathoplexuse läbipaistvus suurendab usaldust teadusringkondades.

Kuid veel on liiga vara öelda, kas hoidla lahendab praegused andmete jagamise probleemid, ütleb Saha. "See on suurepärane ja fantastiline esimene samm."

Samuti võivad kasutajad jagada järjestusi kohalikes andmebaasides. Näiteks Hiinas avaldavad teadlased tõenäolisemalt Hiina andmebaasides tekkivate viiruste järjestusi, ütleb Hiinas Shenzhenis asuva Sun Yat-seni ülikooli evolutsioonibioloog Shi Mang, kes on ka Pathoplexuse teadusliku nõuandekogu liige. Kuid väljakujunenud viiruste puhul kasutavad nad tõenäoliselt Pathoplexuse pakutavate hästi hooldatud kogudega hoidlaid.

Täiustatud kasutajakogemus

Pathoplexuse arendajad on püüdnud kasutajakogemust parandada, sealhulgas muutes üleslaadimise võimalikult lihtsaks. Pathoplexus kontrollib ka järjestuse andmeid ja kaasnevat teavet vigade suhtes ning aitab korraldada viiruseid alamtüüpidesse. "See tõmbas mind selle andmebaasi juurde, " ütleb Shi. Ta lisab, et praegustes hoidlates esinevad valed järjestused võivad teadlasi oluliselt takistada.

Seni on Pathoplexus kasutanud saidi asustamiseks GenBanki andmeid nelja viiruse kohta. Tuhanded külastajad on saidile juba juurde pääsenud ja 50 on loonud andmete esitamiseks konto, kuid keegi pole seni järjestusi esitanud, selgitab Hodcroft. "Me ei oodanud suuri andmeid patogeenide kohta, millega alustasime."

Teiste viiruste kallal töötavad teadlased peavad ootama, kuni andmebaas nende lisamiseks laieneb. Laienemiseks on meeskonnal vaja tagada pikaajaline finantseerimine. Praegu juhivad saiti vabatahtlikud ja annetatakse arvutiaega, mis lõpeb umbes kuue kuu pärast. Hodcroft ütleb, et tema praegune eesmärk on doonoreid meelitada. "Olen ettevaatlikult optimistlik."