Una nueva base de datos para que los investigadores compartan los genomas de virus peligrosos promete resolver muchos de los problemas que obstaculizan las alternativas existentes. Pero primero hay que convencer a los investigadores para que los utilicen.

Pathoplexus, una combinación de patógeno y plexo, se lanzó el mes pasado y el equipo de científicos detrás de la base de datos espera que motive a más investigadores a compartir secuencias genéticas de virus conocidos y emergentes con importancia para la salud pública.

Compartir secuencias lo más rápido posible es importante para identificar nuevos virus y rastrear cambios que podrían hacerlos más peligrosos para las personas, así como para desarrollar vacunas, explica Edward Holmes, virólogo de la Universidad de Sydney, Australia.

Actualmente, Pathoplexus se centra en cuatro virus que no figuran específicamente en otras bases de datos: el virus de la fiebre hemorrágica de Crimea-Congo, el Ébola Sudán, el Ébola Zaire y el virus del Nilo Occidental. Más adelante se agregarán más patógenos, dijo el equipo.

Obstáculos existentes

Entre los repositorios más grandes existentes se encuentra GenBank en Estados Unidos, que ofrece acceso sin restricciones a sus datos genómicos. Pero el acceso público significa que, en teoría, cualquiera puede utilizar los datos para publicar artículos científicos sin reconocer a sus propietarios. Esto ha disuadido a los científicos, particularmente de los países de bajos ingresos, de compartir sus datos rápidamente, como durante una emergencia de salud pública. Un repositorio alternativo, GISAID, requiere que los usuarios se registren, reconozcan a los propietarios de los datos y hagan todo lo posible para cooperar con los propietarios. La base de datos fue desarrollada para garantizar los derechos de los remitentes de datos.

GISAID ha sido de gran ayuda durante la pandemia de COVID-19 popular y contiene casi 17 millones de secuencias del SARS-CoV-2, el virus detrás del COVID-19. Sin embargo, los investigadores tienen preocupaciones sobre la transparencia en su gobernanza, cómo media en disputas de reconocimiento y cómo impone sanciones a aquellos que cree que han violado los Términos de servicio.

"GISAID ha causado mucha frustración en los últimos años", afirma Spyros Lytras, virólogo evolutivo de la Universidad de Tokio. "A partir de estas experiencias, la comunidad científica ha aprendido cómo podemos hacerlo mejor. Lo que necesitamos como comunidad es un reinicio, y Pathoplexus podría ser la solución".

Un representante de GISAID dijo en un correo electrónico que la confianza que tiene con la comunidad científica es fuerte y que más de 70.000 investigadores utilizan el sitio. Las funciones de sus órganos de gobierno y financiadores se presentan en el sitio web, y sus términos de uso no han cambiado desde su fundación en 2008, dijo el representante.

Generar confianza

Pathoplexus ofrece algunas protecciones para los usuarios. Por ejemplo, los investigadores pueden establecer restricciones sobre cómo se pueden utilizar sus datos; por ejemplo, no pueden utilizarse como foco central de publicaciones científicas durante un máximo de un año sin su permiso expreso. Esto debería dar a los propietarios de datos suficiente tiempo para enviar un manuscrito sobre sus resultados.

Los usuarios también deben reconocer a los propietarios de los datos en sus publicaciones. "Tenemos la intención de construir una comunidad donde los investigadores tengan confianza en que sus contribuciones son respetadas y reconocidas adecuadamente", dice Jamie Southgate, miembro de Pathoplexus y director de operaciones de la coalición global Alianza de Salud Pública para Epidemiología Genómica con sede en Ciudad del Cabo, Sudáfrica.

Pathoplexus no bloqueará el acceso al Sitio a nadie que viole los Términos de uso, lo cual GISAID lo ha hecho en casos excepcionales. En cambio, el equipo se pondrá en contacto con las revistas para garantizar que los datos publicados se utilicen de acuerdo con la forma en que se compartieron, explica Emma Hodcroft, cofundadora de Pathoplexus y epidemióloga molecular del Instituto Suizo de Salud Pública y Tropical en Basilea, Suiza. "Intentamos dejar las condiciones increíblemente claras", dice.

"Es una solución buena e inteligente", afirma Senjuti Saha, microbióloga molecular de la Child Health Research Foundation de Dhaka, que apoya la práctica de contactar a los editores. “Así es como debería ser”. Ella piensa que la transparencia de Pathoplexus aumentará la confianza dentro de la comunidad científica.

Pero todavía es demasiado pronto para decir si el repositorio resolverá los problemas actuales de intercambio de datos, afirma Saha. "Es un primer paso excelente y fantástico".

Los usuarios también pueden tender a compartir secuencias en bases de datos locales. En China, por ejemplo, es más probable que los investigadores publiquen secuencias de virus emergentes en bases de datos chinas, dice Shi Mang, biólogo evolutivo de la Universidad Sun Yat-sen en Shenzhen, China, que también forma parte del consejo asesor científico de Pathoplexus. Pero para los virus establecidos, probablemente utilizarán repositorios con colecciones bien mantenidas que ofrece Pathoplexus.

Experiencia de usuario mejorada

Los desarrolladores de Pathoplexus han intentado mejorar la experiencia del usuario, incluso haciendo que la carga sea lo más sencilla posible. Pathoplexus también verifica los datos de secuencia y la información que los acompaña en busca de errores y ayuda a organizar los virus en subtipos. "Eso es realmente lo que me atrajo de esta base de datos", dice Shi. Las secuencias incorrectas en los repositorios actuales pueden obstaculizar significativamente a los investigadores, añade.

Hasta ahora, Pathoplexus ha utilizado datos de GenBank de los cuatro virus para poblar el sitio. Miles de visitantes ya han accedido al sitio y 50 han creado cuentas para enviar datos, pero hasta ahora nadie ha enviado secuencias, explica Hodcroft. "No esperábamos grandes cantidades de datos sobre los patógenos con los que empezamos".

Los investigadores que trabajen con otros virus tendrán que esperar hasta que la base de datos se amplíe para incluirlos. Para poder expandirse, el equipo necesita conseguir financiación a largo plazo. Actualmente, el sitio está administrado por voluntarios y se donó tiempo de computadora, que finalizará en aproximadamente seis meses. Hodcroft dice que su objetivo actual es atraer donantes. "Soy cautelosamente optimista".