Nuevo sitio web del genoma del virus: división de secuencia simple y justa para todos

Una nueva base de datos para investigadores para el uso conjunto del genoma de virus peligrosos promete resolver muchos de los problemas que obstaculizan las alternativas existentes. Pero primero los investigadores deben estar convencidos de usarlos.

Pathoplexus, una combinación de patógeno y plexo, se lanzó el mes pasado, y el equipo de científicos detrás de la base de datos espera que motive a más investigadores a compartir secuencias genéticas de virus bien conocidos y recién producidos para la salud pública.

La transferencia de secuencias más rápida posible es importante para identificar nuevos virus y perseguir cambios que podrían hacerlos más peligrosos para las personas, así como para el desarrollo de las vacunas, explica Edward Holmes, un virólogo de la Universidad de Sydney, Australia.

Pathoplexus se está concentrando actualmente en cuatro virus que no se enumeran especialmente en otras bases de datos: el virus de la fiebre hemorrágica de Crimea-Congo, el ébola Sudán, el ébola Zaire y el virus NIL Occidental. Se deben agregar más patógenos más tarde, según el equipo.

Los obstáculos existentes

Uno de los repositorios existentes más grandes es GenBank en los Estados Unidos, que ofrece acceso sin restricciones a sus datos genómicos. Pero el acceso público significa que teóricamente todos pueden usar los datos para publicar artículos científicos sin reconocer las bases de datos. Esto ha impedido que los científicos, especialmente de los países de bajos ingresos, compartan sus datos, por ejemplo, durante una emergencia de salud pública. Un repositorio alternativo, GISAID, requiere que los usuarios se registren, que reconozcan las bases de datos y haga todo lo posible para trabajar con los propietarios. La base de datos se desarrolló para garantizar que los derechos de los datos sean más presentados.

gisAid fue extremadamente Transparencia Expresada en su gobierno, como disputas sobre el reconocimiento y cómo impone sanciones contra aquellos que, en su opinión, violaron los términos de uso.

"Gisaid ha causado mucha frustración en los últimos años", dice Spyros Lytras, un virólogo evolutivo de la Universidad de Tokio. "De estas experiencias, la comunidad científica ha aprendido cómo podemos hacerlo mejor. Un reinicio es lo que necesitamos como comunidad, y Pathoplexus podría ser la solución".

Un representante de Gisaid dijo en un correo electrónico que la confianza que tiene en la comunidad científica es fuerte y que más de 70,000 investigadores usan el sitio. Los roles de sus órganos y donantes de gobernanza se presentan en el sitio web, y sus términos de uso no han cambiado desde que se fundó en 2008, según el representante.

Build Trust

Pathoplexus ofrece algunas medidas de protección para los usuarios. Por ejemplo, los investigadores pueden determinar las restricciones sobre cómo se pueden usar sus datos, por ejemplo, es posible que no se usen como un foco central de publicaciones científicas por hasta un año sin su aprobación expresa. Esto debería dar a los propietarios de datos el tiempo suficiente para enviar un manuscrito a través de sus resultados.

Los usuarios también deben reconocer a los propietarios de datos en sus publicaciones. "Tenemos la intención de construir una comunidad en la que los investigadores tengan la confianza de que sus contribuciones serán respetadas y reconocidas adecuadamente", dice Jamie Southgate, miembro de Pathoplexus y jefe de las operaciones de la Alianza de Salud Pública de la Coalición Global para la Epidemiología Genómica con sede en Ciudad del Cabo, Sudáfrica.

Pathoplexus does not block people who violate the terms of use, from access to the page, what Gisaid ha hecho . En cambio, el equipo se comunicará con las revistas especializadas para garantizar que los datos publicados se usen de acuerdo con la forma en que se compartieron, explica Emma Hodcroft, cofundadora de Pathoplexus y epidemiólogo molecular del Instituto de Salud Tropical y Pública Suiza en Basilea, Suiza. "Intentamos formular las condiciones increíblemente claramente", dice ella.

"Es una solución buena e inteligente", dice Senjuti Saha, un microbiólogo molecular de la Fundación de Investigación de Salud Child en Dhaka, que respalda el procedimiento, los editores. "Así es como debería ser". Ella piensa que la transparencia de Pathoplexus fortalecerá la confianza dentro de la comunidad científica.

Pero todavía es demasiado pronto para decir si el repositorio resolverá los problemas actuales con el intercambio de datos, dice Saha. "Es un primer y fantástico primer paso".

Los usuarios también pueden tender a compartir secuencias en bases de datos locales. En China, por ejemplo, los investigadores, por ejemplo, probablemente tengan más probabilidades de publicar virus recién ocurridos en bases de datos chinas, dice Shi Mang, un biólogo evolutivo de la Universidad Sun Yat-Sen en Shenzhen, China, que también se encuentra en la Junta Asesora Científica de Patoplexus. Pero para los virus establecidos, probablemente usará repositorios con colecciones bien mantenidas que ofrece Pathoplexus.

Experiencia de usuario mejorada

Los desarrolladores de Pathoplexus intentaron mejorar la experiencia del usuario, entre otras cosas haciendo que la carga lo sea lo más fácil posible. Pathoplexus también verifica los datos de secuencia y la información acompañante de errores y ayuda a organizar virus en subtipos. "Esto es en realidad lo que ha atraído a esta base de datos", dice Shi. Los aumentos pueden obstaculizar significativamente secuencias falsas en los repositorios actuales, agrega.

Hasta ahora, Pathoplexus ha utilizado datos genbianos para los cuatro virus para llenar la página. Miles de visitantes ya han llamado a la página, y 50 han creado cuentas para enviar datos, pero hasta ahora nadie ha enviado secuencias, explica Hodcroft. "No esperábamos grandes cantidades de datos para el patógeno que comenzamos".

Los investigadores que trabajan en otros virus tienen que esperar a que la base de datos se amplíe para incluirlos. Para expandirse, el equipo tiene que asegurar el financiamiento a largo plazo. El sitio actualmente es operado por el tiempo de computadora voluntario y donado, que termina en aproximadamente seis meses. Hodcroft dice que es el objetivo actual de ganar donantes. "Soy cuidadosamente optimista".