Νέος ιστότοπος γονιδιώματος ιού: Απλή και δίκαιη διαίρεση ακολουθίας για όλους
Νέος ιστότοπος γονιδιώματος ιού: Απλή και δίκαιη διαίρεση ακολουθίας για όλους
Μια νέα βάση δεδομένων για τους ερευνητές για την κοινή χρήση του γονιδιώματος των επικίνδυνων ιών υπόσχεται να λύσει πολλά από τα προβλήματα που εμποδίζουν τις υπάρχουσες εναλλακτικές λύσεις. Αλλά πρώτα οι ερευνητές πρέπει να είναι πεπεισμένοι ότι τους χρησιμοποιούν.
Το Pathoplexus - ένας συνδυασμός παθογόνου και πλέγματος - ξεκίνησε τον περασμένο μήνα και η ομάδα επιστημόνων πίσω από τη βάση δεδομένων ελπίζει ότι θα παρακινήσει περισσότερους ερευνητές να μοιράζονται γενετικές αλληλουχίες καλά γνωστών και πρόσφατα συμβούλων ιών για τη δημόσια υγεία.
Η ταχύτερη δυνατή μεταφορά των ακολουθιών είναι σημαντική για τον εντοπισμό νέων ιών και την επιδίωξη αλλαγών που θα μπορούσαν να τους κάνουν πιο επικίνδυνες για τους ανθρώπους, καθώς και την ανάπτυξη εμβολίων, εξηγεί ο Edward Holmes, ιολόγος στο Πανεπιστήμιο του Σίδνεϊ της Αυστραλίας.Το Pathoplexus επικεντρώνεται επί του παρόντος σε τέσσερις ιούς που δεν αναφέρονται ειδικά σε άλλες βάσεις δεδομένων: ο ιός του αιμορραγικού πυρετού της Κριμαίας-Κονγκο, Ebola Sudan, Ebola Zaire και του West Nil. Περαιτέρω παθογόνα θα πρέπει να προστεθούν αργότερα, σύμφωνα με την ομάδα.
υπάρχοντα εμπόδια
Ένα από τα μεγαλύτερα υπάρχοντα αποθετήρια είναι η GenBank στις Ηνωμένες Πολιτείες, η οποία προσφέρει απεριόριστη πρόσβαση στα γονιδιωματικά τους δεδομένα. Αλλά η πρόσβαση του κοινού σημαίνει ότι θεωρητικά όλοι μπορούν να χρησιμοποιήσουν τα δεδομένα για να δημοσιεύσουν επιστημονικά άρθρα χωρίς να αναγνωρίσουν τις βάσεις δεδομένων. Αυτό εμπόδισε τους επιστήμονες, ιδίως από τις χώρες χαμηλής εισοδήματος, να μοιράζονται τα δεδομένα τους, για παράδειγμα κατά τη διάρκεια μιας έκτακτης ανάγκης για τη δημόσια υγεία. Ένα εναλλακτικό αποθετήριο, GISAID, απαιτεί από τους χρήστες να εγγραφούν, να αναγνωρίσουν τις βάσεις δεδομένων και να κάνουν το καλύτερο δυνατό για να συνεργαστούν με τους ιδιοκτήτες. Η βάση δεδομένων αναπτύχθηκε για να εξασφαλίσει τα δικαιώματα των δεδομένων που υποβλήθηκαν περισσότερο.
Το GISAID ήταν εξαιρετικά Διαφάνεια που εκφράζεται στη διακυβέρνηση του, ως διαφωνίες σχετικά με την αναγνώριση και τον τρόπο με τον οποίο επιβάλλει κυρώσεις εναντίον όσων, κατά τη γνώμη του, παραβίασαν τους όρους χρήσης.
"Η GISAID έχει προκαλέσει πολλή απογοήτευση τα τελευταία χρόνια", λέει ο Spyros Lytras, εξελικτικός ιολόγος στο Πανεπιστήμιο του Τόκιο. "Από αυτές τις εμπειρίες, η επιστημονική κοινότητα έχει μάθει πώς μπορούμε να το κάνουμε καλύτερα.
Εκπρόσωπος της GISAID δήλωσε σε ένα μήνυμα ηλεκτρονικού ταχυδρομείου ότι η εμπιστοσύνη που έχει στην επιστημονική κοινότητα είναι ισχυρή και ότι περισσότεροι από 70.000 ερευνητές χρησιμοποιούν τον ιστότοπο. Οι ρόλοι των οργάνων διακυβέρνησης και των δωρητών παρουσιάζονται στην ιστοσελίδα και οι όροι χρήσης τους δεν έχουν αλλάξει από τότε που ιδρύθηκε το 2008, σύμφωνα με τον εκπρόσωπο.
Κατασκευάστε την εμπιστοσύνη
Το Pathoplexus προσφέρει ορισμένα προστατευτικά μέτρα για τους χρήστες. Για παράδειγμα, οι ερευνητές μπορούν να καθορίσουν περιορισμούς στον τρόπο με τον οποίο μπορούν να χρησιμοποιηθούν τα δεδομένα τους, για παράδειγμα, δεν μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως κεντρικό επίκεντρο των επιστημονικών δημοσιεύσεων για έως και ένα χρόνο χωρίς να είναι ρητή έγκρισή τους. Αυτό θα πρέπει να δώσει στους ιδιοκτήτες δεδομένων αρκετό χρόνο για να υποβάλουν ένα χειρόγραφο μέσω των αποτελεσμάτων τους.
Οι χρήστες πρέπει επίσης να αναγνωρίζουν τους ιδιοκτήτες δεδομένων στις δημοσιεύσεις τους. "Σκοπεύουμε να οικοδομήσουμε μια κοινότητα στην οποία οι ερευνητές έχουν την εμπιστοσύνη ότι οι συνεισφορές τους θα γίνονται σεβαστές και σωστά αναγνωρισμένες", λέει ο Jamie Southgate, μέλος του Pathoplexus και επικεφαλής των δραστηριοτήτων της παγκόσμιας συμμαχίας δημόσιας υγείας για τη γονιδιωματική επιδημιολογία με έδρα το Cape Town της Νότιας Αφρικής.
Το Pathoplexus δεν εμποδίζει τους ανθρώπους που παραβιάζουν τους όρους χρήσης, από την πρόσβαση στη σελίδα, τι Το Gisaid έχει κάνει . Αντ 'αυτού, η ομάδα θα επικοινωνήσει με τα ειδικά περιοδικά για να εξασφαλίσει ότι τα δημοσιευμένα δεδομένα χρησιμοποιούνται σύμφωνα με τον τρόπο με τον οποίο μοιράζονται, εξηγεί η Emma Hodcroft, συνιδρυτής του Pathoplexus και μοριακού επιδημιολόγου στο Ελβετικό Ινστιτούτο Τροπικής και Δημόσιας Υγείας στη Βασιλεία της Ελβετίας. "Προσπαθήσαμε να διατυπώσουμε απίστευτα τις συνθήκες", λέει.
"Είναι μια καλή, έξυπνη λύση", λέει ο Senjuti Saha, μοριακός μικροβιολόγος στο Ίδρυμα Έρευνας για την Υγεία των Παιδιών στο Dhaka, το οποίο υποστηρίζει τη διαδικασία, τους εκδότες. "Έτσι πρέπει να είναι." Πιστεύει ότι η διαφάνεια του Pathoplexus θα ενισχύσει την εμπιστοσύνη στην επιστημονική κοινότητα.
Αλλά εξακολουθεί να είναι πολύ νωρίς για να πούμε αν το αποθετήριο θα λύσει τα τρέχοντα προβλήματα με την ανταλλαγή δεδομένων, λέει ο Saha. "Είναι ένα εξαιρετικό και φανταστικό πρώτο βήμα."
Οι χρήστες θα μπορούσαν επίσης να τείνουν να μοιράζονται ακολουθίες σε τοπικές βάσεις δεδομένων. Στην Κίνα, για παράδειγμα, οι ερευνητές, για παράδειγμα, είναι πιθανότατα πιο πιθανό να δημοσιεύσουν πρόσφατα ιούς σε κινεζικές βάσεις δεδομένων, λέει ο Shi Mang, ένας εξελικτικός βιολόγος στο Πανεπιστήμιο Sun Yat-Sen στο Shenzhen της Κίνας, ο οποίος βρίσκεται επίσης στο επιστημονικό συμβουλευτικό συμβούλιο του Pathoplexus. Αλλά για τους καθιερωμένους ιούς, πιθανότατα θα χρησιμοποιήσετε αποθετήρια με καλές συλλογές που προσφέρει το Pathoplexus.
Βελτιωμένη εμπειρία χρήστη
Οι προγραμματιστές του Pathoplexus προσπάθησαν να βελτιώσουν την εμπειρία του χρήστη, μεταξύ άλλων, καθιστώντας τη μεταφόρτωση όσο το δυνατόν πιο εύκολη. Το Pathoplexus ελέγχει επίσης τα δεδομένα αλληλουχίας και τις συνοδευτικές πληροφορίες για σφάλματα και βοηθά στην οργάνωση ιών σε υποτύπους. "Αυτό είναι στην πραγματικότητα αυτό που έχει τραβήξει σε αυτή τη βάση δεδομένων", λέει ο Shi. Οι αυξήσεις μπορούν να εμποδίσουν σημαντικά τις ψευδείς ακολουθίες στα τρέχοντα αποθετήρια, προσθέτει.
Μέχρι τώρα, το Pathoplexus έχει χρησιμοποιήσει δεδομένα Genbian για τους τέσσερις ιούς για να γεμίσει τη σελίδα. Χιλιάδες επισκέπτες έχουν ήδη καλέσει τη σελίδα και 50 έχουν δημιουργήσει λογαριασμούς για την υποβολή δεδομένων, αλλά μέχρι στιγμής κανείς δεν έχει υποβάλει ακολουθίες, εξηγεί ο Hodcroft. "Δεν περιμέναμε υψηλές ποσότητες δεδομένων για το παθογόνο που ξεκινήσαμε."
Οι ερευνητές που εργάζονται σε άλλους ιούς πρέπει να περιμένουν να επεκταθούν η βάση δεδομένων για να τους συμπεριλάβει. Για να επεκταθεί, η ομάδα πρέπει να εξασφαλίσει μακροχρόνια χρηματοδότηση. Ο ιστότοπος λειτουργεί επί του παρόντος με εθελοντική και δωρεά χρόνου υπολογιστή, ο οποίος τελειώνει σε περίπου έξι μήνες. Ο Hodcroft λέει ότι είναι ο σημερινός στόχος της νίκης δωρητών. "Είμαι προσεκτικά αισιόδοξος."