Nyt virusgenomwebsted: Enkel og fair sekvensafdeling for alle

En ny database for forskere til fælles brug af genomet af farlige vira lover at løse mange af de problemer, der hindrer eksisterende alternativer. Men først skal forskerne overbevises om at bruge dem.

Pathoplexus - en Kombination af patogen og plexus - blev lanceret i sidste måned, og teamet af forskere bag databasen håber, at det vil motivere flere forskere til at dele genetiske sekvenser af velkendte og nyligt forekommende vira til folkesundhed.

Den hurtigst mulige overførsel af sekvenser er vigtig for at identificere nye vira og forfølge ændringer, der kan gøre dem mere farlige for mennesker såvel som udviklingen af ​​vacciner, forklarer Edward Holmes, en virolog ved University of Sydney, Australien.

Pathoplexus koncentrerer sig i øjeblikket om fire vira, der ikke er specielt anført i andre databaser: virussen fra Krim-Congo-hæmoragisk feber, Ebola Sudan, Ebola Zaire og West Nil-virussen. Yderligere patogener skal tilsættes senere, ifølge teamet.

eksisterende forhindringer

En af de største eksisterende depoter er GenBank i USA, der giver ubegrænset adgang til deres genomiske data. Men offentlig adgang betyder, at teoretisk set alle kan bruge dataene til at offentliggøre videnskabelige artikler uden at genkende databaserne. Dette har forhindret forskere, især i lande med lav indkomst, i at dele deres data, for eksempel under en nødsituation i folkesundheden. Et alternativt lager, Gisaid, kræver, at brugerne skal registrere, at genkende databaserne og gøre deres bedste for at arbejde med ejerne. Databasen blev udviklet for at sikre, at dataene for data er mere indsendt.

gisaid var ekstremt Gennemsigtighed udtrykt i hans regeringsførelse, som tvister om anerkendelse, og hvordan det pålægger sanktioner mod dem, der efter hans mening krænkede betingelserne for brug

"Gisaid har forårsaget en masse frustration i de senere år," siger Spyros Lytras, en evolutionær virolog ved University of Tokyo. "Fra disse oplevelser har det videnskabelige samfund lært, hvordan vi kan gøre det bedre. En genstart er det, vi har brug for som et samfund, og Pathoplexus kan være løsningen."

En repræsentant for Gisaid sagde i en e -mail, at den tillid, den har i det videnskabelige samfund, er stærk, og at mere end 70.000 forskere bruger stedet. Rollerne for hans regeringsorganer og donorer præsenteres på webstedet, og deres brugsbetingelser er ikke ændret, siden det blev grundlagt i 2008, ifølge repræsentanten.

opbygge tillid

Pathoplexus tilbyder nogle beskyttelsesforanstaltninger for brugerne. For eksempel kan forskere bestemme begrænsninger for, hvordan deres data kan bruges, for eksempel kan de muligvis ikke bruges som et centralt fokus i videnskabelige publikationer i op til et år uden deres udtrykkelige godkendelse. Dette skulle give dataejere nok tid til at indsende et manuskript via deres resultater.

Brugere skal også genkende dataejere i deres publikationer. "Vi agter at opbygge et samfund, hvor forskere har tillid til, at deres bidrag vil blive respekteret og anerkendt korrekt," siger Jamie Southgate, et medlem af Pathoplexus og leder af operationerne i Global Coalition Public Health Alliance for Genomic Epidemiology med base i Cape Town, Sydafrika.

Pathoplexus blokerer ikke for mennesker, der overtræder betingelserne for brug, fra adgang til siden, hvad Gisaid har gjort . I stedet vil teamet kontakte specialbesværet for at sikre, at de offentliggjorte data bruges i overensstemmelse med den måde, de blev delt på, forklarer Emma Hodcroft, medstifter af Pathoplexus og molekylær epidemiolog ved det schweiziske tropiske og offentlige sundhedsinstitut i Basel, Schweiz. ”Vi forsøgte at formulere betingelserne utroligt tydeligt,” siger hun.

"Det er en god, smart løsning," siger Senjuti Saha, en molekylær mikrobiolog ved Child Health Research Foundation i Dhaka, der understøtter proceduren, udgivere. "Sådan skal det være." Hun mener, at Pathoplexus 'gennemsigtighed vil styrke tilliden inden for det videnskabelige samfund.

Men det er stadig for tidligt at sige, om depotet vil løse de aktuelle problemer med dataudveksling, siger Saha. "Det er et fremragende og fantastisk første skridt."

Brugere kunne også have en tendens til at dele sekvenser i lokale databaser. I Kina er for eksempel sandsynligvis mere tilbøjelige til at offentliggøre nyoprørende vira i kinesiske databaser, siger Shi Mang, en evolutionær biolog ved Sun Yat-sen-universitetet i Shenzhen, Kina, der også sidder i det videnskabelige rådgivende bestyrelse for Pathoplexus. Men for etablerede vira vil du sandsynligvis bruge opbevaringssteder med velfolkede samlinger, som Pathoplexus tilbyder.

forbedret brugeroplevelse

Udviklerne af Pathoplexus forsøgte at forbedre brugeroplevelsen blandt andet ved at gøre uploading så let som muligt. Pathoplexus kontrollerer også sekvensdataene og ledsagende oplysninger for fejl og hjælper med at organisere vira i undertyper. "Det er faktisk det, der har trukket til denne database," siger Shi. Forhøjelser kan markant hindre falske sekvenser i de aktuelle opbevaringssteder, tilføjer han.

Indtil nu har Pathoplexus brugt genbiske data til de fire vira til at udfylde siden. Tusinder af besøgende har allerede indkaldt siden, og 50 har oprettet konti til at indsende data, men indtil videre har ingen indsendt sekvenser, forklarer Hodcroft. "Vi forventede ikke store mængder data for det patogene, som vi startede."

Forskere, der arbejder på andre vira, skal vente på, at databasen skal udvides til at omfatte dem. For at udvide skal teamet sikre langvarig finansiering af lang tid. Webstedet drives i øjeblikket af frivillig og doneret computertid, som ender på cirka seks måneder. Hodcroft siger, at det er det aktuelle mål at vinde donorer. "Jeg er omhyggeligt optimistisk."