En ny database for forskere til at dele genomerne af farlige vira lover at løse mange af de problemer, der hæmmer eksisterende alternativer. Men de første forskere skal være overbeviste om at bruge dem.

Pathoplexus - en kombination af patogen og plexus - blev lanceret i sidste måned, og teamet af forskere bag databasen håber, at det vil motivere flere forskere til at dele genetiske sekvenser af kendte og nye vira med folkesundhedsmæssig betydning.

Det er vigtigt at dele sekvenser så hurtigt som muligt for at identificere nye vira og sporingsændringer, der kan gøre dem mere farlige for mennesker såvel som for at udvikle vacciner, forklarer Edward Holmes, en virolog ved University of Sydney, Australien.

Pathoplexus er i øjeblikket fokuseret på fire vira, der ikke specifikt er anført i andre databaser: Krim-congo hæmoragisk febervirus, Ebola Sudan, Ebola Zaire og West Nile-virus. Flere patogener tilføjes senere, sagde teamet.

Eksisterende forhindringer

Blandt de største eksisterende opbevaringssteder er GenBank i USA, der giver ubegrænset adgang til dens genomiske data. Men offentlig adgang betyder, at enhver i teorien kan bruge dataene til at offentliggøre videnskabelige artikler uden at anerkende dataejere. Dette har afskrækkede forskere, især fra lande med lav indkomst, fra at dele deres data hurtigt, såsom under en folkesundheds nødsituation. Et alternativt lager, Gisaid, kræver, at brugerne registrerer, anerkender dataejere og gør deres bedste for at samarbejde med ejerne. Databasen blev udviklet for at sikre rettighederne for dataindsendere.

Gisaid har været yderst hjælpsom under Covid-19-pandemien populær og indeholder næsten 17 millioner sekvenser fra SARS-CoV-2, virussen bag Covid-19. Forskere er dog bekymrede over gennemsigtighed I sin regeringsførelse formidler det, hvordan det formidler anerkendelsestvister, og hvordan det pålægger sanktioner over for dem, som den mener har krænket servicevilkårene.

”Gisaid har forårsaget en masse frustration i de senere år,” siger Spyros Lytras, en evolutionær virolog ved University of Tokyo. "Fra disse oplevelser har det videnskabelige samfund lært, hvordan vi kan gøre det bedre. En nulstilling er det, vi har brug for som et samfund, og Pathoplexus kan være løsningen."

En GISAID -repræsentant sagde i en e -mail, at den tillid, den har med det videnskabelige samfund, er stærk, og at mere end 70.000 forskere bruger stedet. Rollerne for dets styringsorganer og finansieringsmænd præsenteres på webstedet, og deres brugsbetingelser er ikke ændret siden grundlæggelsen i 2008, sagde repræsentanten.

Byg tillid

Pathoplexus tilbyder nogle beskyttelser for brugerne. For eksempel kan forskere sætte begrænsninger for, hvordan deres data kan bruges, for eksempel kan de ikke bruges som det centrale fokus i videnskabelige publikationer i op til et år uden deres udtrykkelige tilladelse. Dette skulle give dataejere nok tid til at indsende et manuskript om deres resultater.

Brugere skal også anerkende dataejere i deres publikationer. ”Vi agter at opbygge et samfund, hvor forskere har tillid til, at deres bidrag respekteres og anerkendes korrekt,” siger Jamie Southgate, et medlem af Pathoplexus og direktør for operationer for Global Coalition Public Health Alliance for Genomic Epidemiology med base i Cape Town, Sydafrika.

Pathoplexus blokerer ikke for nogen, der krænker brugsbetingelserne fra adgang til webstedet, som Gisaid har gjort det i sjældne tilfælde. I stedet vil teamet kontakte tidsskrifter for at sikre, at de offentliggjorte data bruges i overensstemmelse med den måde, hvorpå de blev delt, forklarer Emma Hodcroft, medstifter af Pathoplexus og en molekylær epidemiolog ved det schweiziske tropiske og offentlige sundhedsinstitut i Basel, Schweiz. ”Vi forsøgte at gøre betingelserne utroligt klare,” siger hun.

”Det er en god, smart løsning,” siger Senjuti Saha, en molekylær mikrobiolog ved Child Health Research Foundation i Dhaka, der støtter praksis med at kontakte udgivere. ”Sådan skal det være.” Hun mener, at Pathoplexus 'gennemsigtighed vil øge tilliden inden for det videnskabelige samfund.

Men det er stadig for tidligt at sige, om depotet vil løse aktuelle datadelingsproblemer, siger Saha. ”Det er et fremragende og fantastisk første skridt.”

Brugere kan også have en tendens til at dele sekvenser i lokale databaser. I Kina er for eksempel mere tilbøjelige til at offentliggøre sekvenser af nye vira i kinesiske databaser, siger Shi Mang, en evolutionær biolog ved Sun Yat-sen-universitetet i Shenzhen, Kina, der også sidder på Pathoplexus 'videnskabelige rådgivende bestyrelse. Men for etablerede vira vil de sandsynligvis bruge lagre med velholdte samlinger, som Pathoplexus tilbyder.

Forbedret brugeroplevelse

Udviklerne af Pathoplexus har forsøgt at forbedre brugeroplevelsen, herunder ved at gøre uploading så let som muligt. Pathoplexus kontrollerer også sekvensdataene og ledsagende oplysninger for fejl og hjælper med at organisere vira i undertyper. ”Det var faktisk det, der trak mig til denne database,” siger Shi. Forkerte sekvenser i aktuelle opbevaringssteder kan hindre forskere markant, tilføjer han.

Indtil videre har Pathoplexus brugt GenBank -data til de fire vira til at udfylde stedet. Tusinder af besøgende har allerede adgang til webstedet, og 50 har oprettet konti til at indsende data, men ingen har indsendt sekvenser indtil videre, forklarer Hodcroft. ”Vi forventede ikke store mængder data for de patogener, vi startede med.”

Forskere, der arbejder på andre vira, bliver nødt til at vente, indtil databasen udvides til at omfatte dem. For at udvide skal teamet sikre langsigtet finansiering. Webstedet drives i øjeblikket af frivillige og donerede computertid, som slutter på cirka seks måneder. Hodcroft siger, at hendes nuværende mål er at tiltrække donorer. ”Jeg er forsigtigt optimistisk.”