Nová databáze pro výzkumné pracovníky, kteří sdílejí genomy nebezpečných virů, slibuje vyřešit mnoho problémů, které brzdí stávající alternativy. První vědci však musí být přesvědčeni, aby je používali.

Pathoplexus - kombinace patogenu a plexu - byla spuštěna minulý měsíc a tým vědců za databází doufá, že bude motivovat více vědců ke sdílení genetických sekvencí známých a nových virů s důležitou zdravotním pobytem.

Sdílení sekvencí co nejrychleji je důležité pro identifikaci nových virů a sledování změn, které by mohly učinit nebezpečnějšími pro lidi, jakož i pro vývoj vakcín, vysvětluje Edward Holmes, virolog na australské univerzitě v Sydney.

Pathoplexus je v současné době zaměřen na čtyři viry, které nejsou speciálně uvedeny v jiných databázích: virus hemoragické horečky Crimean-Congo, Ebola Súdán, Ebola Zaire a West Nile Virus. Více patogenů bude přidáno později, řekl tým.

Stávající překážky

Mezi největší existující úložiště patří GenBank ve Spojených státech, která nabízí neomezený přístup k jeho genomickým datům. Přístup veřejnosti však znamená, že teoreticky může kdokoli použít data k publikování vědeckých článků, aniž by uznal vlastníky dat. To odradilo vědce, zejména ze zemí s nízkými příjmy, od rychlého sdílení jejich údajů, například během nouzového stavu veřejného zdraví. Alternativní úložiště, Gisaid, vyžaduje, aby se uživatelé zaregistrovali, potvrzovali vlastníky dat a dělali vše, co je v jejich silách pro spolupráci s majiteli. Databáze byla vyvinuta, aby byla zajištěna práva předkládačů dat.

Gisaid byl velmi nápomocný během pandemie Covid-19 populární a obsahuje téměř 17 milionů sekvencí od SARS-CoV-2, virus za Covid-19. Vědci však mají obavy z průhlednost Ve své správě, jak zprostředkovává spory o uznání a jak ukládá sankce těm, o nichž se domnívá, že porušily podmínky služby.

„Gisaid v posledních letech způsobil hodně frustrace,“ říká Spyros Lytras, evoluční virolog na Tokijské univerzitě. "Z těchto zkušeností se vědecká komunita naučila, jak můžeme dělat lépe. Resetování je to, co potřebujeme jako komunita, a Pathoplexus může být řešením."

Zástupce GISAID v e -mailu uvedl, že důvěra, kterou má s vědeckou komunitou, je silná a že web používá více než 70 000 vědců. Role jejích orgánů a poskytovatelů financování jsou prezentovány na webových stránkách a jejich podmínky používání se od jejího založení v roce 2008 nezměnily, uvedl zástupce.

Budovat důvěru

Pathoplexus nabízí uživatelům určitou ochranu. Vědci mohou například stanovit omezení, jak lze jejich údaje použít, například ji nelze použít jako ústřední zaměření vědeckých publikací po dobu až jednoho roku bez jejich výslovného svolení. To by mělo majitelům dat poskytnout dostatek času na předložení rukopisu o jejich výsledcích.

Uživatelé musí také potvrdit vlastníky dat ve svých publikacích. „Máme v úmyslu vybudovat komunitu, kde vědci mají jistotu, že jejich příspěvky jsou respektovány a řádně uznány,“ říká Jamie Southgate, člen Pathoplexus a ředitel operací pro globální koaliční alianci pro veřejné zdraví pro genomickou epidemiologii se sídlem v Jihoafrické republice.

Pathoplexus nebude blokovat nikoho, kdo porušuje podmínky použití z přístupu k webu, který Gisaid tak učinil ve vzácných případech. Místo toho bude tým kontaktovat časopisy, aby zajistil, že zveřejněná data budou používána v souladu se způsobem, jakým byla sdílena, vysvětluje Emma Hodcroft, spoluzakladatelka Pathoplexus a molekulární epidemiolog ve Švýcarském tropickém a veřejném zdraví ve Švýcarsku ve Švýcarsku. "Snažili jsme se objasnit podmínky," říká.

"Je to dobré, chytré řešení," říká Senjuti Saha, molekulární mikrobiolog v Nadaci pro výzkum zdraví dětí v Dháce, který podporuje praxi kontaktování vydavatelů. "Tak by to mělo být." Myslí si, že transparentnost Pathoplexus ve vědecké komunitě zvýší důvěru.

Je však stále příliš brzy na to, aby bylo možné říci, zda úložiště vyřeší současné problémy s sdílením dat, říká Saha. "Je to vynikající a fantastický první krok."

Uživatelé mohou také mít tendenci sdílet sekvence v místních databázích. Například v Číně vědci s větší pravděpodobností zveřejní sekvence nově vznikajících virů v čínských databázích, říká Shi Mang, evoluční biolog na univerzitě Sun Yat-Sen v Shenzhenu v Číně, který také sedí na vědecké poradní radě Pathoplexus. U zavedených virů však budou pravděpodobně používat úložiště s dobře udržovanými sbírkami, které Pathoplexus nabízí.

Vylepšená uživatelská zkušenost

Vývojáři Pathoplexus se pokusili zlepšit uživatelský zážitek, včetně co nejjednoduššího nahrávání. Pathoplexus také kontroluje sekvenční data a doprovázející informace z hlediska chyb a pomáhá organizovat viry do podtypů. "To je vlastně to, co mě přitáhlo do této databáze," říká Shi. Nesprávné sekvence v současných repozitářích mohou významně bránit vědcům.

Doposud Pathoplexus pro čtyři viry k naplnění webu použil data GenBank. Tisíce návštěvníků již na web přistupovaly a 50 vytvořilo účty k předkládání dat, ale dosud nikdo neposkytl sekvence, vysvětluje Hodcroft. "Neočekávali jsme velké množství dat pro patogeny, se kterými jsme začali."

Vědci pracující na jiných virech budou muset počkat, až se databáze rozšíří, aby je zahrnula. Aby se tým rozšířil, musí tým zajistit dlouhodobé financování. Stránka je v současné době provozována dobrovolníky a darovaným počítačovým časem, který skončí asi za šest měsíců. Hodcroft říká, že jejím současným cílem je přilákat dárce. "Jsem opatrně optimistický."