Nový web Virus Genome: Jednoduchá a spravedlivá sekvenční divize pro všechny

Nový web Virus Genome: Jednoduchá a spravedlivá sekvenční divize pro všechny

Pathoplexus se v současné době soustředí na čtyři viry, které nejsou speciálně uvedeny v jiných databázích: virus hemoragické horečky Krymské kongo, Ebola Súdán, Ebola Zaire a West Nil Virus. Podle týmu by měly být přidány další patogeny.

Existující překážky

Jednou z největších stávajících repozitářů je GenBank ve Spojených státech, která nabízí neomezený přístup k jejich genomickým datům. Přístup veřejnosti však znamená, že teoreticky může každý použít data k publikování vědeckých článků bez rozpoznání databází. To zabránilo vědcům, zejména ze zemí s nízkým úpravou, například během nouze veřejného zdraví. Alternativní úložiště, Gisaid, vyžaduje, aby se uživatelé zaregistrovali, rozpoznali databáze a dělali maximum pro práci s majiteli. Databáze byla vyvinuta, aby se zajistila více předložená práva údajů.

gisaid byl extrémně Transparentnost vyjádřeno ve své správě, protože spory o uznání a jak ukládají sankce proti těm, kteří podle jeho názoru porušili podmínky použití

"Gisaid v posledních letech způsobil hodně frustrace," říká Spyros Lytras, evoluční virolog na Tokijské univerzitě. „Z těchto zkušeností se vědecká komunita naučila, jak to dokážeme lépe. Restartem je to, co potřebujeme jako komunita, a Pathoplexus může být řešením.“

Zástupce GISAID v e -mailu uvedl, že důvěra, kterou má ve vědecké komunitě, je silná a že web používá více než 70 000 vědců. Role jeho správních orgánů a dárců jsou prezentovány na webových stránkách a jejich podmínky použití se podle zástupce založily v roce 2008.

Build Trust

Pathoplexus nabízí uživatelům některá ochranná opatření. Vědci mohou například určit omezení, jak mohou být jejich údaje použity, například nemusí být použity jako ústřední zaměření vědeckých publikací až jeden rok bez jejich výslovného souhlasu. To by mělo majitelům dat poskytnout dostatek času na předložení rukopisu prostřednictvím jejich výsledků.

Uživatelé musí také rozpoznat vlastníky dat ve svých publikacích. „Máme v úmyslu vybudovat komunitu, ve které vědci mají jistotu, že jejich příspěvky budou respektovány a řádně uznány,“ říká Jamie Southgate, člen Pathoplexus a vedoucí operace globální koaliční veřejné zdraví aliance pro genomickou epidemiologii se sídlem v Jižní Africe.

Pathoplexus neblokuje lidi, kteří porušují podmínky používání, z přístupu na stránku, co Gisaid udělal . Místo toho bude tým kontaktovat specializované časopisy, aby zajistil, že publikovaná data budou používána v souladu se způsobem, jakým byli sdíleni, vysvětluje Emma Hodcroft, spoluzakladatelka Pathoplexu a molekulárního epidemiologa ve Švýcarském tropickém a veřejném zdraví ve Švýcarsku. „Snažili jsme se vytvořit podmínky neuvěřitelně jasně,“ říká.

"Je to dobré, chytré řešení," říká Senjuti Saha, molekulární mikrobiolog v Nadaci pro výzkum zdraví dětí v Dháce, která podporuje postup, vydavatelé. "Tak by to mělo být." Myslí si, že transparentnost Pathoplexus posílí důvěru ve vědeckou komunitu.

Ale je stále příliš brzy na to, aby bylo možné říci, zda úložiště vyřeší současné problémy s výměnou dat, říká SAHA. "Je to vynikající a fantastický první krok."

Uživatelé by také mohli mít tendenci sdílet sekvence v místních databázích. Například v Číně je například vědci pravděpodobně s větší pravděpodobností publikovat nově se vyskytující viry v čínských databázích, říká Shi Mang, evoluční biolog na Univerzitě Sun Yat-Sen v Shenzhenu v Shenzhenu, který také sedí ve vědecké poradní radě Pathoplexus. Ale pro zavedené viry budete pravděpodobně používat repozitáře s dobře udržovanými sbírkami, které Pathoplexus nabízí.

Vylepšené uživatelské zkušenosti

Vývojáři Pathoplexus se pokusili zlepšit uživatelský zážitek, mimo jiné tím, že nahrání co nejjednodušší. Pathoplexus také kontroluje sekvenční data a doprovázející informace o chybách a pomáhá organizovat viry v podtypech. „To je vlastně to, co se přitahovalo k této databázi,“ říká Shi. Zvýšení může významně bránit falešným sekvencím v současných úložištích, dodává.

Až dosud použil Pathoplexus pro čtyři viry k vyplnění stránky. Tisíce návštěvníků již tuto stránku zavolaly a 50 vytvořilo účty k předkládání dat, ale zatím nikdo neposkytl sekvence, vysvětluje Hodcroft. "Neočekávali jsme velké množství dat pro patogenní, které jsme začali."

Vědci, kteří pracují na jiných virech, musí čekat, až bude databáze rozšířena o jejich zahrnutí. Aby se tým rozšířil, musí zajistit dlouhodobé financování. Stránka je v současné době provozována dobrovolným a darovaným počítačovým časem, který končí asi za šest měsíců. Hodcroft říká, že je to současný cíl vítězství dárců. "Jsem pečlivě optimistický."