Уебсайт за нов вирус Genome: Прост и справедлив отдел за последователност за всички

Нова база данни за изследователи за съвместната употреба на генома на опасни вируси обещава да разреши много от проблемите, които пречат на съществуващите алтернативи. Но първо изследователите трябва да бъдат убедени да ги използват.

Pathoplexus - Комбинация от патоген и плексус - стартира миналия месец, а екипът от учени зад базата данни се надява, че той ще мотивира повече изследователи да споделят генетични последователности от добре известни и новонастъпителни вируси за обществено здраве.

Най -бързото възможно прехвърляне на последователности е важно за идентифициране на нови вируси и преследване на промени, които биха могли да ги направят по -опасни за хората, както и за развитието на ваксини, обяснява Едуард Холмс, вирулог от Университета в Сидни, Австралия.

Pathoplexus понастоящем се концентрира върху четири вируса, които не са специално изброени в други бази данни: вирусът на кримко-конго хеморагичната треска, Ебола Судан, Ебола Заир и вируса на Западен Нил. По -късно трябва да се добавят допълнителни патогени, според екипа.

Съществуващи препятствия

Една от най -големите съществуващи хранилища е GenBank в Съединените щати, който предлага неограничен достъп до техните геномни данни. Но публичният достъп означава, че теоретично всеки може да използва данните, за да публикува научни статии, без да разпознава базите данни. Това попречи на учените, особено от страните с ниски доходи, да споделят своите данни, например по време на спешна ситуация в областта на общественото здраве. Алтернативно хранилище, GISAID, изисква потребителите да се регистрират, да разпознават базите данни и да направят всичко възможно да работят със собствениците. Базата данни е разработена, за да гарантира по -изпращаните правата на данните.

GISAID беше изключително почти 17-тата на C-TETEGORY =" https://www.nature.com/articles/d41586-021-00305-7 "данни-track-category = link the link ky> почти 17-тата на C-TETEGORY. Милион Последователности на SARS-COV-2 зад Covid-19. Данни-проследяване на категорията = "Текстова връзка"> Прозрачност Изразена в неговото управление, като спорове за признаване и как налага санкции срещу онези, които според него нарушават условията за ползване

"Gisaid предизвика много разочарование през последните години", казва Спирос Литрас, еволюционен вирусолог от Университета в Токио. "От тези преживявания научната общност научи как можем да го направим по -добре. Рестартирането е това, от което се нуждаем като общност, и Pathoplexus може да бъде решението."

представител на Gisaid каза в имейл, че доверието, което има в научната общност, е силен и че повече от 70 000 изследователи използват сайта. Ролите на неговото управление органи и донори се представят на уебсайта и техните условия за ползване не са се променили, тъй като той е основан през 2008 г., според представителя.

Изградете доверие

Pathoplexus предлага някои защитни мерки за потребителите. Например, изследователите могат да определят ограниченията за това как могат да се използват техните данни, например, те не могат да бъдат използвани като централен фокус на научните публикации до една година без тяхното изрично одобрение. Това трябва да даде на собствениците на данни достатъчно време да изпратят ръкопис чрез техните резултати.

Потребителите също трябва да разпознават собствениците на данни в своите публикации. „Ние възнамеряваме да изградим общност, в която изследователите имат увереността, че техният принос ще бъде уважаван и правилно признат“, казва Джейми Саутгейт, член на Pathoplexus и ръководител на операциите на Глобалния коалиционен алианс за обществено здраве за геномната епидемиология, базиран в Кейптаун, Южна Африка.

Pathoplexus не блокира хората, които нарушават условията за ползване, от достъпа до страницата, какво GISAID направи . Вместо това екипът ще се свърже с специализираните списания, за да гарантира, че публикуваните данни се използват в съответствие с начина, по който са били споделени, обяснява Ема Ходкрофт, съосновател на Pathoplexus и молекулярен епидемиолог в Швейцарския тропически и обществено здравно институт в Базел, Швейцария. „Опитахме се да формулираме условията невероятно ясно“, казва тя.

"Това е добро, умно решение", казва Senjuti Saha, молекулярен микробиолог в Фондацията за изследване на здравето на децата в Дака, която подкрепя процедурата, издателите. "Така трябва да бъде." Тя смята, че прозрачността на Pathoplexus ще засили доверието в научната общност.

Но все още е твърде рано да се каже дали хранилището ще реши текущите проблеми с обмена на данни, казва Саха. "Това е отлична и фантастична първа стъпка."

Потребителите също могат да споделят последователности в локални бази данни. Например в Китай, изследователите, например, вероятно са по-склонни да публикуват наскоро вируси в китайските бази данни, казва Ши Манг, еволюционен биолог в Университета Sun Yat-Sen в Шенжен, Китай, който също седи в Научния консултативен съвет на Pathoplexus. Но за установени вируси вероятно ще използвате хранилища с добре поддържани колекции, които Pathoplexus предлага.

Подобрено потребителско изживяване

Разработчиците на Pathoplexus се опитаха да подобрят потребителското изживяване, наред с други неща, като качват възможно най -лесно. Pathoplexus също проверява данните за последователността и придружава информация за грешки и помага за организирането на вируси в подтипове. „Това всъщност е привлечено към тази база данни“, казва Ши. Увеличаващите се могат значително да възпрепятстват фалшивите последователности в текущите хранилища, добавя той.

Досега Pathoplexus е използвал GenBian данни за четирите вируса, за да попълни страницата. Хиляди посетители вече са се обадили на страницата, а 50 са създали акаунти за подаване на данни, но засега никой не е изпращал последователности, обяснява Ходкрофт. "Не очаквахме големи количества данни за патогенните, които започнахме."

Изследователи, които работят върху други вируси, трябва да изчакат базата данни да бъде разширена, за да ги включи. За да се разшири, екипът трябва да осигури дългосрочно финансиране. Понастоящем сайтът се управлява от доброволно и дарено компютърно време, което завършва след около шест месеца. Ходкрофт казва, че това е настоящата цел за спечелване на донори. "Внимателно съм оптимист."