Нова база данни за изследователите, които да споделят геномите на опасните вируси, обещава да разреши много от проблемите, които пречат на съществуващите алтернативи. Но първите изследователи трябва да бъдат убедени да ги използват.

Pathoplexus - комбинация от патоген и плексус - стартира миналия месец, а екипът от учени зад базата данни се надява, че ще мотивира повече изследователи да споделят генетични последователности от известни и възникващи вируси с обществено здраве.

Споделянето на последователности възможно най -бързо е важно за идентифициране на нови вируси и проследяване на промените, които биха могли да ги направят по -опасни за хората, както и за развитието на ваксини, обяснява Едуард Холмс, вирулог от Университета в Сидни, Австралия.

Понастоящем Pathoplexus е фокусиран върху четири вируса, които не са специално изброени в други бази данни: вирус на хеморагична треска на Крим-Конго, Ебола Судан, Ебола Заир и вирус на Западен Нил. По -късно ще бъдат добавени повече патогени, каза екипът.

Съществуващи препятствия

Сред най -големите съществуващи хранилища е GenBank в Съединените щати, който предлага неограничен достъп до своите геномни данни. Но публичният достъп означава, че на теория всеки може да използва данните, за да публикува научни статии, без да признава собствениците на данни. Това обезкуражи учените, особено от страните с ниски доходи, от бързо споделяне на данните си, например по време на спешна ситуация в областта на общественото здраве. Алтернативно хранилище, GISAID, изисква потребителите да се регистрират, да потвърждават собствениците на данни и да направят всичко възможно да си сътрудничат със собствениците. Базата данни е разработена, за да гарантира правата на подателите на данни.

Gisaid беше изключително полезен по време на пандемията Covid-19 Популярен и съдържа близо 17 милиона последователности от SARS-COV-2, вирусът зад Covid-19. Изследователите обаче имат притеснения относно прозрачност В своето управление как тя посредничи за спорове за признаване и как налага санкции на тези, за които смята, че са нарушили условията на обслужване.

„Gisaid предизвика много неудовлетвореност през последните години“, казва Спирос Литрас, еволюционен вирусолог от Университета в Токио. "От тези преживявания научната общност научи как можем да се справим по -добре. Нулиране е това, от което се нуждаем като общност, а Pathoplexus може да бъде решението."

Представител на GISAID заяви в имейл, че доверието, което има с научната общност, е силен и че повече от 70 000 изследователи използват сайта. Ролите на нейните управляващи органи и финансиращи се представят на уебсайта и техните условия за ползване не са се променили след основаването му през 2008 г., заяви представителът.

Изградете доверие

Pathoplexus предлага някои защити за потребителите. Например, изследователите могат да зададат ограничения за това как могат да се използват техните данни, например той не може да бъде използван като централен фокус на научните публикации до една година без тяхното изрично разрешение. Това трябва да даде на собствениците на данни достатъчно време да изпратят ръкопис за техните резултати.

Потребителите също трябва да потвърдят собствениците на данни в своите публикации. „Ние възнамеряваме да изградим общност, в която изследователите имат увереност, че техният принос е уважаван и правилно признат“, казва Джейми Саутгейт, член на Pathoplexus и директор на операциите за Глобалния коалиционен алианс за обществено здраве за геномната епидемиология, базиран в Кейп Таун, Южна Африка.

Pathoplexus няма да блокира никого, който нарушава условията за ползване от достъпа до сайта, който Gisaid го е направил в редки случаи. Вместо това екипът ще се свърже с списания, за да гарантира, че публикуваните данни се използват в съответствие с начина, по който са били споделени, обяснява Ема Ходкрофт, съосновател на Pathoplexus и молекулярен епидемиолог в Швейцарския тропически и обществено здравно институт в Базел, Швейцария. „Опитахме се да направим условията невероятно ясни“, казва тя.

„Това е добро, умно решение“, казва Сенджути Саха, молекулярен микробиолог от Фондацията за изследване на здравето на децата в Дака, която подкрепя практиката за контакт с издателите. „Ето как трябва да бъде.“ Тя смята, че прозрачността на Pathoplexus ще увеличи доверието в научната общност.

Но все още е твърде рано да се каже дали хранилището ще реши текущите проблеми с споделянето на данни, казва Саха. „Това е отлична и фантастична първа стъпка.“

Потребителите могат също така да споделят последователности в локални бази данни. Например в Китай е по-вероятно изследователите да публикуват последователности от нововъзникващи вируси в китайските бази данни, казва Ши Манг, еволюционен биолог в Университета Sun Yat-Sen в Шенжен, Китай, който също седи в научния съвет на Pathoplexus. Но за установените вируси те вероятно ще използват хранилища с добре поддържани колекции, които предлагат Pathoplexus.

Подобрено потребителско изживяване

Разработчиците на Pathoplexus са се опитали да подобрят потребителското изживяване, включително чрез качване възможно най -лесно. Pathoplexus също проверява данните за последователността и придружава информация за грешки и помага да се организират вируси в подтипове. „Това всъщност ме привлече към тази база данни“, казва Ши. Неправилните последователности в настоящите хранилища могат значително да попречат на изследователите, добавя той.

Досега Pathoplexus е използвал данни от GenBank за четирите вируса, за да попълни сайта. Хиляди посетители вече са получили достъп до сайта, а 50 са създали акаунти за подаване на данни, но досега никой не е изпращал последователности, обяснява Ходкрофт. „Не очаквахме големи количества данни за патогените, с които започнахме.“

Изследователите, работещи върху други вируси, ще трябва да изчакат, докато базата данни се разшири, за да ги включи. За да се разшири, екипът трябва да осигури дългосрочно финансиране. Понастоящем сайтът се управлява от доброволци и дарява компютърно време, което ще приключи след около шест месеца. Ходкрофт казва, че настоящата й цел е да привлича донори. "Аз съм предпазливо оптимист."