موقع جينوم الفيروس الجديد: قسم تسلسل بسيط وعادل للجميع
موقع جينوم الفيروس الجديد: قسم تسلسل بسيط وعادل للجميع
Bleiben Sie informiert: Jeden Abend senden wir Ihnen die Artikel des Tages aus der Kategorie Allgemein – übersichtlich als Liste.
العقبات الموجودة
واحدة من أكبر المستودعات الموجودة هي GenBank في الولايات المتحدة ، والتي توفر وصولًا غير مقيد إلى بياناتها الجينية. لكن الوصول العام يعني أنه من الناحية النظرية ، يمكن للجميع استخدام البيانات لنشر المقالات العلمية دون التعرف على قواعد البيانات. وقد منع هذا العلماء ، وخاصة من البلدان المنخفضة الدخل ، من مشاركة بياناتهم ، على سبيل المثال أثناء حالة الطوارئ الصحية العامة. يتطلب مستودع بديل ، Gisaid ، من المستخدمين التسجيل ، والتعرف على قواعد البيانات وبذل قصارى جهدهم للعمل مع المالكين. تم تطوير قاعدة البيانات لضمان حقوق البيانات أكثر.
كان Gisaid للغاية الشفافية التي يتم التعبير عنها في حوكمةه ، كناازج حول الاعتراف وكيف يفرض عقوبات ضد أولئك الذين ينتهكون شروط الاستخدام يقول سبيروس ليتراس ، عالم الفيروسات التطوري بجامعة طوكيو ،
"لقد تسبب جيسيد في الكثير من الإحباط في السنوات الأخيرة". "من هذه التجارب ، تعلم المجتمع العلمي كيف يمكننا القيام بذلك بشكل أفضل. إعادة التشغيل هو ما نحتاجه كمجتمع ، ويمكن أن يكون Pathoplexus هو الحل".
قال ممثل لـ Gisaid في رسالة بريد إلكتروني إن الثقة التي لديها في المجتمع العلمي قوي وأن أكثر من 70،000 باحث يستخدمون الموقع. يتم تقديم أدوار أعضاء الحوكمة والمانحين على الموقع الإلكتروني ، ولم تتغير شروط استخدامهم منذ تأسيسها في عام 2008 ، وفقًا للممثل.
بناء الثقة
يقدمPathoplexus بعض التدابير الوقائية للمستخدمين. على سبيل المثال ، يمكن للباحثين تحديد القيود المفروضة على كيفية استخدام بياناتهم ، على سبيل المثال ، لا يمكن استخدامها كمركز رئيسي للمنشورات العلمية لمدة تصل إلى عام واحد دون موافقة صريحة. هذا يجب أن يمنح مالكي البيانات وقتًا كافيًا لتقديم مخطوطة عبر نتائجهم.
يجب على المستخدمين أيضًا التعرف على مالكي البيانات في منشوراتهم. يقول جيمي ساوثجيت ، وهو عضو في شركة Pathoplexus ، ورئيس عمليات التحالف العالمي للتحالف العام للائتلاف في جنوب إفريقيا: "نعتزم بناء مجتمع يتمتع فيه الباحثون بالثقة في احترام مساهماتهم والاعتراف بها بشكل صحيح".
لا تحظر Pathoplexus الأشخاص الذين ينتهكون شروط الاستخدام ، من الوصول إلى الصفحة ، ما قام Gisaid . وبدلاً من ذلك ، سيتصل الفريق بالمجلات المتخصصة لضمان استخدام البيانات المنشورة وفقًا للطريقة التي تم مشاركتها بها ، كما توضح إيما هودكروفت ، المؤسس المشارك لـ Pathoplexus وأخصائي علم الأوبئة الجزيئي في معهد الصحة الاستوائية السويسرية والضوائية في بازل ، سويسرا. وتقول: "حاولنا صياغة الظروف بوضوح بشكل لا يصدق".
يقول Senjuti Saha ، عالم الأحياء المجهرية الجزيئية في مؤسسة أبحاث صحة الطفل في دكا ، الذي يدعم الإجراء ، الناشرين ،"إنه حل جيد وذكي". "هكذا ينبغي أن يكون." إنها تعتقد أن شفافية Pathoplexus ستعزز الثقة داخل المجتمع العلمي.
ولكن لا يزال من السابق لأوانه تحديد ما إذا كان المستودع سيحل المشكلات الحالية مع تبادل البيانات ، كما يقول ساها. "إنها الخطوة الأولى الممتازة والرائعة."
يمكن أن يميل المستخدمون أيضًا إلى مشاركة تسلسلات في قواعد البيانات المحلية. في الصين ، على سبيل المثال ، من المحتمل أن ينشر الباحثون ، على سبيل المثال ، فيروسات حدوث حديثًا في قواعد البيانات الصينية ، كما يقول شي مانج ، عالم الأحياء التطوري في جامعة صن يات سين في شنتشن ، الصين ، الذي يجلس أيضًا في المجلس الاستشاري العلمي في Pathoplexus. ولكن بالنسبة للفيروسات القائمة ، من المحتمل أن تستخدم المستودعات ذات المجموعات التي تم صيانتها جيدًا تقدمها Pathoplexus.تجربة المستخدم المحسنة
حاول مطورو Pathoplexus تحسين تجربة المستخدم ، من بين أشياء أخرى عن طريق جعل التحميل سهلًا قدر الإمكان. يتحقق Pathoplexus أيضًا من بيانات التسلسل والمعلومات المصاحبة للأخطاء ويساعد على تنظيم الفيروسات في الأنواع الفرعية. يقول شي: "هذا في الواقع ما انجذب إلى قاعدة البيانات هذه". ويضيف أن الزيادات يمكن أن تعيق تسلسلات خاطئة بشكل كبير في المستودعات الحالية.
حتى الآن ، استخدم Pathoplexus بيانات Genbian للفيروسات الأربعة لملء الصفحة. يشرح Hodcroft أن الآلاف من الزوار قد استدعوا بالفعل الصفحة ، وقد أنشأ 50 حسابات لتقديم البيانات ، لكن حتى الآن لم يقدم أي شخص تسلسلات. "لم نتوقع كميات كبيرة من البيانات للممرض الذي بدأناه."
يجب على الباحثين الذين يعملون على الفيروسات الأخرى انتظار توسيع قاعدة البيانات لتضمينها. للتوسع ، يتعين على الفريق تأمين تمويل طويل المدى. يتم تشغيل الموقع حاليًا بواسطة وقت الكمبيوتر التطوعي والمبرر ، والذي ينتهي في حوالي ستة أشهر. يقول Hodcroft إنه الهدف الحالي للفوز بالمانحين. "أنا متفائل بعناية."