تعد قاعدة بيانات جديدة للباحثين لمشاركة جينومات الفيروسات الخطيرة بحل العديد من المشكلات التي تعيق البدائل الحالية. لكن يجب أولاً إقناع الباحثين باستخدامها.

تم إطلاق Pathoplexus - وهو مزيج من مسببات الأمراض والضفيرة - في الشهر الماضي، ويأمل فريق العلماء الذي يقف وراء قاعدة البيانات أن يحفز المزيد من الباحثين على مشاركة التسلسلات الجينية للفيروسات المعروفة والناشئة ذات الأهمية للصحة العامة.

إن مشاركة التسلسلات في أسرع وقت ممكن أمر مهم لتحديد الفيروسات الجديدة وتتبع التغييرات التي يمكن أن تجعلها أكثر خطورة على الناس، وكذلك لتطوير اللقاحات، كما يوضح إدوارد هولمز، عالم الفيروسات في جامعة سيدني، أستراليا.

يركز Pathoplexus حاليًا على أربعة فيروسات غير مدرجة على وجه التحديد في قواعد بيانات أخرى: فيروس حمى القرم والكونغو النزفية، وإيبولا السودان، وإيبولا زائير، وفيروس غرب النيل. وقال الفريق إنه سيتم إضافة المزيد من مسببات الأمراض في وقت لاحق.

العقبات الموجودة

ومن بين أكبر المستودعات الحالية بنك الجينات في الولايات المتحدة، والذي يوفر وصولاً غير مقيد إلى بياناته الجينومية. لكن الوصول العام يعني أنه من الناحية النظرية، يمكن لأي شخص استخدام البيانات لنشر مقالات علمية دون الاعتراف بمالكي البيانات. وقد أدى هذا إلى تثبيط العلماء، وخاصة من البلدان المنخفضة الدخل، من تبادل بياناتهم بسرعة، كما هو الحال أثناء حالات الطوارئ الصحية العامة. يتطلب المستودع البديل، GISAID، من المستخدمين التسجيل والاعتراف بمالكي البيانات وبذل قصارى جهدهم للتعاون مع المالكين. تم تطوير قاعدة البيانات لضمان حقوق مقدمي البيانات.

لقد كان GISAID مفيدًا للغاية خلال جائحة فيروس كورونا (COVID-19). شائع ويحتوي على ما يقرب من 17 مليون تسلسل من SARS-CoV-2، الفيروس المسبب لـCOVID-19. ومع ذلك، لدى الباحثين مخاوف بشأن الشفافية في حوكمتها، وكيف تتوسط في نزاعات الاعتراف، وكيف تفرض عقوبات على من تعتقد أنهم انتهكوا شروط الخدمة.

يقول سبيروس ليتراس، عالِم الفيروسات التطورية بجامعة طوكيو: "لقد تسبب نظام GISAID في الكثير من الإحباط في السنوات الأخيرة". "من هذه التجارب، تعلم المجتمع العلمي كيف يمكننا أن نفعل ما هو أفضل. إن إعادة الضبط هي ما نحتاجه كمجتمع، ويمكن أن يكون الباثوبليكسوس هو الحل."

قال ممثل GISAID في رسالة بالبريد الإلكتروني إن الثقة التي يتمتع بها مع المجتمع العلمي قوية وأن أكثر من 70 ألف باحث يستخدمون الموقع. وقال الممثل إن أدوار هيئات الإدارة والممولين معروضة على الموقع الإلكتروني، ولم تتغير شروط استخدامها منذ تأسيسها في عام 2008.

بناء الثقة

يقدم Pathoplexus بعض الحماية للمستخدمين. على سبيل المثال، يمكن للباحثين وضع قيود على كيفية استخدام بياناتهم، على سبيل المثال لا يمكن استخدامها كمحور مركزي للمنشورات العلمية لمدة تصل إلى عام دون الحصول على إذن صريح منهم. وهذا من شأنه أن يمنح أصحاب البيانات وقتًا كافيًا لتقديم مخطوطة حول نتائجهم.

يجب على المستخدمين أيضًا الاعتراف بمالكي البيانات في منشوراتهم. يقول جيمي ساوثجيت، عضو منظمة Pathoplexus، ومدير العمليات في التحالف العالمي للصحة العامة لعلم الأوبئة الجينومية، ومقره كيب تاون بجنوب أفريقيا: "نعتزم بناء مجتمع يثق فيه الباحثون بأن مساهماتهم تحظى بالاحترام والاعتراف بها بشكل صحيح".

لن تقوم Pathoplexus بمنع أي شخص ينتهك شروط الاستخدام من الوصول إلى الموقع، الأمر الذي وقد فعلت GISAID ذلك في حالات نادرة. بدلًا من ذلك، سيتصل الفريق بالمجلات للتأكد من استخدام البيانات المنشورة وفقًا للطريقة التي تم بها مشاركتها، كما توضح إيما هودكروفت، المؤسس المشارك لـ Pathoplexus، وعالمة الأوبئة الجزيئية في المعهد السويسري للصحة الاستوائية والعامة في بازل بسويسرا. وتقول: "لقد حاولنا أن نجعل الظروف واضحة بشكل لا يصدق".

يقول سينجوتي ساها، عالم الأحياء الدقيقة الجزيئية في مؤسسة أبحاث صحة الطفل في دكا، والذي يدعم ممارسة الاتصال بالناشرين: «إنه حل جيد وذكي». "هكذا ينبغي أن يكون." إنها تعتقد أن شفافية Pathoplexus ستزيد الثقة داخل المجتمع العلمي.

ولكن لا يزال من السابق لأوانه القول ما إذا كان المستودع سيحل مشاكل مشاركة البيانات الحالية، كما يقول ساها. "إنها خطوة أولى ممتازة ورائعة."

قد يميل المستخدمون أيضًا إلى مشاركة التسلسلات في قواعد البيانات المحلية. ففي الصين، على سبيل المثال، من المرجح أن ينشر الباحثون تسلسلات من الفيروسات الناشئة في قواعد البيانات الصينية، كما يقول شي مانج، عالِم الأحياء التطورية بجامعة صن يات صن في شنتشن بالصين، وعضو أيضًا في المجلس الاستشاري العلمي لـ Pathoplexus. ولكن بالنسبة للفيروسات القائمة، فمن المرجح أن يستخدموا مستودعات تحتوي على مجموعات يتم صيانتها جيدًا والتي تقدمها Pathoplexus.

تحسين تجربة المستخدم

لقد حاول مطورو Pathoplexus تحسين تجربة المستخدم، بما في ذلك جعل عملية التحميل سهلة قدر الإمكان. يقوم Pathoplexus أيضًا بفحص بيانات التسلسل والمعلومات المصاحبة بحثًا عن الأخطاء ويساعد في تنظيم الفيروسات في أنواع فرعية. يقول شي: "هذا في الواقع ما جذبني إلى قاعدة البيانات هذه". ويضيف أن التسلسلات غير الصحيحة في المستودعات الحالية يمكن أن تعيق الباحثين بشكل كبير.

حتى الآن، استخدم Pathoplexus بيانات GenBank الخاصة بالفيروسات الأربعة لملء الموقع. ويوضح هودكروفت أن آلاف الزوار قد دخلوا إلى الموقع بالفعل، وأنشأ 50 منهم حسابات لإرسال البيانات، لكن لم يقدم أحد تسلسلات حتى الآن. "لم نتوقع كميات كبيرة من البيانات حول مسببات الأمراض التي بدأنا بها."

وسيتعين على الباحثين الذين يعملون على فيروسات أخرى الانتظار حتى يتم توسيع قاعدة البيانات لتشملها. ومن أجل التوسع، يحتاج الفريق إلى تأمين تمويل طويل الأجل. يتم تشغيل الموقع حاليًا بواسطة متطوعين ويتم التبرع بوقت الكمبيوتر، والذي سينتهي خلال ستة أشهر تقريبًا. وتقول هودكروفت إن هدفها الحالي هو جذب المانحين. "أنا متفائل بحذر."