AI baltymų prognozės įrankis Alphafold3 dabar prieinamas kaip atvirojo kodo

AI baltymų prognozės įrankis Alphafold3 dabar prieinamas kaip atvirojo kodo

Alphafold3 pagaliau yra prieinamas. Praėjus šešiems mėnesiams po „Google DeepMind“

"Mes labai džiaugiamės matydami, ką žmonės su tuo daro",-sako Johnas Jumperis, kuris vadovauja „Alphafold“ komandai „DeepMind“ ir praėjusį mėnesį kartu su generaliniu direktoriumi Demis Hasabis Chemijos Nobelio prizo 2024 dalis laimėjo už jų darbą „Ki Tool“.

Priešingai nei jo pirmtakai, alphafold3 . „Kūno teksto nuoroda“> „AlphAfold2“ Ar „Case Deepmind“ suteikė prieigą per žiniatinklio serverį, kuris apribojo mokslininkų numatymo skaičių ir tipą Labai svarbu, kad „Alphafold3“ serveris neleido mokslininkams numatyti, kaip baltymai reaguoja esant potencialiems vaistams. Tačiau dabar „DeepMind“ sprendimas reiškia išleisti kodą, kurį akademiniai mokslininkai gali numatyti tokią sąveiką, vykdydami patį modelį.

Bendrovė iš pradžių pareiškė, kad „Alphafold3“ teikimas yra tik tinkamas balansas tarp prieigos tyrimams ir komercinių ambicijų apsaugos per žiniatinklio serverį. „Isomorphic Labs“, „Deepmind“ atstovas Londone, naudoja „Alphafold3“ narkotikų tyrimuose.

Tačiau „AlphaFold3“. Programinės įrangos mokymas apie baltymų struktūras ir kitus duomenis - mokslininkų kritika, kuri teigė, kad šis žingsnis pakartoja. „Deepmind“ greitai ištraukė pasekmes ir teigė, kad per šešis mėnesius galima įsigyti atvirojo kodo versiją.

„DeepMind“ turi konkurenciją: per pastaruos Nuoroda "> Atvirojo kodo priemonės, skirtos numatyti baltymų struktūras, pagrįstas alphafold3 , kurios yra žinomos rūšyse, aprašytos originaliame popieriuje, pseudokode, atrama.

Dvi Kinijos kompanijos-technologijų milžinė „Baidu“ ir „Tikok“ kūrėjas „Bytedance-Have“ išleido savo modelius, įkvėptus „Alphafold3“, taip pat startuolį San Fransiske, Kalifornijoje, pavadinimu „Chai Discovery“.

Esminis šių modelių trūkumas yra tas, kad nė vienas iš jų, pavyzdžiui, „Alphafold3“, nėra licencijuotas komercinėms programoms, tokioms kaip narkotikų tyrimai, sako Mohammedas Alquraishi, Niujorko miesto kompiuterių biologas. „Chai Discovery“ modelį „Chai-1“ gali būti naudojamas tokiam darbui per žiniatinklio serverį, paaiškina bendrovės įkūrėjas Jackas Dentas.

Kita įmonė „Ligo Biosciences“ iš San Francisko paskelbė „Alphafold3“ apribojimą -nemokamą versiją. Tačiau tai dar neturi viso funkcijų spektro, įskaitant galimybę modeliuoti vaistus ir skirtingo tipo baltymų molekules.

Kitos komandos dirba prie „Alphafold3“ versijų, kurias galima įsigyti be tokių apribojimų: „Alquraishi“ tikisi, kad šiais metais galės pasiūlyti visiškai atvirojo kodo modelį, pavadintą „OpenFold3“. Tai leistų farmacijos kompanijoms iš naujo ištraukti savo modelio versijas, naudojant patentuotus duomenis, pavyzdžiui, baltymų struktūras, susijusias su įvairiais vaistais, kurie galėtų padidinti našumą.

Atvirumas yra svarbus

Praėjusiais metais paskatino naujus biologinius AI modelius iš kompanijų, skirtingų požiūrių į atvirumą. Viskonsino-Madisono universiteto kompiuterių biologas Anthony Gitteris neturi problemų dėl komercinių kompanijų, patekusių į jos lauką, nes jos laikosi tų pačių taisyklių kaip ir kiti mokslininkai, kai dalijasi savo darbu specialiuose žurnaluose ir rekvizitų serveriuose.

Jei „DeepMind“ moksliniame leidinyje iškelia teiginius apie „Alphafold3“, „Tikiuosi, kad pasidalinsite informacija apie tai, kaip buvo padarytos prognozės, ir AI modelius bei kodą, kad galėtume juos patikrinti“, - priduria Gitteris. "Mano grupė nenaudos įrankių, kurių negalime patikrinti."

Tai, kad keli „Alphold3“ replikacijos jau buvo sukurtos, rodo, kad modelis buvo atkuriamas, net ir be atvirojo kodo kodo, sako Pushmeet Kohli, „Science“ AI vadovas „DeepMind“. Jis priduria, kad ateityje jis nori daugiau diskusijų apie publikavimo standartus toje srityje, kurią vis labiau apgyvendina akademiniai ir verslumo tyrėjai.

„Alphafold2“ atvirojo kodo pobūdis paskatino kitų mokslininkų naujoves. Pavyzdžiui, neseniai atlikto baltymų modeliavimo konkurso nugalėtojai naudojo AI įrankį, kad būtų galima naudoti Norėdami sukurti naujus baltymus, kurie gali prisijungti prie vėžio tikslo . Jumper’s favorite hack from Alphafold2 comes from a team that used the tool to Norėdami nustatyti svarbų baltymą, kuris padeda spermui rezervuoti kiaušinius .

Jumper vargu ar gali laukti, kurie staigmenos pasirodys paskelbus „AlphAjt3“ - net jei jiems ne visada sekasi. „Žmonės tai naudos keistai“, - prognozuoja jis. "Kartais tai nepavyks, o kartais tai bus sėkminga".