AI Prognoza Prognoza Protein AlphaFold3 sada je dostupan kao otvoreni izvor
AI Prognoza Prognoza Protein AlphaFold3 sada je dostupan kao otvoreni izvor
Alphafold3 je konačno dostupan. Šest mjeseci nakon Googlea DeepMind , znanstvenici sada mogu Google-deepmind/alphafold3" data-track = "kliknite" data-label = "https: // google-deepmind/alpumer zasnovan na alatima, a alat-katezija" i preuzimaju softverski tekst "i preuzme se softver" i preuzmu text "i preuzmu softverski kod U Londonu je najavio 11. studenog.
"Izuzetno smo uzbuđeni što vidimo što ljudi rade s tim", kaže John Jumper, koji vodi tim Alphafolda u DeepMind-u i prošlog mjeseca zajedno s izvršnim direktorom DeMis Hassabis dio kemijske Nobelove nagrade 2024 osvojio za svoj rad na KI alatu.
Za razliku od njegovih prethodnika, Alphafold3 Alphafold2 je pristupio pristupu putem web poslužitelja koji je ograničio broj i vrstu predviđanja znanstvenika. Kritično je da poslužitelj Alphafold3 nije dopustio znanstvenicima da predvide kako proteini reagiraju u prisutnosti potencijalnih lijekova. Ali sada DeepMind -ova odluka znači objaviti kôd da akademski znanstvenici mogu predvidjeti takve interakcije upravljanjem samom modelom.
Tvrtka je u početku izjavila da je pružanje Alphafold3 samo prava ravnoteža između pristupa za istraživanje i zaštite komercijalnih ambicija putem web poslužitelja. Izomorfni laboratoriji, spin-off iz DeepMind-a u Londonu, koristi Alphafold3 u istraživanju droga.
međutim, međutim, htef = "https://zonodo.org/records/11391920" data-track = "kliknite" data-label = "https://zonodo.org/records/11391920" Octinuted Fining 3 Apsels Texts Links "> Softver o proteinskim strukturama i drugim podacima - kritika znanstvenika koji su rekli da je ovaj korak potkopao obnovljivost. DeepMind je brzo povukao posljedice i rekao da je verzija alata otvorenog koda dostupna u roku od šest mjeseci.
Svi sada mogu preuzeti softverski kôd Alphafold3 i ne koristiti ga komercijalno. Trenutno, međutim, samo znanstvenici s akademskom pripadnošću imaju pristup utezima za obuku.
verzije
DeepMind ima konkurenciju: u posljednjih nekoliko mjeseci nekoliko tvrtki ima Alati otvorenog koda za predviđanje proteinskih struktura na temelju alfafold3 , koje su poznate u vrstama opisanim u originalnom pseudokodu papira, podrška.
Dvije kineske tvrtke-tehnološki gigant Baidu i Tikok programer Bytettance objavili su vlastite modele nadahnute Alphafold3, kao i start-up u San Franciscu u Kaliforniji, nazvane Chai Discovery.
Bitni nedostatak ovih modela je taj što nijedan od njih, poput Alphafold3, nije licenciran za komercijalne aplikacije poput istraživanja droga, kaže Mohammed Alquraishi, računalni biolog sa Sveučilišta Columbia u New Yorku. Model Chai Discovery, CHAI-1, može se koristiti za takav rad putem web poslužitelja, objašnjava Jack Dent, suosnivač tvrtke.
Druga tvrtka, Ligo Biosciences iz San Francisca, objavila je verziju Alphafold3 bez ograničenja. Međutim, to još nema puni spektar funkcija, uključujući sposobnost modeliranja lijekova i molekula različitih vrsta proteina.
Ostali timovi rade na verzijama Alphafold3 koje su dostupne bez takvih ograničenja: Alquraishi se nada da će ove godine moći ponuditi potpuno otvoreni model nazvan OpenFold3. To bi farmaceutskim kompanijama omogućilo da ponovno prepravljaju vlastite verzije modela koristeći vlasničke podatke, poput struktura proteina koji su vezani za različite lijekove, što bi moglo potencijalno povećati performanse.
Broji otvorenosti
Prošle godine došlo je do žurbe novih bioloških AI modela tvrtki s različitim pristupima otvorenosti. Anthony Gitter, računalni biolog sa Sveučilišta u Wisconsin-Madisonu, nema problema s komercijalnim kompanijama koje ulaze u svoje polje-sve dok slijede ista pravila kao i drugi znanstvenici kada svoj rad dijele u specijalnim časopisima i rekvizitima.
Ako DeepMind podigne tvrdnje na Alphafold3 u znanstvenoj publikaciji, "Očekujem da podijelite informacije o tome kako su predviđanja napravljena, a AI modeli i kod kako bismo ih mogli provjeriti", dodaje Gitter. "Moja grupa neće koristiti alate koje ne možemo provjeriti."
Činjenica da je već stvoreno nekoliko replikacija Alphafold3 pokazuje da je model bio ponovljiv, čak i bez koda otvorenog koda, kaže Pushmeet Kohli, šef AI za znanost u DeepMind -u. Dodaje da u budućnosti želi više rasprava o standardima objavljivanja na području koje sve više naseljava akademski i poduzetnički istraživači.
Priroda otvorenog koda Alphafold2 dovela je do pojačanja inovacija drugih znanstvenika. For example, the winners of a recent competition for protein modeling used the AI tool to use Da biste dizajnirali nove proteine koji se mogu vezati na odredište raka . Najdraži hack iz Alphafold2 dolazi iz tima koji je alat koristio na Da biste identificirali važan protein koji pomaže spermi da rezervira jaja .
skakač jedva može čekati koja se iznenađenja pojavljuju nakon objave Alphajt3 - čak i ako nisu uvijek uspješni. "Ljudi će ga koristiti na neobičan način", predviđa. "Ponekad će uspjeti, a ponekad će biti uspješan."