AI valgu prognoosi tööriist Alphafold3 on nüüd saadaval avatud lähtekoodiga

AI valgu prognoosi tööriist Alphafold3 on nüüd saadaval avatud lähtekoodiga

Alphafold3 on lõpuks saadaval. Kuus kuud pärast Google DeepMind

"Meil on väga hea meel näha, mida inimesed sellega teevad," ütleb John Jumper, kes juhib DeepMindis Alphafoldi meeskonda ja eelmisel kuul koos tegevjuhi Demis Hassabis Osa keemia nobeli preemiast 2024 võitis Ki-tööriista töö eest.

Vastupidiselt tema eelkäijatele on alphafold3 . = "BOODY Text Link"> Alphafold2 oli juhtumi sügav juurdepääs veebiserveri kaudu, mis piiras teadlaste ennustamise arvu ja tüüpi. On kriitiline, et Alphafold3 server ei lubanud teadlastel ennustada, kuidas valgud reageerivad potentsiaalsete ravimite juuresolekul. Kuid nüüd tähendab DeepMindi otsus vabastada kood, mille kohaselt akadeemilised teadlased saavad selliseid suhtlemisi mudeli ise käitamise kaudu ennustada.

Ettevõte väitis algselt, et Alphafold3 pakkumine on ainult õige tasakaal uurimistöö juurdepääsu ja kaubanduslike ambitsioonide kaitse vahel veebiserveri kaudu. Isomorfsed labid, kes on Londonis DeepMindist pärit spin-off, kasutab narkootikumide uurimisel Alphafold3.

Siiski

Kõik saavad nüüd AlphaFold3 tarkvarakoodi alla laadida ega kasuta seda kaubanduslikult. Praegu on aga ainult akadeemilise kuuluvusega teadlastel juurdepääs soovi korral koolitusraskustele.

DeepMindil on konkurents: viimastel kuudel on mitmel ettevõttel Avatud lähtekoodiga tööriistad valgustruktuuride ennustamiseks Alphafold3 -l , mida on teada algses paberi pseudokoodis kirjeldatud liigis.

Kaks Hiina ettevõtet-tehnoloogiahiiglane Baidu ja Tikoki arendaja Bytedance-Have avaldasid Alphafold3-st inspireeritud mudelid, samuti idufirma Californias San Franciscos, nimega Chai Discovery.

Nende mudelite oluline puudus on see, et ühelgi neist, näiteks Alphafold3, on litsentsiga kommertsrakenduste jaoks, näiteks narkootikumide uurimine, ütles New Yorgi Columbia ülikooli arvutbioloog Mohammed Alquraishi. Chai Discovery mudelit Chai-1 saab selliseks tööks veebiserveri kaudu kasutada, selgitab ettevõtte kaasasutaja Jack Dent.

Teine ettevõte, San Francisco Ligo Biosciences, on avaldanud Alphafold3 restriktsiooni -vaba versiooni. Kuid sellel pole veel funktsioonide täielikku spektrit, sealhulgas võimet modelleerida erinevat tüüpi valkude ravimeid ja molekule.

Teised meeskonnad töötavad Alphafold3 versioonidega, mis on saadaval ilma selliste piiranguteta: Alquraishi loodab, et saab sel aastal pakkuda täiesti avatud lähtekoodiga mudelit nimega OpenFold3. See võimaldaks farmaatsiaettevõtetel oma mudeli versioone uuesti korraldada, kasutades patenteeritud andmeid, näiteks valkude struktuure, mis on seotud erinevate ravimitega, mis võivad jõudlust suurendada.

avatuse arv

Eelmisel aastal kiirustati uute bioloogiliste AI -mudelitega ettevõtetelt, kellel oli erinev lähenemisviis avatusele. Wisconsini ülikooli arvutibioloogil Anthony Gitteril pole probleeme äriettevõtete sisenemisega, kui nad järgivad samu reegleid kui teised teadlased, kui nad jagavad oma tööd eriajakirjades ja rekvisiitide serverites.

Kui DeepMind tõstab teaduslikus väljaandes Alphafold3 väiteid: "Ma loodan, et jagate teavet prognooside tegemise kohta ning AI mudelid ja kood, et saaksime neid kontrollida," lisab Gitter. "Minu rühm ei kasuta tööriistu, mida me ei saa kontrollida."

Fakt, et Alphafold3 mitmed replikatsioonid on juba loodud, näitab, et mudel oli reprodutseeritav, isegi ilma avatud lähtekoodiga, ütles DeepMindi teaduse AI juht PushMeet Kohli. Ta lisab, et tulevikus soovib ta rohkem arutelusid väljaande standardite üle valdkonnas, mida üha enam asustavad akadeemilised ja ettevõtlikud uurijad.

Alphafold2 avatud lähtekoodiga loodus viis teiste teadlaste innovatsiooni suurendamiseni. Näiteks kasutasid hiljuti valkude modelleerimise võistluse võitjad AI-tööriista Uute valkude kujundamiseks, mis võivad seostuda vähi sihtkohaga . Jumperi lemmik häkkimine Alphafold2-st pärineb meeskonnast, kes kasutas tööriista aadressile Olulise valgu tuvastamiseks, mis aitab spermat munadele broneerida .

Hüppaja ei saa vaevalt oodata, millised üllatused ilmuvad pärast Alphajt3 avaldamist - isegi kui need pole alati edukad. "Inimesed kasutavad seda kummalisel viisil," ennustab ta. "Mõnikord see ebaõnnestub ja mõnikord õnnestub."